En apenas unos días, Héctor ha tenido que hacer frente a los momentos más duros de su vida: han encontrado el cadáver de uno de los chicos del internado y puede que pronto encuentren otro cuerpo, ya que uno de los muchachos sigue sin aparecer. El director se siente profundamente responsable, no sólo por el cargo que ocupa, sino porque son chicos a los que ha visto crecer. Elsa ha tomado una decisión sobre su embarazo: va a tener el niño cuente o no con el apoyo de Héctor, que tratará de asumir con responsabilidad su futura paternidad. Sin embargo, en todo este asunto hay una persona más con derecho a opinar: Pedro, que quiere saber si el hijo que espera puede ser suyo. La visión del cadáver de uno de los alumnos hará enfrentarse a Paula con la muerte, cuando aún está reciente la desaparición de sus padres. La pequeña empezará a obsesionarse con la muerte. Sin embargo, a Fermín no le interesan las preocupaciones de Paula sino el broche que tiene su muñeca y que le regaló el 'gnomo'. Es algo más que una simple joya y el cocinero sabe muy bien cuál es su verdadero significado.
S02E02 - Persiguiendo luciérnagas
Un nuevo profesor de matemáticas llego a la Laguna Negra: Mateo (Alejandro Botto), que no ha empezado con demasiado buen pie. Mientras trataba de averiguar el camino hacia el colegio, choca contra Amelia y la profesora decide vengarse a su manera por el incidente. Él, sin embargo, está encantado con las atenciones de la profesora, incluso aunque sean para hacerle la vida imposible. Uno de los alumnos se ha ido para siempre pero, minutos antes de su muerte, quiso dejar una pista: en su teléfono móvil grabó la clave para comprenderlo todo. Es un nombre: Irene. Pero Iván no quiere seguir con la investigación, está convencido de que si no hubiesen metido las narices su amigo seguiría con vida. No puede confiar en nadie, ni sus amigos, ni en Carol y mucho menos en su padre, que con tal de que declare a su favor, ha decidido traer a la juez al propio colegio. Héctor cree que con su dimisión ha evitado la expulsión de los chicos y, por eso, le parece bien que Elsa ocupe su puesto. Lo que no sabe es que los padres han puesto a Elsa una condición para aceptar el cargo y es, precisamente, que expulse a los chicos. Mientras, Fermín tiene una preocupación más inmediata: deshacerse del cadáver de su contacto, que ha aparecido muerto de un disparo en su propio coche.
S02E03 - El anillo
A Jacinta le han dado el alta y puede volver al que considera su hogar. Sin embargo, le esperan muchas sorpresas en su vuelta al internado... y no todas de su agrado. Elsa ha decidido introducir algunos cambios entrometiéndose en las que siempre habían sido las gestiones de la gobernanta, y la relación entre Héctor y María también ha cambiado. Julia, una nueva alumna, acaba de llegar a La Laguna Negra, pero no tiene la intención de quedarse encerrada ni un minuto más entre esas 'cuatro paredes'. Los chicos del internado, por el contrario, están encantados con la nueva, que al menos les distrae de su castigo: limpiar todo lo que mancharon sus compañeros en su sentada de protesta. Las relaciones amorosas en el internado no pasan por su mejor momento. Héctor empieza a estar ilusionado con el embarazo de Elsa pero ésta le reprocha que su corazón esté tan lejos de ella. Carol ha vuelto con Iván porque cree que debe apoyarle en el mal momento que está pasando, pero no puede disimular que sigue sintiendo algo por Marcos. Vicky le echa en cara este juego a dos bandas que, además, a ella le duele especialmente.
S02E04 - La caja de música
Elsa y Héctor ya han asumido su futura paternidad y es hora de asegurarse de que todo marcha bien. De comprobarlo va a encargarse el Doctor Martín, el mismo médico que asistió a la madre de Elsa en el parto. Pero las sorpresas no han hecho más que empezar; se oyen dos latidos durante la ecografía: Elsa está embarazada de gemelos. La noticia será para Jacinta como un jarro de agua fría. Hay algo que Elsa tiene que saber y debe decírselo cuanto antes. Llega el puente y todos los niños del internado aprovecharán para marcharse con sus padres. Todos menos Paula, muy triste porque no tiene a quien visitar, y Marcos, obsesionado por comprender qué hacía una fotografía de su hermana en la caja fuerte de Alfonso. Tampoco Carolina está demasiado contenta, su madre, una vez más, está demasiado ocupada y ha anulado los planes para el puente. A Iván no le hace ninguna gracia que Carol y Marcos se queden solos en el internado durante las fiestas. Julia no ha vuelto al internado desde que se marchó la noche anterior con su padrastro. Elsa está doblemente inquieta. Por una parte, es una alumna y es responsabilidad suya como directora, y por otra, si alguien se entera de que permitió a Julia salir de La Laguna Negra, creerán que realmente le dio un bofetón y por eso ha cedido al chantaje de la recién llegada. Para colmo de males, la madre de Julia ha llegado por sorpresa al internado con la intención de reconciliarse con su hija.
