Megan Donner regresa a la unidad CSI justo a tiempo para trabajar en un nuevo caso, un avión se ha estrellado en la ciudad de Everglades. Mientras el equipo inspecciona la zona, inexplicablemente, descubren, a cinco millas del lugar del accidente, el cadáver de una mujer. Cuando la única superviviente de la catástrofe les revela que dicha mujer abrió la escotilla del avión con la intención de suicidarse, Horatio Caine empieza sospechar que algo raro se esconde detrás de todo esto.
S01E02 - Dar la cara
El instructor de Horatio muere al intentar desactivar una bomba y este trágico suceso afecta tanto al forense que se impone a sí mismo, como reto personal, encontrar al culpable. Por su parte, Megan empieza a plantearse si su compañero es el más indicado para hacerse cargo del caso, debido a su implicación emocional en el mismo, pero, finalmente, es él quien se queda al frente. Cuando avisan al equipo de la existencia de una nueva bomba, Horatio y Megan se dirigen al lugar del accidente y allí empiezan a sospechar que son instaladas con un claro propósito.
S01E03 - Pies mojados, pies secos
El ataque de un tiburón se transforma en un misterioso caso para el equipo de forenses, puesto que al analizar el cuerpo del animal encuentran en su interior el torso de un ser humano con una bala incrustada. En el desarrollo de la investigación, Megan y Horatio descubren un barco abandonado con una bala que coincide con el calibre de la anterior. Otros hallazgos inesperados, llevan a Horatio y Megan a pensar que tras todo esto se esconde el intento desesperado de la víctima por recuperar la libertad.
S01E04 - Sólo un beso
En la playa de Miami Beach aparece el cadáver de una mujer violada y el equipo de C.S.I. Miami debe hacerse cargo de la investigación del caso. Megan y Horatio interrogan al novio de la víctima y descubren que la noche en que se produjo el asesinato, ambos habían asistido a una lujosa fiesta en la mansión de la familia Hamilton, conocida por su gran fortuna y por su poder en el ámbito de la política. Posteriormente, los forenses encuentran diversas pistas que demuestran la implicación de la familia en el crimen, pero los Hamilton utilizarán todo su poder para salvaguardar su honor.
S01E05 - Ceniza a las cenizas
El equipo de C.S.I Miami encuentra el cadáver de un sacerdote que ha muerto a consecuencia de un disparo. En la escena del crimen analizan un vaso que posee la huella de un labio y deducen que pertenece a Cameron Medina, un monaguillo de doce años, que se convierte en sospechoso de asesinato. Cuando los forenses se desplazan a la casa del chico descubren que ha sido víctima de abusos físicos y deciden buscar al padre para interrogarle. Todo se complica cuando hallan su cadáver y concluyen que alguien le ha golpeado hasta darle muerte. Mientras tanto, Horatio y Delko se encuentran inmersos en otra investigación. Una mujer embarazada ha muerto y al analizar sus restos carbonizados descubren, extrañados, un diamante en su estómago.
S01E06 - Rotas
En el cuarto de baño de un restaurante aparece el cadáver de una niña de cinco años. El equipo de forenses encuentran pruebas que revelan que el asesino intentaba completar una operación de contrabando de niños. Más tarde, Calleig, Delko y Speedle descubren, para su sorpresa, una lista de nombres de personas implicadas en delitos sexuales, entre los que se encuentra un cliente habitual del restaurante; sin embargo, el sospechoso utilizará el vídeo grabado por la cámara de seguridad del establecimiento como coartada. Esto, unido a su profundo conocimiento de técnicas con las que eludir la Ley, hará que el caso se complique para el equipo de ''C.S.I Miami''.
S01E07 - Sin aliento
El equipo de C.S.I. Miami aborda un nuevo caso al ser descubierto el cadáver de un joven stripper, llamado Noel, que ha muerto después de participar en una fiesta exclusiva para mujeres en la que realizaba un espectáculo erótico. En un primer momento, Horatio sospecha que Noel ha sido envenenado. Sin embargo, la investigación tomará otro rumbo. Mientras tanto, Megan y Delko intentan aclarar las causas de la muerte de un buceador que, misteriosamente, fallece en su barco después de que hubiera terminado de practicar este deporte.
S01E08 - Matadero
Una familia es asesinada brutalmente en su propia casa y Horatio y su equipo se dirigen al escenario del crimen para encontrar las pruebas que les revelen la identidad del asesino. Al llegar allí encuentran los cadáveres de la madre, del bebé y de los dos hijos mayores. El padre y el hijo menor, al que descubren empapado en sangre, son los únicos que han resultado ilesos. Tras varios análisis, la sospecha inicial del equipo de C.S.I. Miami es que la responsable del crimen es la madre, inducida por una depresión postparto.
