Expediente X: episodios de la temporada 1

La serie comienza cuando Fox Mulder, de la sección de Expedientes X del FBI, recibe a su nueva compañera, Dana Scully, enviada allí sin duda para hacer de 'topo'. Su primera misión es ir a Oregon a investigar las misteriosas muertes de cuatro jóvenes. El caso está relacionado con presuntas abducciones.Al abrir una de las tumbas, descubren un cuerpo deforme con un cilindro de metal insertado en la nariz. Uno de los detalles más desconcertantes es la presencia de implantes en personas que afirman haber sido abducidas: en algunos casos, han sido hallados trocitos de metales en diversas partes del cuerpo. Todos los informes médicos indican que en ningún caso ha sido posible demostrar el origen extraterrestre de estos implantes.

Una misteriosa llamada pone a Mulder en la pista de una serie de desapariciones en una base aérea en Idaho. El misterioso informante le da el nombre de 'Garganta profunda'. La llamada era de la mujer de un piloto de la Base Aérea de Ellens que desapareció y que luego fue encontrado en estado de shock, con la memoria borrada... Mulder investiga, pero al poco tiempo le sucede lo mismo que al piloto.

Un antiguo compañero del FBI, Tom Colton, requiere la ayuda de Scully y obtiene la no deseada intervención de Mulder. Los dos agentes se enfrentan a un misterioso asesino que parece estar activo desde principios de siglo. Lo extraño del caso es que se alimenta de hígados humanos. Los dos tratan de aclarar la situación siguiendo caminos diferentes: Scully el tradicional y Mulder el 'no ortodoxo'. Mulder comienza a sospechar que el asesino es Eugene Tooms, así que consigue que lo arresten comparando sus huellas con las encontradas en anteriores escenarios de asesinatos ocurridos desde principios de siglo. Tooms vuelve a asesinar, esta vez estando bajo la vigilancia de un equipo de alta seguridad, y desaparece. Los dos agentes del FBI tratarán de dar con él.

La desaparición de una chica y el extraño comportamiento de su hermano Kevin, que hace de conducto para una misteriosa señal, lleva a la pareja protagonista hasta un caso que hace que Mulder recuerde la inexplicable pérdida de su hermana Samantha. El agente cree que Sam fue abducida por los extraterrestres. Desde la pérdida de su hermana Ruby, Kevin no para de escribir series de unos y ceros. Mulder envía los apuntes a unos analistas en Washington, tras lo cual el niño y su madre serán puestos bajo custodia. Resulta que las inscripciones de Kevin son las transmisiones binarias de un satélite de defensa. Scully piensa que Ruby podría haber sido asesinada, y cree que Mulder está permitiendo que sus sentimientos personales enturbien su juicio. Cuando los agentes regresan al domicilio de Ruby, encuentran a Kevin organizando en el suelo una enorme cantidad de páginas que contienen el código binario de unos y ceros. Cuando Scully observa la actividad del niño desde lo alto de la escalera descubre asombrada que los números forman un gigantesco retrato de Ruby.

Mulder y Scully investigan la muerte de un vagabundo que ha sido atacado y devorado parcialmente en un área boscosa de Atlantic City. Mulder piensa que el caso está relacionado con un crimen similar ocurrido en New Jersey en 1947, cuando un motorista fue agredido y despedazado por una criatura mitad humana. Los agentes viajan a Atlantic City para reunir más información. Allí se unen al detective Thompson, un policía local. Mulder decide seguir su propio criterio en la búsqueda de pistas, y se entrevista con el Ranger Brullet, el hombre que encontró el cuerpo del indigente, y Jack, un amigo de la víctima. Ambos llegan a la conclusión de que Crockett murió a manos del Demonio de Jersey, una mítica criatura medio humana.

