Meredith ha salido de un triángulo amoroso, el formado por Derek, Addison y ella misma, para sumergirse en otro en el que ella es la única mujer que se encuentra entre Derek y Finn. Lejos de ser su mayor problema, Meredith sufre un accidente que le obligará a reconsiderar muchos factores durante la temporada.
Por otra parte, el matrimonio será un eje central con muchos personajes involucrados, y muchas situaciones inesperadas. Todo esto mientras el Seattle Grace recibe más pacientes, que siguen creando un impacto enorme en las vidas del personal.
Addison y Alex tratan a un bebé abandonado. Izzie llora la pérdida de su prometido Denny. Callie y Cristina tratan de ayudar a Izzie. Tras el encuentro de pasión con Derek, Meredith realiza una complicada elección entre Derek y Finn. George y Derek son temporalmente aislados del hospital por una plaga.
S03E02 - Soy un árbol
Los padres de Burke visitan a su convaleciente hijo pero aparecen en el peor momento posible (Cristina dando una sugerente sorpresa a su novio). Izzie continúa recluida en casa evitando la realidad. Meredith sigue sin decidirse entre Finn o Derek. Los médicos reciben la visita de un niño que, literalmente se ha convertido en un árbol. Derek y Addison asumen que su matrimonio está acabado.
S03E03 - Fantasías pasajeras
La lucha entre Derek y Finn por Meredith no encuentra límites, intentan conquistarla ofreciéndola cirugías y helados. George y Callie se enfadan, al igual que Mark y Addison. Izzie toma importantes decisiones y quiere volver a trabajar en el hospital. Para ello, el grupo de internos busca la ayuda de Bailey para que Izzie se pueda entrevistar con Webber. Cristina está molesta con Burke porque empieza a mostrar comportamientos depresivos.
S03E04 - Lo que soy
Webber ficha a un nuevo médico que levanta pasiones en el hospital. Mark Sloan y Derek trabajan juntos en un caso pero sus problemas fuera del hospital afectarán al paciente. Addison se muestra insegura en su tratamiento a Rebecca, una mujer embarazada que necesita una complicada cesárea. Derek trata la mano de Burke. Izzie conoce al padre de Denny y se da cuenta de lo mucho que no sabía sobre Denny. Meredith sufre apendicitis y bajo los efectos de la anestesia revela secretos divertidos.
S03E05 - Oh... La culpa
Derek y Addison finalizan su divorcio. Sin ninguna propiedad en común, salen a la luz desagradables recuerdos que no se pueden borrar. Bailey se plantea si su reciente maternidad ha influido en las insubordinaciones de los internos. Addison tiene el caso de una pareja de divorciados que tras un encuentro amoroso están enganchados. Burke se mantiene alejado de los quirófanos.
S03E06 - Deja que los ángeles se suiciden
Pese a que Cristina intenta ayudar todo lo posible a Burke a su vuelta en el hospital, no parece ser el mejor momento para el médico. La hermana de Derek, Nancy, viene de visita. Izzie volverá a trabajar después de la muerte de Denny, aunque con restricciones. Callie sigue evitando a George. Cristina mantiene oculto el secreto de Burke.
S03E07 - Donde deben estar los chicos
Los hombres del hospital Seattle Grace han decidido cambiar el bisturí por la tienda de campaña. Addison y Callie unirán fuerzas para tratar un paciente. Mark continúa molestando a todo el hospital, en especial a Meredith Grey. Bailey castiga a Cristina. Izzie buscará consejo en la persona que menos te esperas.
S03E08 - Mirando al Sol
Después del caos amoroso entre Meredith, Finn y Derek, Meredith promete ser optimista. Addison y Derek mediarán para que Webber afronte sus problemas con el alcohol y su matrimonio. El padre de George visita el hospital con un serio problema de corazón. Burke es el elegido para realizar la operación aunque George se mantiene escéptico.
S03E09 - De un susurro
Burke y Cristina no pueden ocultar el verdadero estado de la mano del cirujano. Cristina se deja llevar por primera vez por sus sentimientos y los antepone a su trabajo. Izzie debe recuperar la confianza de sus supervisores. El Seattle Grace atiende un complicado accidente de coche. George pierde la confianza en Burke y decide traer a la cardióloga Erica Hahn para que realice la operación de su padre.
S03E10 - No te acuerdes tanto de mí
La relación de Cristina y Burke no pasa por su mejor momento cuando se revela el secreto que escondían. Bailey intenta que sean castigados pero Webber no opina lo mismo. Meredith descubre que su hermanastra Molly ha sido ingresada en el hospital. Mark y Derek trabajan juntos en el caso de dos hermanos. George omienza a involucrarse demasiado en el caso de su padre.
S03E11 - Seis días - Parte 1
Izzie sigue sin saber qué hacer con su cheque de 8.7 millones de dólares. La operación del padre de George es pronto y todos comienzan a prepararse. Meredith tiene que soportar la visita de su padre y su familia. Cristina y Burke siguen sin hablarse. Meredith descubre que Derek le ha ocultado un problema de sueño.
S03E12 - Seis días - Parte 2
Los internos del Seattle Grace continúan preocupados. George y su familia esperan noticias de la operación de su padre. Tienen que tomar decisiones complicadas. Meredith intenta acercar posiciones con su padre. Izzie encuentra un cometido dentro del hospital. Aparecen en urgencias buscando ayuda: un paciente con el problema de no poderparar de llorar y dos dos compañeros de habitación con complicaciones.
