Los hermanos Hargreeves regresan al presente después de evitar el apocalipsis en 1963, solo para descubrir que su línea temporal ha sido alterada. Se encuentran con la Academia Sparrow, un grupo de superhéroes alternativos liderado por su difunto hermano Ben, que ahora está vivo y no los recuerda.
Las tensiones aumentan rápidamente entre los dos grupos mientras los Hargreeves intentan entender el impacto de sus acciones en el pasado y adaptarse a esta nueva realidad. Los Hargreeves deben enfrentarse no solo a los Sparrow, sino también a una misteriosa y poderosa entidad conocida como el Kugelblitz, que amenaza con destruir todo el universo.