Ted y Barney discuten acerca de quién tiene preferencia sobre una chica guapa, pero Ted se da cuenta de que la acompaña Cindy. Robin sigue afectada por su ruptura con Don y Marshall no puede controlar sus deseos de formar una familia.
S06E02 - Desmontando la casa
Barney convence a todos para que les ayuden en la mudanza de la casa de su madre. Durante la mudanza creen encontrar al padre de Barney a través de una carta.
S06E03 - Incompleta
Ted vuelve a recibir la oferta de diseñar el edificio del GNB. Aunque la rechaza, Barney trata de convencerlo para que lo haga.
S06E04 - Carreras en el metro
Cuando el grupo se burla de Robin por no ser una auténtica neoyorkina, ella se preparará y les demostrará que están equivocados llevándoles a un restaurante del centro para echar una ojeada a Woody Allen, el neoyorkino por excelencia. Para ir al restaurante cada uno pensará en la forma más rápida de llegar, por lo que terminarán realizando una auténtica carrera para demostrar quién se conoce mejor Nueva York.
S06E05 - El arquitecto de la destrucción
Ted tiene un conflicto cuando, por una parte, persigue el trabajo de sus sueños como diseñador del nuevo edificio de GNB y, por otra, conoce a Zoey, una chica decidida a salvar el histórico edificio que será demolido para dar cabida al proyecto de Ted.
S06E06 - Hablando de bebés
Marshall y Lily investigan cómo concebir un bebé de un sexo concreto. Mientras tanto, Robin está cada vez más irritada con su jovial nueva co-presentadora, Becky.
S06E07 - Despidiendo a Randy
Cuando Zoey se inscribe en la clase de Ted, comienza a manipular a sus alumnos para que estén de su parte en la lucha contra la demolición del edificio que dará cabida al del nuevo proyecto de Ted. Mientras tanto, Marshall y Lily descubren a Robin participando en la cabalgata de la vergüenza de Halloween.
S06E08 - Historia natural
Cuando el grupo acude a un evento de etiqueta para recaudar fondos en el Museo de Historia Natural, Ted se acerca a Zoey y la ve de una manera completamente diferente cuando le presenta a su marido.
S06E09 - Glitter
Cuando Barney encuentra una copia del show canadiense "Space Teens" en el que participa el alter-ego de Robin "Robin Sparkles", el grupo aprende más de lo que ellos esperaban sobre el pasado de Robin como artista.
S06E10 - Acción de Blitz
Ted tiene decidido preparar la cena de acción de gracias para sus amigos, pero el grupo termina yéndose de fiesta toda la noche con The Blitz, un viejo amigo del colegio de Ted, Marshall y Lily, conocido por perderse siempre las cosas alucinantes de las fiestas a causa de irse demasiado pronto de ellas. Acaban en casa de Zoey, con quien Ted acaba viéndose forzado a cenar.
S06E11 - La teoría de la sirena
La nueva amistad de Ted con Zoey pone a prueba la teoría de que los hombres y las mujeres no pueden ser amigos. Él invita a al marido de la chica, apodado "El Capitán", a salir con ellos. Mientras tanto, Marshall le coge miedo a pasar tiempo a solas con Robin por culpa de una teoria de Barney.
S06E12 - Falso positivo
Marshall y Lily reciben una noticia impactante que acaba teniendo grandes efectos sobre el grupo y les obliga a replanterse sus propias vidas. Mientras tanto, Robin consigue un nuevo trabajo, Barney descubre la alegría de donar en Navidad y Ted empieza sus funciones como padrino de la boda de su viejo amigo Punchy.
S06E13 - Malas noticias
Marshall y Lily, con miedo a no poder quedarse embarazados, acuden a un especialista que, con suerte, pueda acelerar el proceso. Por otra parte, Robin empieza su nuevo trabajo.
S06E14 - Últimas palabras
El grupo viaja a Minnesota, donde Ted y Barney no dejarán de intentar hacer reir a Marshall. Mientras tanto, Marshall tendrá un desafortunado encuentro con Trey, un matón de la escuela que le aterrorizó durante su juventud.
S06E15 - Oh cariño
Zoey le organiza una cita a Ted con su prima, a quien el grupo empieza a llamar "Honey"al darse cuenta de lo ingenua que es. Mientras tanto, Ted se convoca a sí mismo una "intervención" después de tener una revelación acerca de sus sentimientos por Zoey, y es Barney quien acaba familiarizándose con Honey en lugar de Ted.
S06E16 - El día de la desesperación
Barney declara el 13 de febrero como el día de la desesperación, un día perfecto para ligar con chicas desesperadas, solas, con la autoestima por los suelos pensando que están destinadas a pasar solas el día de San Valentín. Mientras tanto, Lily sorprende a Marshall, que sigue en Minessota, por el día de San Valentín, y Ted y Zoey continúan su relación.
S06E17 - La isla de la basura
Marshall ve un documental acerca de la basura que flota en el océano Pacífico, y se obsesiona con salvar el planeta de los desastres medioambientales. Paralelamente, Ted tiene un incómodo encuentro con El Capitán, y Robin presiona a Barney para que admita que siente algo por Nora.
S06E18 - Un cambio de opinión
Robin tiene que sobreponerse a su ruptura con Don. Mientras tanto, Marshall no se quita de la cabeza la idea de ser padre, y Ted se reencuentra con Cindy, una chica con la que estuvo saliendo hace tiempo y que podría tratarse de su futura mujer.
S06E19 - Legenpapi
Barney conoce finalmente a su verdadero padre y se sorprende de la verdadera historia de su vida. Su problema para afrontar la realidad provoca que el grupo le haga una intervención.
S06E20 - El bocata explosivo de albóndigas
Barney y Lily no comparten la decisión de Marshall de renunciar a su trabajo en el Goliath National y marcharse a una organización en defensa del medio ambiente. Ted y Zoey verán afectada su relación por las diferencias que tienen por el futuro del Arcadian.
S06E21 - Caso perdido
Barney intenta demostrar a su padre que fue un error dejar su vida de borracheras, fiestas, y desenfrenos. Para ello, pide ayuda al grupo para que mientan sobre sus vidas y así parezcan más interesantes.
S06E22 - El cóctel perdido
Marshall y Barney discuten sobre la destrucción del Arcadian mientras que Robin y Lily tratan de emborracharles para que dejen de discutir. Ted planea un fin de seman romántico con Zoey para olvidar sus conflictos con el tema del Arcadian.
S06E23 - Monumentos
Ted está entre la espada y la pared en lo que respecta a su relación con Zoey. El trabajo de Barney corre peligro, y Robin da su opinión al respecto.
S06E24 - Acepto el reto
Robin y Barney se unen para intervenir en la relación de Ted con Zoey, hasta que Nora se cruza en su camino. Marshall y Lily comen algo en mal estado y temen ser víctimas de una intoxicación. Ted hace de padrino en una boda muy importante.
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