Oficiales de una misteriosa agencia gubernamental preguntan a Mulder y Scully entorno a dos cadáveres masculinos recientemente descubiertos. Aparentemente las víctimas murieron porque sus gargantas fueron estrujadas desde el interior del cuerpo. Mulder no cree que el caso esté relacionado con un expediente X, achaca las muertes a la psicoquinesis, la habilidad de utilizar el poder psíquico para manipular la materia. Sin la ayuda de los oficiales del gobierno, Mulder y Scully comienzan una investigación y consiguen seguir el rastro de las muertes hasta Filadelfia. La policía local les muestra la escena del crimen. Los agentes descubren una cámara de seguridad de un banco cercano que posiblemente grabó todo el suceso.Una de las primeras sospechosas será Lauren Kyte. Cuando Fox y Dana le interrogan, ésta afirma que los dos hombres asesinados trataron de robarle el monedero pero que pudo escapar. Los agentes abandonan la casa de la mujer y se introducen en el coche, pero el aparato comienza a acelerar descontrolado haciendo que los dos agentes choquen contra otro vehículo. Aunque no han sufrido daños Mulder cree que Lauren ha provocado el accidente. Haciendo guardia frente a la casa de la mujer, Mulder fotografía accidentalmente una extraña imagen en una ventana. Más tarde y gracias a la tecnología, descubre que se trata del fallecido jefe de Lauren, Howard Graves. Mulder y Scully conocerán la asombrosa y extraordinaria verdad sobre el caso a manos de Lauren.

El agente especial Jerry Lamana contacta con Mulder y Scully en busca de ayuda. Lamana les explica que debe investigar el extraño asesinato de Benjamin Drake, que fue electrocutado tras caer en una trampa concebida por alguien con conocimientos del SCO, Sistema Central de Operaciones de la sede principal de Eurisko. Peterson, ingeniero de sistemas de la empresa, da a entender a los agentes que uno de los pocos que tienen acceso al sofisticado control del centro es Brad Wilczek, fundador de la empresa y consumado enemigo de Drake. Con la ayuda de una analizador de voz Scully descubre que el sospechoso disfrazó su voz electrónicamente y telefoneó al fallecido momentos antes de su muerte. Lamana acude a Eurisko para proceder a la detención de Wilczek. Cuando el ascensor en el que se encuentra llega al piso 29, comienza a caer violentamente estrellándose contra el suelo. Mulder descubre mediante Garganta Profunda que Wilczek ha estado trabajando intensamente en el desarrollo de una computadora con Inteligencia Artificial. Aunque el joven es arrestado por las muertes de Drake y Lamana, Mulder cree que es inocente. Una vez en prisión el joven admite que SCO es una máquina inteligente, y que cuando Drake intento desenchufarla para siempre, la computadora le mató en defensa propia.

Los agentes del FBI Mulder y Scully examinan una cinta de vídeo grabada por dos geofísicos que formaban parte de una expedición destinada en la Antártida. Su misión consistía en perforar el hielo ártico para recoger diversas muestras. Pero algo falló durante el proceso, y los miembros del grupo murieron, quedando solo los dos geofísicos que se mataron el uno al otro. Scully procede a practicarles la autopsia a los científicos muertos, para descubrir que algunos se suicidaron. También analiza las muestras extraídas y descubre que los miembros del primer equipo habían encontrado restos de un meteorito que chocó con la Tierra en el pasado. Todos fueron expuestos a un organismo alienígena que permanecía dormido en el hielo.

Un saboteador está poniendo en peligro el programa espacial norteamericano de la NASA, aunque sólo Mulder respalda esta teoría. El agente del FBI se encontrará con un antiguo héroe de su infancia, uno de los primeros astronautas y con Scully descubrirá una presencia que no es de este mundo.

Un antiguo amor de Mulder pide la ayuda de este para proteger a un miembro del parlamento británico de una serie de atentados con fuego. Scully se siente ligeramente desplazada, y pone todo su empeño en descubrir el misterio, que parece incluir a un sujeto con poderes pirotécnicos.

La muerte de su padre afecta profundamente a Scully, que ve en varias ocasiones a su fantasma. La agente del FBI no se atreve a confesarle a Mulder que el espíritu del hombre se le aparece. Para ocupar su mente comienza a buscar a una pareja que ha sido secuestrada. El único punto de referencia es un condenado a muerte que afirma poder solucionar, mediante sus poderes precognitivos, el secuestro de unos jóvenes. Luther Lee Boggs asegura conocer detalles del asesino en serie y describe los lugares por donde se mueve. A cambio de la valiosa información el reo pide el indulto. Dana no puede rechazar la proposición del convicto que le invita a hablar una última vez con su padre fallecido

Una serie de asesinatos con aparente motivación sexual conduce a los agentes Mulder y Scully a visitar una secta aislacionista en la zona rural de Massachusetts. La comunidad religiosa es conocida por su ferviente creencia cristiana. El asesino era miembro de la comunidad y parece poseer el extraño poder de cambiar de sexo. El hermano Andrew le confiesa a Scully que en su opinión las muertes han sido obra del hermano Martin. Los dos agentes serán capaces de dar con el asesino y tratarán de arrestarle, pero los miembros de la secta aparecen de improviso y se lo llevan. Cuando regresan a la comunidad religiosa, todos los hermanos de la secta han desaparecido.

