Los protagonistas de 'Código Lyoko' son cuatro amigos del colegio: Jeremie, Ulrich, Odd y Yumi. Un día, juntos descubren un ordenador muy especial llamado Kadic, en el que encuentran un nuevo mundo virtual llamado Lyoko que está ocupado por un virus, Xana, y una joven de su edad, Aelita. Los cuatro amigos deciden unirse y ayudar a Aelita y entrar en ese mundo con la ayuda de unos escáneres especiales.
Según avanzan las temporadas aparecen nuevos personajes, tanto amigos como enemigos de los jóvenes. Además, descubren un nuevo sector, el quinto, llamado Cartago, hasta ese momento Lyoko solo estaba dividido en cuatro partes. La serie de origen francés está creada por Thomas Romain y Tania Palumbo, y tras su cancelación Pierdomenico Baccalario decidió continuar con las historias de este mundo escribiendo una serie de libros que prosigan la historia.