S01E09 - Zona letal
El equipo de Horatio Caine aborda un nuevo caso en el que tres personas han sido asesinadas a tiros en el centro de Miami durante la hora punta. Tras las primeras investigaciones, Horatio descubre que el impacto de los proyectiles está localizado en la zona de los ojos de las tres víctimas. Este dato lleva a pensar al investigador que los tres asesinatos fueron obra de un francotirador. Poco después se descubre un nuevo cadáver, pero los indicios de esta cuarta víctima no coinciden con los de las tres precedentes. Tras estudiar las trayectorias de la balas, Horatio y Calleigh descubren que el lugar donde se cobijaba el francotirador para disparar es la azotea de un edificio. Sin embargo, el equipo de forenses deberá continuar con sus pesquisas para evitar que el asesino ataque de nuevo a más inocentes.
S01E10 - Una mente horrible
El equipo de C.S.I. Miami comienza una nueva investigación presenciando una macabra escena: un hombre ha aparecido colgado de un árbol con evidentes signos de haber sido torturado durante un largo periodo de tiempo antes de morir. La víctima es un profesor universitario que impartía clases de una materia llamada ''La maldad de la humanidad: violencia a través de los años'.
S01E11 - Miedo en el campamento
Miedo en el campamento. El equipo de C.S.I. Miami inicia una nueva investigación tras la aparición del cadáver sin identificar de una joven cerca de un campamento de rehabilitación. En la escena del crimen, los forenses descubren marcas de neumático que provenían del centro. A pesar de que la víctima no era una de las cadetes, los investigadores están convencidos de que uno de los residentes del campamento puede estar ocultando información vital. Tras identificar a la chica fallecida y contactar con su autoritaria madre, Horatio sigue una nueva pista que aclararía la causa de la muerte. Mientras tanto, Speddle y Delko investigan el asesinato de una estafadora, cuyo rostro y cuello han sido quemados.
S01E12 - Orificio de entrada
Orificio de entrada. Horatio Caine y su equipo de forenses inician una nueva investigación cuando aparece el cuerpo de un prostituta apuñalado debajo de una cama en un pequeño hotel. La inspección ocular de la habitación revela que el asesino limpió la escena del crimen y lavó el cuerpo de la víctima en la bañera. Una huella dactilar con restos de sangre lleva a la policía a practicar un arresto. Sin embargo, Horatio sostiene la teoría de que el verdadero asesino puede haber manipulado el escenario del crimen para asegurarse su propia libertad. Mientras, Calleigh y Delko abordan el caso de un turista alemán que ha sido asesinado en un aparente robo de coche con violencia.
S01E13 - Desatino
Desatino. Cuando un hombre inocente fallece a causa de una intoxicación química después de haber entrado en una casa, Horatio y Speedle descubren que el inmueble es uno de los muchos laboratorios móviles de drogas utilizados por un una red ilegal. Los primeros indicios indican que las drogas que allí se fabrican pueden ser mortales, por lo que los investigadores deben encontrar nuevas pruebas que inculpen a los responsables antes de que muera otra persona. Por otro lado, Calleigh y Delko investigan el brutal asesinato de una anciana en un centro de mayores.
S01E14 - Entrada forzada
Entrada forzada. Un ladrón y violador ha sido asesinado tras ser atacado sexualmente, por lo que Horatio y Speedle se desplazan al escenario del crimen en busca de pruebas. Poco después, los forenses centran su atención en varios objetos robados encontrados en la casa del hombre. Mientras, Calleigh y Delko investigan la muerte del propietario de un crematorio. Los resultados de sus pesquisas indican que el caso está relacionado con la desaparición de una joven y con el descubrimiento de cientos de cadáveres.
S01E15 - Muerte andante
Muerte andante. La unidad del C.S.I. se cierra temporalmente cuando aparece el cuerpo en descomposición de un drogadicto expuesto a elevados niveles de radiación. Las diversas pruebas encontradas llevan a Horatio hasta una abogada que agoniza debido a un envenenamiento por radiación. Sin embargo, la mujer se niega a cooperar con la investigación para proteger la demanda que ha interpuesto a una compañía farmacéutica.
S01E16 - Indicio de cosas invisibles
Indicio de cosas invisibles. Los investigadores forenses del C.S.I. inician una nueva investigación cuando aparece el cadáver de un inmigrante de Europa del Este en la cabina de una barra americana. El único testigo del caso resulta ser la stripper que estaba actuando para la víctima en el momento de la muerte. Poco después, ella fallece tras ser atropellada. Horatio decide entonces interrogar al marido sobre las sesiones privadas que llevaba a cabo su esposa fuera de su horario habitual. Sin embargo, el hombre resulta ser la siguiente víctima y una misteriosa muestra de ADN encontrada en el dormitorio conyugal lleva al equipo del C.S.I. a encontrar al verdadero asesino.