S03E13 - Grandes esperanzas
Tras el fallecimiento de su padre, los problemas crecen para George e intenta evitarlos mediante el sexo. George y Callie tienen noticias. Izzie se centra en la Clínica Denny Duquette aunque surgirán problemas. Crecen los rumores de que Webber quiere abandonar su puesto. La relación de Cristina y Burke se mantiene igual pero ahora creará tensiones entre Meredith y Derek.
S03E14 - Deseos y esperanzas
Richard Webber ha anunciado oficialmente su retirada. Los médicos buscan conseguir el puesto de jefe de cirugía. Bailey comienza a trabajar junto a Izzie para sacar adelante la clínica en memoria de Denny Duquette. Meredith recibe a su madre en el hospital que curiosamente tiene períodos de lucidez. Cristina y Callie estudian sus propuestas amorosas.
S03E15 - Caminando sobre el agua
Los internos de cirugía del Hospital Seattle Grace se enfrentan a un espantoso accidente de ferry. Meredith, Alex, George e Izzie se ven obligados a acudir con urgencia al lugar de los hechos para ayudar a víctimas. Paralelamente, el hospital prepara su protocolo de catástrofes. Cristina decide contar las buenas noticias a Meredith antes que al resto del grupo pero se entera que están evacuando a víctimas.
S03E16 - Ahogándose en tierra
Derek sigue sin encontrar a Meredith, que ha desaparecido en el lugar del accidente. Addison y Alex tienen problemas. Izzie se encarga de un paciente crítico en la zona del accidente y realiza una operación de urgencia. Derek se suma al equipo que se ha trasladado a la zona del accidente. La vida de Meredith peligra cuando se descubre su paradero.
S03E17 - Una especie de milagro
El personal del hospital ayuda para que Meredith sobreviva. Mientras tanto Meredith, en el limbo, estudia sus opciones con algunos viejos conocidos. Cristina abandona el hospital y se refugia en el bar, incapaz de afrontar la verdad. Los afectados por la tragedia serán trasladados al hospital y los familiares de los heridos buscarán desesperados ayuda.
S03E18 - Cicatrices y recuerdos
Las relaciones de George con Callie e Izzie no pasan por su mejor momento. Callie confiesa un secreto que lo cambia todo. Derek recibe la visita de Helen Crawford, una vieja amiga que necesita operarse. Derek intenta persuadir a su amiga para que no se realice la cirugía. El hospital atiende a un veterano del ejército.
S03E19 - Mi error favorito
Callie y George reciben la visita del padre de ella, pero George no está en su mejor momento tras una noche de fiesta con Izzie. Comienzan las entrevistas para el puesto de jefe. Alex continúa ayudando a la mujer embarazada que tras el accidente de ferry se le desfiguró la cara. Meredith consigue una operación y Derek comienza a sobreprotegerla.
S03E20 - Una y otra vez
Meredith debe lidiar con su madrastra. Cristina se encuentra en una encrucijada entre Burke y Colin Marlow. Se descubre que Izzie fue madre adolescente, y se encontrará con su pasado cuando vea a su hija. Derek lucha por el puesto de jefe. Alex busca la identidad de la paciente Jane Doe que sigue sin recordar nada.
S03E21 - Deseo
Los internos se preparan para su inminente examen. Izzie y George deben asumir las consecuencias de la infidelidad. Callie hará todo lo posible por conservar su matrimonio. Derek y Meredith siguen aceptando las consecuencias del accidente. Mark pretende demostrarle a Addison su interés por ella con un voto de castidad de 60 días. Burke presiona a Cristina.
S03E22 - La otra cara de esta vida - Part 1
La primera parte del especial dedicado a Addison Montgomery. Tras su divorcio con Derek y sus relaciones fallidas con Mark y Alex la doctora visita Los Ángeles. Allí se reencuentra con viejos amigos y descubre nuevas amistades. Mientras tanto, en Seattle, Meredith y Derek no pasan por su mejor momento. Los planes de boda siguen adelante y Cristina comienza a agobiarse.
S03E23 - La otra cara de esta vida - Part 2
La segunda parte del especial dedicado a Addison Montgomery. La doctora continúa en Los Ángeles mientras que Seattle, Meredith mejora su relación con Thatcher y Susan. Pero lo bueno no durará mucho tiempo ya que Susan afrontará complicaciones médicas. Alex y Ava son conscientes de los sentimientos que están surgiendo. Cristina sigue lidiando con su madre y la madre de Burke debido a los preparativos de boda.
S03E24 - Probando 1, 2, 3
Meredith, Cristina, Izzie, George y Alex se preparan ante los inminentes exámenes. Deben aprobar ya que los cinco peores internos serán expulsados del programa. Se acerca la boda de Burke y Cristina pero ella tendrá problemas escribiendo sus votos matrimoniales. La tensión entre Callie, George e Izzie sigue aumentando.
S03E25 - ¿No lo teníamos casi todo?
El día de la boda ha llegado pero las dudas continúan creciendo. La condición de Adele hará saltar todas las alarmas de Webber. Jeff Pope llega al hospital buscando a su mujer y su hijo recién nacido. Se conocerá el sustituto de Webber. Saldrán a la luz los resultados de los exámenes. ¿Quién aprobará y quién suspenderá?
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