Protocol: Rain es una serie anime que narra la historia de Shun Tokinoya, un estudiante de segundo año de secundaria que vive con su madre y con su hermana. Su vida cambió cuando su padre falleció en un accidente de tráfico, en el que su hermana resultó herida. Como consecuencia tuvo que dejar de jugar a su videojuego favorito para ponerse a trabajar en una cafetería de esports llamada Fox One. Su día se basa en trabajar y estudiar, y en tratar de mantener la amistad con sus amigos de la infancia.
Shun recupera la ilusión cuando descubre que la cafetería tiene una gran deuda económica. Para aportar su granito de arena, Shun propone a sus amigos que participen en un conocido campeonato de esports para intentar ganar el premio en metálico y poder ayudar a Fox One a solucionar sus problemas financieros.
