Eli lucha por salvar la vida de Jordan en el primer capítulo de la nueva temporada de "Eli Stone" En el estreno de la nueva temporada de "Eli Stone", han pasado seis meses desde que Eli se sometió a una arriesgada operación para extirparle el aneurisma cerebral y no ha vuelto a tener visiones. Pero para su sorpresa, cuando una grúa se cae encima de un edificio y Jordan queda atrapado dentro, es Nate, el hermano de Eli, quien tiene una visión que le muestra el lugar exacto donde se encuentra Jordan –y también tiene un aneurisma cerebral que la acompaña–, lo que los deja a los dos atónitos. Eli intenta convencer a Taylor de que el equipo de rescate está buscando a su padre donde no es, pero ella se niega a creerlo, lo que pone en marcha un enfrentamiento legal entre los dos ex amantes. Sigourney Weaver, ganadora de un Oscar, interpreta a una terapeuta como estrella invitada.
S02E02 - Grace
Katie Holmes aparece como estrella invitada interpretando en el papel de una abogada cuyo misterioso destino la lleva hasta Eli. La visión más reciente de Eli tiene la forma de una morena espectacular y segura de sí misma que le canta una canción. Para su sorpresa, descubre que esa chica, Grace, existe de verdad cuando la conoce en un partido de béisbol, y entre los dos comienza un romance arrollador. Esa misma semana Eli y Maggie representan a un padre que está intentando evitar que su hijo, muerto en Iraq, tenga un entierro militar.
S02E03 - No escrito
Jordan debe defenderse de quienes lo acusan de demente mientras Eli sigue adelante con un caso contra un fabricante de pintura con plomo que podría terminar en el Tribunal Supremo. La doble tensión que provocan los casos de Jordan y Eli arrastra a los dos amigos a una dura riña mientras el futuro de todo el despacho de abogados pende de un hilo. Por otro lado, Eli descubre gracias al diario de su padre que las visiones del futuro que tiene pueden cambiarse, pero con resultados muy inesperados que culminan en un giro que nadie, sobre todo Eli, había visto venir.
S02E04 - ¿Me quedo o me voy?
Tras la división del despacho de abogados, Eli y Jordan luchan por conservar a los asociados. Tienen que afrontar las repercusiones económicas del golpe de Jordan: los clientes más importantes de la firma optan por marcharse al despacho rival de Posner y Klein. Tras la insistencia de Taylor, Eli convence a Matt de que lo ayude en un caso relacionado con una detención que ha hecho el departamento de Seguridad Nacional para demostrarle que trabajar gratis puede resultar muy gratificante y convencerlo de que se quede en el nuevo despacho que están formando Jordan y Eli. Mientras, la última visión de Eli le revela la verdad sobre el prometido de Maggie, lo que finalmente la lleva a una decisión crucial sobre su relación.
S02E05 - El humanitario
Eli y Jordan siguen esforzándose por conservar sus clientes y mantener a flote su nuevo bufete. Eli convence a Jim Cooper, un filántropo multimillonario, de que les permita encargarse de la demanda con la que Cooper pretende conseguir permiso para poner en marcha un ensayo clínico que analice la eficacia de la marihuana medicinal como cura para la esclerosis múltiple en adolescentes, en concreto en el hijo de Cooper. Pero Eli se entera de que el hijo de Cooper no quiere participar en el ensayo, y esto lo pone ante un dilema moral. Mientras, Keith defiende a la hija de Patti, que ha sido detenida tras dar positivo en un control de alcoholemia, y Matt y Maggie intentan dar con el topo del nuevo bufete de Jordan y Eli que está ayudando a Posner y Klein a robarles clientes.
S02E06 - Feliz cumpleaños, Nate
Eli tiene visiones en las que se ve atrapado en el cuerpo de su padre el día en que Nate cumplió doce años. Estas visiones le dan pistas a Eli sobre cosas que puede utilizar en el juicio en el que representa a un chico que quiere emanciparse y librarse de su padre, Jim Cooper, un hombre poderoso e intimidante. En este juicio el testimonio experto de Nate como médico resultará crucial, pero pondrá en peligro su carrera. En el otro bando están Matt y Maggie, que trabajan para Cooper, con lo que los ex amigos y colegas tienen que enfrentarse delante del juez. Mientras, Taylor se teme lo peor cuando asume que no le queda más remedio que contarle a Matt que está esperando un hijo suyo, y Keith evita a la hija de Patti porque sospecha que consume drogas.