Un antiguo amante de Scully es herido en un tiroteo con un ladrón de bancos a quien llevaba años persiguiendo. El delincuente, a quien Scully había disparado acaba falleciendo mientras que el agente Jack Willis se recupera. Sin embargo, su extraño comportamiento hace que Mulder dude acerca de quién ocupa el cuerpo del policía. Dupre controla el cuerpo de Willis, y se escapa del hospital, en busca de su esposa Lula. Scully intenta contactar con el espíritu de Dupre para contarle que Willis es diabético, y que un exceso de azúcar podría producirle un coma. Poco después Dan es secuestrada, y la mujer de Dupre intentará cobrar un rescate por ella

Mulder y Scully investigan un avistamiento de OVNI en Reagan, Tennessee. Los agentes del FBI entrevistan a un camionero llamado Ranheim que afirma haber disparado su pistola contra un misterioso objeto en el cielo. Los agentes observan que el camionero muestra síntomas del Síndrome de la Guerra del Golfo, una enfermedad que normalmente afecta a los veteranos del conflicto de Irak. Pero Ranheim asegura que él no participó en aquella batalla. Tras varias investigaciones Scully descubre que el verdadero nombre de Ranheim es Frank Druce, un ex-oficial de Operaciones Especiales que estuvo destinado en Irak. Mientras tanto Mulder recibe información Top Secret de Garganta profunda desvelando que Druce se encargaba de transportar los restos de un OVNI derribado en el espacio aéreo iraquí

Scully muestra a su compañero una cinta en la que el Revendo Hartley y su hijo adoptivo de 18 años Samuel ofician una misa para la comunidad de los Milagros. En el vídeo se ve como el joven posa su mano sobre una mujer enferma. Scully explica más tarde que la mujer tuvo que ser hospitalizada de urgencia donde poco después murió. Los agentes del FBI se trasladan a un pequeño pueblecito de Tennessee donde surgió la congregación del pastor Hartley y sus seguidores. Allí conocen al sheriff Daniels, quien les explica que en su opinión Samuel posee el 'Toque de la muerte'.

Transcurre en un remoto rancho de Montana, donde Jim Parker y su hijo Lyle son atacados ferozmente por una bestia con forma de lobo. Cegado por la oscuridad de la noche el ranchero dispara a la criatura matándola. Cuando examina el cuerpo Jim descubre que ha matado a un hombre nativo americano. Mulder y Scully hablan con el vaquero que les explica que algo está mutilando sus reses. Insiste que disparó contra algo con forma de lobo no al indio. Mulder examina la zona donde se encontró el cuerpo y descubre un trozo de piel translúcida. Curioso, acude a la reserva india de Trego para revisar el cadáver. A Scully no le permiten realizar una autopsia en profundidad después de observar que los colmillos de hombre son anormalmente grandes.

Michelle será el centro de otro enigma. El detective Barbala se suicida sorprendentemente mientras estaba acompañado por la niña y después un agente de seguros morirá también cuando al bajar de un autobús su bufanda queda atrapada en la puerta. La niña estaba curiosamente en el autobús. Los agentes descubren que esta niña puede ser la reencarnación de Charlie Morris, un agente asesinado hace nueve años y que ahora se está vengando de todos aquellos que estuvieron relacionados con esta muerte.

Mulder y Scully investigan la muerte del Doctor Ronald Surnow, un científico aeronáutico que desarrollaba un motor a reacción capaz de doblar la velocidad supersónica con la mitad de combustible. Surnow fue absorbido por el motor cuando quedó atrapado en un túnel de pruebas aerodinámicas. Tras interrogar a sus compañeros, los dos agentes del FBI descubren que otro miembro del equipo, Arthur Gamble murió en un accidente de coche, poco antes. También hablarán con Roland Fuller, un conserje deficiente que era la única persona presente en el laboratorio en el momento del accidente. Mulder se muestra curioso ante la capacidad del hombre para resolver complejas ecuaciones. Poco después Roland asesina a otro científico. Pronto descubrirán que Gamble y Fuller eran hermanos gemelos, por lo que Fox comienza a sospechar que tras su muerte Gamble está controlando la mente de su gemelo Roland Fuller.