Los expedientes X han sido cancelados. Esto provoca la separación de Mulder y Scully, que deberán acometer nuevos roles. Scully se encuentra dando clases en la academia del FBI, mientras que a su antiguo compañero se le asignan tareas de vigilancia. Aún así, Mulder está empeñado en destapar lo paranormal, con la ayuda del informante X y su nuevo compañero, el agente Alex Krycek.
Sin embargo, no será él quien tenga más posibilidades de conseguir el tan ansiado encuentro con lo paranormal...
El episodio comienza con varios asesinatos en Franklyn, un pequeño pueblo de Pennsylvania. Mulder acude al lugar para descubrir que los autores de los trágicos incidentes llevaron a cabo los crímenes en lugares públicos llenos de gente. El agente del FBI deduce que los dispositivos electrónicos encontrados en las escenas de las muertes están relacionados con el caso. Una mujer, Bonnie McRoberts, se vuelve agresiva e intenta atacar a Mulder, por lo que el sheriff local le dispara. Scully realiza la autopsia, y halla evidencias de una sustancia química similar al LSD en la sangre. Mulder descubre que el ayuntamiento de Franklyn rocía los huertos con insecticida para acabar con un insecto. Así comienza a sospechar que el pueblo es objeto de un experimento a base de agentes químicos, para intensificar y utilizar las fobias de los ciudadanos mediante mensajes subliminales.
S02E04 - Sleepless
El Dr Saul Grissom, pionero en el estudio de desordenes del sueño, llama al servicio de emergencias para avisar de un incendio en su edificio. Cuando el personal de urgencias llega a la vivienda encuentran el cuerpo sin vida de Grissom, pero ninguna señal del fuego. Skinner asigna el misterioso incidente a Fox Mulder y Alex Krycek, otro agente del FBI. Scully examina el cuerpo y descubre clásicas respuestas fisiológicas de víctimas de incendios, aunque el cadáver no muestra signos de quemaduras. El misterio aumenta después de hallar a Henry Willig muerto, con 43 hemorragias internas, señal de que ha sido disparado hasta la muerte. Los agentes no logran encontrar ninguna bala. Mulder descubre que los dos hombres eran veteranos de la guerra de Vietnam, y que estuvieron destinados en la isla Parris. Augustus Cole es el único superviviente de aquella brigada especial. Un confidente anónimo revela que Grissom realizaba experimentos relacionados con la privación del sueño con el objetivo de formar soldados más agresivos e intrépidos. El confidente asegura que Cole lleva 24 años sin dormir
S02E05 - Duane Barry - Part 1
Mulder se ve implicado en las negociaciones entre el FBI y un secuestrador que afirma haber sido abducido por los extraterrestres , Duane Barry . De hecho , su intención es entregar a alguno de sus rehenes a sus abductores , a cambio de su 'libertad' . Scully logra analizar un implante encontrado en Barry y descubre que es un ingenio artificial desconocido. En ese momento el secuestrador irrumpe en casa de Scully y la toma como rehén
S02E06 - Ascension - Part 2
Se trata de la continuación del episodio anterior. Duane Barry logra entregar a Scully a los extraterrestres , y ésta desaparece sin dejar rastro. En este episodio Mulder descubre que su nuevo compañero Alex Krycek está colaborando con los agentes del gobierno que pretenden neutralizar sus investigaciones.
S02E07 - 3
S02E08 - One Breath
S02E09 - Firewalker
El Firewalker es un robot diseñado por unos vulcanólogos que trabajan en las entrañas del Monte Avalon , en Washington . Mulder y Scully se ven inmersos en una extraña historia en la que una forma de vida no identificada , una espora surgida del fondo de la tierra , acaba con la vida de varios vulcanólogos en tiempo récord.
S02E10 - Red Museum
S02E11 - Excelsis Dei
S02E12 - Aubrey
Después de quedarse embarazada , una detective llamada B.J. Morrow comienza a padecer una larga serie de pesadillas , que suceden al tiempo de aparecer unas mujeres muertas con la palabra 'hermana' grabada en el pecho. Sin saber cómo , B.J.identifica en unas fotos antiguas al autor de unos crímenes aparecidos en 1947 y que más tarde resultará ser su propio padre.
S02E13 - Irresistible
En Minneapolis (Minnesota) un joven llamado Donnie Pfaster es perseguido por cortar mechones de pelo y uñas en el tanatorio dónde trabaja. Pese a que el caso parece limitarse a un simple episodio de fetichismo , los agentes del FBI se ven implicados en su investigación . En un principio la única supuesta conexión paranormal es el extraordinario poder de convencimiento de Pfaster..
S02E14 - Die Hand die Verletzt
S02E15 - Fresh Bones
S02E16 - Colony - Part 1
S02E17 - End Game - Part 2
Se trata de la continuación del episodio anterior. En él, los agentes del FBI persiguen al asesino de los clones. Descubren que éstos son el fruto de los visitantes que llegaron a la Tierra en los años 40 y que están tratando de establecer una colonia en nuestro planeta.
S02E18 - Fearful Symmetry
S02E19 - Dod Kalm
S02E20 - Humbug
S02E21 - The Calusari
S02E22 - F. Emasculata
S02E23 - Soft Light
S02E24 - Our Town
S02E25 - Anasazi - Part 1
¡La red de cobertura cinematográfica más grande del mundo ya está en México!