Dos años después de los sucesos de la anterior temporada, con la familia Stone en shock tras un evento traumático, Ben tiene que renunciar a su papel de capitán, dejando a Michaela encargada de asumir el desafío. Todos los pasajeros están siendo monitorizados por un registro gubernamental, especialmente conforme se va aproximando sus fechas de la muerte. Un misterioso pasajero llegará con un paquete que cambia todo lo que creían saber sobre el Vuelo 828 de Montego y será clave para desvelar el misterio.