Duro aterrizaje. Durante la última misión, la Sección dio por muerta a Nikita. Esto le ha permitido desvincularse de la organización por un breve periodo de tiempo y llevar una vida libre, trabajando como camarera. Pero Nikita es secuestrada por una organización terrorista que avisa a la Sección de que sigue viva.
S02E02 - Spec Ops
S02E03 - Third Person
S02E04 - Approaching Zero
S02E05 - New Regime
El nuevo régimen. Un importante miembro de la Sección ha sido herido en el transcurso de una operación. Mientras se recupera de las heridas de bala recibidas, un nuevo agente ocupa su lugar y elige a Nikita como su segunda de a bordo. Esto implica mayor responsabilidad para ella pero, por otro lado, no termina de confiar en su nuevo jefe.
S02E06 - Mandatory Refusal
S02E07 - Half-Life
Media vida. Durante una misión, Nikita descubrirá que Michael perteneció, durante su paso por la Universidad, a un grupo activista francés que sigue cometiendo actos de carácter violento. Ahora Michael tiene que enfrentarse a sus antiguos compañeros mientras acata las órdenes de la Sección.
S02E08 - Darkness Visible
S02E09 - Open Heart
S02E10 - First Mission
S02E11 - Psychic Pilgrim
S02E12 - Soul Sacrifice
Alma sacrificada. Durante una peligrosa misión, Nikita se da cuenta de que una de sus compañeras tiene dificultades para realizar su trabajo. Poco después, descubre que es porque está embarazada. La futura madre revela a Nikita que teme por el destino de su hijo, ya que la Sección pretende encargarse de él.
S02E13 - Not Was
La otra identidad. Michael ha sido secuestrado por un poderoso enemigo con el fin de obtener información de él. La Sección recibe instrucciones de capturar al secuestrador y liberar a Michael, que sufre una pérdida de memoria que pone en peligro su vida.
S02E14 - Double Date
Una cita doble. La Sección encarga una nueva misión a Nikita y Michael, que les obliga a trabajar con un compañero conocido por sus problemas psicológicos y por maltratar a su mujer. Durante la operación que deben desempeñar, surgen graves problemas cuando su compañero asesina a otros miembros de la Sección.
S02E15 - Fuzzy Logic
Contra toda lógica. Un grupo terrorista ha conseguido hacerse con el control informático de los satélites del Departamento de Defensa con el objetivo de preparar un atentado. La Sección decide secuestrar a un joven genio informático para conseguir la clave con la que actúan los terroristas y poder recuperar el control de los satélites.
S02E16 - Old Habits
Viejas costumbres. La Sección quiere acabar con un peligroso grupo terrorista. Para poder atraparlos, pide ayuda a la persona que se encarga de falsificar los documentos de los terroristas. Nikita sentirá remordimientos al descubrir que el falsificador que les ayuda es un asesino de prostitutas.
S02E17 - Inside Out
Al revés. Durante una misión, un miembro de la Sección Uno se adentra en la sede de un grupo terrorista. Allí se contamina con una potente bacteria mortal. Al regresar de la misión, el individuo contagiado pondrá en peligro a toda la Sección.
S02E18 - Off Profile
Un planning perfecto. Una nueva agente llega a la Sección para incorporarse al equipo de Michael. Éste y la recién llegada comienzan de inmediato una relación sentimental, pero él sólo está interesado en conocer la lealtad de la nueva integrante del grupo.
S02E19 - Last Night
La última noche. La Sección captura a un especialista en demoliciones de una organización terrorista, además incautan un ordenador que el grupo utilizaba. Al entrar en sus archivos, un virus contamina la base de datos de la Sección poniendo en peligro a toda la organización.
S02E20 - In Between
Entre la espada y la pared. En esta nueva misión, Nikita y Michael se enfrentan a un difícil caso: deben hacerse pasar por unos presuntos terroristas que desean invertir su dinero en operaciones ilegales del tercer mundo.
S02E21 - Adrian's Garden - Part 1
El jardín de Adriana. Nikita, tras ser secuestrada por su vecina y el novio de ésta, es trasladada a una granja en el campo. Allí conoce a Adriana, la fundadora de la Sección, organización que ahora pretende destruir y con ello liberar a sus componentes y terminar con las actividades de la misma.
S02E22 - End Game - Part 2
Se acabó el juego. La Sección descubre la existencia de un traidor entre los integrantes de su organización. Sospechan de Nikita y, tras ser capturada, deberá elegir entre la Sección y Adriana
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