El enfrentamiento. Martin y Danny son víctimas de una emboscada en la que Emil Dornval acaba matando al prisionero que transportaban. Martin queda gravemente herido y Danny se obsesiona con la captura del culpable.
S04E02 - Safe
El equipo busca a un adolescente que estaba obsesionado con la seguridad en la escuela después de perder a su padre mientras veían lo que pasaba en las Torres Gemelas el 11 de septiembre. Martin y Vivian regresan tras dejar el hospital. Jack se muestra excesivamente protector con su equipo y pierde los nervios cuando Danny se pone a sí mismo en peligro.
S04E03 - From the Ashes
La novata Elena Delgado entra a formar parte del equipo cuando se dedican a buscar a Dina Kingston, una prostituta que recientemente había intentado suicidarse por problemas de dinero. Elena, cuya experiencia en la policía de Nueva York poco tiene que ver con la forma de hacer las cosas de los miembros de la Oficina de Desaparecidos, pronto se dará cuenta de que le queda mucho por aprender. Martin está cada vez más nervioso ya que su recuperación es excesivamente lenta.
S04E04 - Lost Time
Siete años antes, el profesor universitario Thomas Beal confesó y fue condenado por el asesinato de una alumna con la que mantenía relaciones, aunque el cuerpo nunca fue encontrado. Después de que alguien que parece la supuestamente fallecida Skye Petersen reaparezca, Jack reabre el caso, convencido de que las técnicas usadas siete años antes fueron las que hicieron a Beal confesar un crimen que no había cometido.
S04E05 - Honor Bound
El equipo de Malone busca a una joven de origen coreano, Wendy Kim, que ha desaparecido después de haber mantenido una discusión con su novio. Su familia no estaba de acuerdo con esta relación ya que la chica había roto un compromiso anterior con un joven de su raza para poder salir con su actual novio. Los investigadores tienen muchas dudas al respecto ya que barajan distintas posibilidades: que la chica desapareciera por propia voluntad o que su ex prometido o su novio sean los culpables de su desaparición.
S04E06 - Viuda Negra
Jack y Danny viajan a México para encontrar a un rico ciudadano norteamericano que fue secuestrado a punta de pistola delante de su esposa, Lydia Costin.
S04E07 - The Innocents
Malone y su equipo buscan a un hombre desaparecido llamado Bill Shields que abandonó su matrimonio y dejó su trabajo después de que su hija adolescente muriera de leucemia. La investigación lleva a los policías hasta una gran cantidad de fotos de pornografía infantil encontradas en la casa del hombre desaparecido.
S04E08 - A Day in the Life
La búsqueda de un niño desaparecido se sigue en esta ocasión desde el punto de vista de los angustiados padres. Susan y Larry Hopkins llaman a la policía cuando su hijo de quince años, Shawn, no llega a casa a la hora que había prometido. La desesperación de los Hopkins crece aún más cuando los investigadores los incluyen en la lista de posibles sospechosos. Los hombres de Malone descubren que el chico está implicado en muchos asuntos que sus padres jamás hubieran podido sospechar, lo que provoca muchos recelos entre ellos.
S04E09 - Freefall
El equipo de Malone busca a Max Cassidy, un agente del FBI amigo de Jack, que ha desaparecido después de haber dejado un emotivo mensaje en el contestador automático de su mujer, la también agente Anne Cassidy. En el mensaje, Max hablaba del asesinato de su compañero Jimmy, con el que estaba investigando un caso de espionaje industrial. Los miembros de la Oficina de Desaparecidos se preguntan si la desaparición de Max tiene que ver con este caso y si el policía ha sido también víctima de los asesinos de Jimmy. Como precaución y ante la peligrosidad de la operación, Max había intentado apartar a Jimmy de la investigación pero éste le había amenazado con contar a su mujer, Anne, un secreto que la agente desconocía. De esta forma, Jack y sus hombres tienen que considerar a Anne como posible sospechosa de la desaparición de su marido.
