Absentia nos presenta a Emily, una agente del FBI que desaparece sin dejar rastro mientras tiene un importante caso entre manos: capturar a a uno de los asesinos en serie más peligrosos de Boston. Su marido Nick y prácticamente todos sus compañeros la han dado por muerta a pesar de que nunca se encontró el cuerpo.
Nick ha rehecho su vida con una nueva familia y casi se había olvidado de Emily cuando, seis años después, la encuentran luchando por su vida en una cabaña en el bosque. Para Nick, el regreso de Emily sería motivo de celebración si no fuera porque está casado y criando a un hijo.
Emily está confusa, sin saber muy bien qué ha pasado y sin recordar nada de su cautiverio. Tampoco recuerda el momento en el que desapareció, ni las circuentacians, ni su vida anterior. Por eso ahora, su marido Nick. es el encargado de retormar el caso para saber qué pasó y quién es el responsable y por qué Emily desapareció y no se acuerda de nada.