Babylon es una historia de suspense centrada en Zen Seizaki, un fiscal de la oficina del pública de Tokyo. Entre muchos casos e investigaciones de actos ilegales, se topa con una compañía farmacéutica que, según su instinto, comete acciones ilegales.
En su aventura para descubrirlo, se topa con una conspiración mucho más grande de lo que podía imaginar sobre la elección de una nueva zona autónoma en Tokyo.