S04E10 - When Darkness Falls
Al caer la noche. Samantha investiga el caso de una mujer desaparecida con amnesia que podría ser una asesina. Mientras, el padre de Jack, Frank, que continúa su lucha contra el Alzheimer, decide que no quiere seguir viviendo en esas condiciones. Jack cree que no le queda más remedio que declarar a su padre incapacitado para que así pueda recibir el tratamiento adecuado.
S04E11 - Blood Out
Sangre por sangre. Los hombres de Jack Malone buscan a un médico desaparecido poco después de haber tratado con éxito a un joven que había recibido un disparo durante una pelea con una banda rival.
S04E12 - Patient X
La Oficina de Desparecidos trata de encontrar a una terapeuta que ha desparecido sin dejar rastro. El equipo sospecha que uno de sus pacientes, de identidad desconocida, puede estar implicado en el caso.
S04E13 - Rage
Los hombres de Jack Malone investigan la desaparición de Claire Hunter, una profesora de enseñanza secundaria de la que sospechan mantenía una relación con uno de sus alumnos, un chico de 14 años que también ha desparecido. La joven desapareció después de haberle propinado un tortazo a un hombre que intentaba coquetear con una amiga suya mientras estaban en el gimnasio. Los investigadores sospechan que el humillado hombre puede estar relacionado con la desaparición de Claire mientras investigan por qué la chica se cambió el apellido antes de mudarse de ciudad y de trabajo.
S04E14 - Odds or Evens
Cuando un ex marine, Andy Reynolds, desparece, Jack descubre que estaba acusado de violación en Japón y que estuvo encarcelado en ese país durante cinco años antes de su regreso a Estados Unidos. Después de recibir un vídeo en el cual una mujer japonesa, Kimiko Asakawa, asegura que Andy no es el hombre que le violó, Jack viaja a Japón para encontrar al verdadero culpable.
S04E15 - The Stranger
Leah Robinson, la madre de un chico de doce años que vive en una urbanización de las afueras de la ciudad y que frecuenta mucho la iglesia, desaparece. Pronto, el equipo empieza a sospechar que la mujer no es tan inocente como aseguran su marido y su sacerdote. Leah fue vista por última vez abandonando una galería de arte de Manhatan con un hombre con el que mantenía una discusión. Cuando el marido de Leah, Ken, dice que desconoce la identidad del hombre que iba con ella y las razones por las que ella estaba en un evento en la ciudad, el equipo empieza a barajar la hipótesis de que su desaparición esté relacionada con un tormentoso affaire. También siguen la pista a un cliente de Ken, a quien Leah echó de su casa a punta de pistola. La investigación da un giro inesperado cuando los agentes descubren que Leah siguió secretamente a su marido en su último viaje y le descubrió con una camarera que días después fue asesinada con una pistola de la misma marca que la de los Robinson.
S04E16 - The Little Things
Los miembros del equipo de Jack Malone tratan de encontrar a un niño de cinco años, Ethan Séller, que se encontraba en el asiento de atrás del coche familiar de sus padres cuando fue, aparentemente, secuestrado. Inicialmente, investigan la posibilidad de que los secuestradores busquen un cuantioso rescate de los padres del niño. No obstante, enseguida empiezan a sospechar del padre de Ethan ya que su mujer y sus amigos admiten que se había estado comportando de forma extraña últimamente y que, por insistencia de su mujer, había pasado la última semana en un hotel. Después de investigar durante un tiempo, los agentes encuentran evidencias de que el padre del niño ha estado en contacto con los secuestradores y está intentando salvar a su hijo por su cuenta.
S04E17 - Check Your Head
Los miembros del equipo buscan a Rachel, una columnista que sufre de agorafobia y que no ha abandonado su apartamento durante los dos últimos años. Mientras registran su casa en busca de pistas, descubren un walkie-talkie, un caja de balas y unas cuantas cartas de prisioneros y fans que le escriben para amenazarle o pedirle consejos.Los investigadores sostienen la hipótesis de que un fan obsesivo o un preso recién salido de la cárcel, que últimamente le había estado llamando, podrían haberla raptado.