S02E07 - Socorro
El músico Seal se interpreta a sí mismo como invitado especial Eli interpreta mal su última profecía. Él y Keith defienden a la hija de Patti de una acusación de consumo de drogas, pero mientras Eli piensa que es inocente, Keith tiene serias dudas. Poco a poco Eli se va dando cuenta del verdadero significado de su visión, uno que va a cambiar para siempre su relación con Patti. Mientras, una ecografía y un consejo de Maggie ayudan a que Matt aclare un poco sus ideas sobre su relación con Taylor; con ayuda del nuevo cliente de Maggie, Matt consigue dos entradas para el concierto de Seal para él y para Taylor; y al darse cuenta de que Eli se siente solo, el doctor Chen le organiza una cita a ciegas con una de sus pacientes.
S02E08 - Dueño de un corazón solitario
Eli está decidido a descubrir si va a estar solo el resto de su vida, aunque tenga que sufrir las consecuencias. Tras unas cuantas citas con Ashley Cardiff, que es paciente del doctor Chen y cliente de Maggie, Eli decide contarle que tiene un don especial, pero la reacción de la chica le sorprende. El deseo de conocer su futuro hace que Eli recurra al rival de Chen, quien lo somete a un peligroso procedimiento con el que solo consiguen descubrir las desgraciadas circunstancias que rodean el compromiso de Nate y Beth. Mientras, una visión del futuro lleva a Eli a representar a un ganador del Premio Nobel de la Paz que en el futuro descubrirá la fusión fría, y Taylor descubre varias cosas inquietantes sobre Jordan al representarlo durante su divorcio de su actual mujer.
S02E09 - Dos pastores
Nathan cambia el papel de Eli de padrino de boda a pastor. A causa de su última visión, Eli tiene dudas acerca del amor de la prometida de Nathan y está ansioso por saber lo que le espera a Nate, por eso recurre a un nuevo acupuntor dispuesto a someterlo al peligroso método llamado "Verdad Oscura" que le permitirá ver el futuro. Mientras, Keith y Eli defienden a un pastor en un caso de discriminación, y Taylor y Matt descubren que su futuro hijo podría sufrir ciertas complicaciones.
S02E10 - Sonoma
Una de las mayores corporaciones mediáticas echa a uno de sus presentadores de telediario, y Eli, Taylor, Matt y Maggie comparten un incómodo viaje en coche hasta Sonoma para interrogar a una testigo. Taylor y Matt planean hacer una escapada antes de que nazca el niño, pero sus planes se estropean por culpa de su último caso, en el que tienen que enfrentarse entre sí. Decididos a pasar más tiempo juntos, engañan a Eli y a Maggie para que vayan con ellos en coche hasta Sonoma. Al llegar, empieza la carrera para conseguir a una testigo que está presa en la cárcel del condado. Para empezar, los cuatro abogados tienen que colaborar para sacarla de la cárcel, pero la jueza, una vieja conocida de Matt, aprovecha la ocasión para vengarse de él. Al volver a trabajar juntos, Eli y Maggie vuelven a sentir algo el uno por el otro. Mientras, Eli padece las consecuencias del tratamiento de la "Verdad Oscura", y sufre no uno sino dos aneurismas.
S02E11 - Combate mortal
Eli acepta el caso de un presentador de televisión al que han echado del trabajo. Después de acostarse con Maggie, Eli se enfrenta a ella en un juicio y se da cuenta de que se ha convertido en una abogada fantástica. Mientras tanto, Wethersby, Stone y Asociados sigue intentando mantenerse a flote, y Matt trata de ayudar a su antiguo bufete, lo que al final lo lleva a tomar una decisión trascendente.
S02E12 - En picado
Jordan conoce a un camarero del servicio de habitaciones de un hotel, Doug Stemple, que es una víctima más de la codicia empresarial, y decide que Eli y él lo van a representar. La empresa para la que trabajaba Doug, Emerson Financial, sufrió pérdidas a causa de una mala decisión de su ex director general. Como resultado, Doug y cientos de empleados de Emerson Financial se fueron a la calle cuando la empresa argumentó que no podía seguir pagándoles el sueldo; sin embargo, el ex director recibió 43 millones de dólares cuando lo destituyeron. Eli se da cuenta de que tienen que aceptar el caso en nombre de todas las personas que perdieron su trabajo injustamente. Mientras tanto, tiene visiones de su padre a bordo de un avión.
S02E13 - Plan de vuelo
Las visiones más recientes de Eli lo llevan a creer que alguien cercano a él va a morir en un accidente de avión. Mientras Eli intenta descifrar el misterio de cuál de sus amigos podría encontrarse con la muerte en el maldito avión, él y Keith aceptan el caso de una mujer llamada Diane que necesita un trasplante de corazón, pero los padres de la donante, muy creyentes, se niegan a darle el corazón de su hija porque Diane es atea. Eli no tiene ni idea de que el corazón por el que está luchando acabará teniendo una trascendencia mucho mayor. Mientras, Taylor y Matt se prometen y la confianza de Maggie en Eli sufre una dura prueba.
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