S01E17 - Un hombre sencillo
Un hombre sencillo. El marido de la alcaldesa de Miami es acusado de asesinar a su criada con quien mantiene una relación. Sin embargo, mientras el hombre permanece bajo custodia policial se produce un asesinato de similares características. A partir de este momento, Horatio comienza a cuestionarse si han arrestado a la persona equivocada.
S01E18 - Día de liquidación
Día de liquidación. Un convoy policial que escoltaba a un camión cargado de droga es asaltado. El vehículo se dirigía a la incineradora local, donde se iba a llevar a cabo la destrucción del alijo. Durante el robo de la mercancía, el conductor del camión muere asesinado y Speedle recibe un disparo mientras monta su arma. Horatio no puede soportar que los medios de comunicación comparen dicho incidente con un caso similar, en el que hace varios años su hermano policía fue asesinado. Sin embargo, el peor momento llega cuando el Departamento de Asuntos Internos acusa a uno de los miembros del C.S.I. de comunicar a los ladrones el itinerario del convoy.
S01E19 - Doble tapadera
Doble tapadera. Horatio Caine entra en conflicto con el F.B.I. y los U.S. Marshals cuando investiga la causa del asesinato de una mujer en la piscina de un hotel. El caso se abre cuando una joven es encontrada muerta tras recibir dos disparos en la cabeza. La primera hipótesis indica que el responsable de la muerte podría ser un sicario, sin embargo la situación se complica cuando los federales y los U.S. Marshals muestran un creciente interés en la investigación. Además, el arma del crimen está relacionada con un caso que investigó la cuñada de Horatio hace tiempo. Por otro lado, Calleigh decide hablar con su padre sobre sus problemas con el alcohol, cuando piden a la joven forense que acuda a un bar en busca de su progenitor.
S01E20 - Unos chicos difíciles
Unos chicos difíciles. Un ex convicto a quien Horatio envió a prisión hace tiempo, pide al jefe del C.S.I. que le ayude a encontrar a su hijo desaparecido. Cuando los forenses acuden al dormitorio del chico en busca de pruebas, encuentran marihuana y munición en un árbol del jardín trasero de la casa familiar. Poco después, los investigadores localizan un zapato del joven que les lleva a un cementerio, lugar en el que hallan el cuerpo sin vida de un chaval. Una vez que esta información sale a la luz, los miembros del C.S.I. redoblan sus esfuerzos para evitar que la tragedia se repita. Por otro lado, Speedle investiga la muerte de un hombre por asfixia. La novia del fallecido, que se encontraba junto a él en el momento del fallecimiento, intenta sacar partido de la atracción que ejerce sobre el forense encargado del caso.
S01E21 - Vacaciones de primavera
Vacaciones de primavera. El equipo del C.S.I. se embarca en la investigación de un nuevo caso cuando dos universitarios que pasaban unos días de vacaciones en la ciudad son hallados muertos. La primera víctima es una joven cuyo cadáver ha sido encontrado en la playa con el cuello roto y marcas de mordeduras humanas en las piernas. El escenario del crimen del segundo fallecido es la piscina de un motel, aunque las pruebas revelan que el chico murió antes de caer al agua.
S01E22 - Polvorín
Polvorín. Horatio y su equipo de forenses del C.S.I. se sumergen en una nuevo caso cuando son informados del desastre producido tras el incendio de un local nocturno de moda: 16 personas muertas y decenas de heridos. Inicialmente, los investigadores centran su atención en el dispositivo pirotécnico del pinchadiscos del club, mecanismo que parece haber originado el fuego. Sin embargo, las pruebas encontradas en el escenario del crimen desestiman la teoría del accidente fortuito y refuerzan la hipótesis de un asesinato encubierto.
S01E23 - Adictos y espitosos
Adictos y espitosos. Una inesperada explosión dentro de un granero a punto está de acabar con la vida de Horatio y de su equipo, poco después de que los forenses hallaran en dicho lugar el cadáver de un hombre. Sin embargo, este caso se convierte en una cuestión personal para Horatio cuando descubre que el principal sospechoso conocía a su hermano fallecido. Alex, por su parte, que se encuentra en el laboratorio del C.S.I., apenas puede creer que el marido de su mejor amiga haya muerto debido a un aparente disparo fortuito.
S01E24 - Recuento de víctimas
Un interno de una cárcel de Miami aparece apuñalado en ell patio de la prisión. Poco después de que Horatio llegue a la escena del crimen aparece un helicóptero y se da cuenta de que el asesinato es una treta para ocultar una fuga. Las identidades de los fugitivos se hace pública y Horatio se da cuenta de algo terrible: dos de los fugados son asesinos a sangre fría que ya han elegido a sus próximas víctimas, y el otro es un pederasta que acababa de encerrar.
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