S04E18 - The Road Home
Después de la intensa búsqueda de un joven de 18 años, los miembros del equipo se dan cuenta de que quien verdaderamente ha desaparecido es un chico de 15 años, Matt Jameson, jugador de la liga de baloncesto junior y que trabajaba como mensajero y aprendiz de cerrajero.Las sospechas recaen en un mensajero, compañero del chico, que fue encontrado con algunas de las posesiones de Matt. Los hombres de Malone también sospechan de un hombre tatuado que fue visto en compañía de Matt durante la época de su desaparición y un drogadicto que recientemente le había lesionado el brazo mientras intentaba robar en su apartamento.Mientras, una desconcertada Samantha trata de encontrar la causa del mal temperamento que últimamente tiene Martin.
S04E19 - Expectations
Esperanzas. Los miembros del equipo buscan a una mujer embarazada y enferma de sida que desapareció poco después de que ella y su marido acudieran a la última ecografía de su hijo, en la recta final del embarazo. Todos desconfían del marido de Megan, Brian, quien tuvo que marcharse a un viaje de negocios después de su visita al médico. Sus sospechas se hacen más fuertes cuando descubren que el marido tuvo un affaire después de que a su esposa le diagnosticaran la enfermedad que contrajo durante una relación anterior. Pero la investigación les lleva a descubrir que un médico criticó fuertemente a Megan por quedarse embarazada y poner en peligro la vida de su hijo. Más tarde, comprueban que la desaparición de Megan está muy relacionada con la desaparición de un niño en el mismo hospital tres semanas antes.
S04E20 - More Than This
Más de lo que hay. La Oficina de Desaparecidos busca a Breck Mulligan, un hombre joven y rico que ha desaparecido cerca del refugio donde él solía atender a mujeres indigentes, cómo parte de su sentencia por posesión de drogas. Mientras los agentes investigan si Breck fue víctima del marido de una de las mujeres o de un camello, no descartan que Breck haya vuelto a caer en el peligroso mundo de las drogas. El poderoso padre de Breck, Walter, asegura que su hijo ha sido secuestrado por alguien del refugio dónde él hacía su servicio para obtener una fuerte suma de dinero.
S04E21 - Shattered
Destrozada. Jack y su equipo trabajan en el caso de una joven patinadora sobre hielo, Kelly McMurphy, que ha desaparecido. Pronto, descubren que el hermano de Kelly, Jasón, un jugador de hockey, murió recientemente en un accidente de coche. El padre de los chicos, Pete, había presionado mucho al joven para que llegara a lo más alto de su carrera deportiva y éste había estado tomando esteroides. El equipo decide centrar en él su investigación, ya que Kelly estaba muy unida a su hermano.
S04E22 - Requiem
Requiem. Los miembros del equipo buscan a un viudo, Ted, y sus dos hijos, a la vez que intentan descubrir quién es el responsable del tiroteo que dejó el salón de su casa lleno de sangre. La familia fue vista por última vez en la puerta de su casa, donde Ted, visiblemente nervioso, prohibía a su hijo unirse a sus amigos para ir a ver un partido de baseball. Tras conocer que Ted se encontraba muy desanimado tras la muerte de su esposa y por la cantidad de deudas que tenía, los investigadores empiezan a sospechar que él pueda ser el responsable de la sangre que hay esparcida por su salón. No obstante, tras conocer la existencia de un hombre que amenazaba a Ted y del novio delincuente de su hija, los potenciales sospechosos aumentan.
S04E23 - White Balance
El color de la justicia. Cuando una chica blanca y un chico negro desaparecen en la misma noche, Jack teme que la prensa, como predice Vivian, se centre más en la desaparición de la chica que en la del chico. A pesar de que Jack intenta que hagan el mismo caso a los dos, la desaparición de la joven centra toda la atención de los medios. El superior de Jack, Van Doran, presionado por la opinión pública, ordena a Jack emplear más medios para resolver la desaparición de la chica. Esto provoca que el FBI no ponga el mismo empeño en buscar al chico negro.
S04E24 - Crossroads
¡La red de cobertura cinematográfica más grande del mundo ya está en México!