S02E05 - Atrevimiento o verdad
La hija de Jacinta ha fallecido en un accidente de tráfico en el que no todos los ocupantes del coche mueren en el trágico impacto. Miguel, su nieto, ha sobrevivido y la gobernanta es ahora su familiar más cercano. El pequeño tendrá que irse a La Laguna Negra para vivir con una abuela, a la que ni siquiera conoce. Mientras tanto, Elsa sigue investigando su pasado. Cree que Jacinta puede tener las respuestas a muchas de sus preguntas pero comprende que, con todo lo que ha sucedido, éste no es el momento de interrogar a la gobernanta. Julia descubre que fue Victoria la que robó el examen y la foto del cuarto de Mateo y no Iván, como todos creen. A Vicky no le queda más remedio que contarle a la nueva sus motivos y juntas investigarán si son ciertas sus oscuras sospechas acerca del profesor. En cualquier caso, será el último robo en el cuarto de Mateo, que ha cambiado la cerradura cortando así el acceso de los chicos al desván y a la caja fuerte. Iván, cada vez más harto de que ni siquiera Carol crea en él, tendrá además que soportar las burlas por el encarcelamiento de su padre, cuya foto ha salido publicada en todos los periódicos. Por fin ha llegado el nuevo contacto de Fermín, pero después de lo ocurrido el cocinero ya no se fía de nadie. No piensa volver a poner su vida en peligro confiando en alguien que no conoce. Realizará todas las pruebas necesarias para asegurarse de que el recién llegado es quién dice ser. No es el único que desconfía de todo y de todos. Con todo lo que está pasando, Marcos cada vez está más preocupado por la seguridad de Paula. Por eso, ha decidido marcharse con su hermana a vivir a otro colegio.
S02E06 - Ver para creerlo
Iván averigua, a través de una carta de su prima, toda la verdad sobre su pasado, todo lo que sus padres quisieron siempre ocultarle. También Carol ha recibido noticias de su familia; su madre ha sido ingresada de urgencia en el hospital. Además, se ha enterado de la peor forma: de boca de los periodistas del corazón. Dos crisis familiares que se suman a la situación de Jacinta y Miguel. Ella, tratando de adaptarse a su nuevo papel de abuela y él, intentando superar la muerte de sus padres. Miguel está resentido por lo que acaba de vivir y conseguirá crearle una duda existencial a Paula: ¿existe Dios? Las investigaciones de los chicos empiezan a dar sus frutos. Publicaron un anuncio para seguir la pista de las niñas desaparecidas y ahora, por fin, alguien ha respondido a su llamada. También Vicky y Julia parecen haber dado en el clavo con Mateo. El joven profesor llegó a La Laguna Negra huyendo de su pasado, pero las chicas no van a permitir que olvide tan fácilmente lo que hizo. A Fermín, sin embargo, no le va demasiado bien con sus pesquisas. Justo cuando había averiguado cómo abrir la caja fuerte de Alfonso, le han comunicado que su misión en La Laguna Negra ha terminado. Elsa quiere dar una rueda de prensa para aclarar el incidente con la madre de Carol pero, una vez más, Héctor no está de acuerdo con su decisión. La directora no soporta más la actitud de Héctor, siempre en desacuerdo con ella tanto en lo profesional como en lo personal. Pedro también está harto del comportamiento de Elsa, que siempre ha jugado con él y es la culpable de su ruptura con Amelia. El profesor de deportes ya no aguanta más, está decidido a decirle a Héctor, su amigo de siempre, toda la verdad.
S02E07 - Mi amigo el monstruo
Evelyn está enfadada con Paula. Su amiga se ha empeñado en decir que el gnomo es bueno pero ella cuando le ha visto se ha asustado mucho. Elsa escucha cómo las pequeñas discuten sobre el encuentro y comprende, por fin, que no es una invención de Paula. La directora tiene fundadas sospechas sobre cuál puede ser la identidad del gnomo y está convencida de que Jacinta puede aclarar todas sus dudas. Si no obtiene respuestas, lo averiguará por su cuenta. Los chicos ven en el periódico que la jueza Saavedra no se ha presentado a un juicio muy importante que tenía que oficiar. Ha desaparecido para siempre, como las pruebas que guardaban en el desván. Sin embargo, Vicky acaba de recordar que hizo una copia del vídeo de Cayetano en su portátil. Es un respiro para todos los chicos excepto para Carolina, que últimamente se comporta de una manera muy extraña. Marcos comienza a sospechar que Carol no está siendo del todo clara con ellos. Muchos de los secretos de Laguna Negra comienzan a salir a la luz. María está descubriendo cosas cada día más extrañas sobre Fermín, sospechosamente interesado en las obras de arte del colegio. Aunque el cocinero le pedirá que confíe en él, ella no puede dejar de preguntarse para qué quiere Fermín una pistola. También Mateo trata de esconder su secreto a toda costa, pero las investigaciones de Julia obligarán al profesor a confesar toda su verdad.
S02E08 - El polo norte
Los chicos han decidido abandonar la investigación. Han pasado demasiadas cosas: primero la desaparición de los cinco huérfanos, luego la muerte de Cayetano y la jueza y, ahora, la madre de Carol también puede estar en peligro. Se marcharán con la ruta y ya no volverán más al internado. Todos menos Marcos, claro, obligado a quedarse en La Laguna Negra quiera o no.
Paula está muy triste. Su amigo el "gnomo" ya no cuidará nunca más de ella y además Héctor, en el que tanto confiaba, es el culpable de esa situación. Son sus primeras navidades lejos de casa y espera que los reyes magos le traigan lo que pidió: que vuelvan sus papás.
Elsa se recupera de los golpes que sufrió en la cueva del gnomo aunque tiene heridas que ya no van a cicatrizar nunca. Para asegurarse de que todo va bien el doctor Martín está haciendo más pruebas, algo que a Elsa no le hace demasiada gracia.
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