Siete años más tarde, la muerte de Michael Scofield atormenta a Lincoln Burrows, su hermano. Sin embargo, unas pistas que llegan al poder de Lincoln muestran que Michael podría estar vivo. Según las mismas, Michael estaría encerrado en la famosa Prisión de Ogygia, localizada en Yemen. Además, el preso se escondería tras el nombre de Kaniel Outis.
Tal y como hizo su hermano tantos años atrás, Lincoln arriesga su vida viajando a Yemen, con el objetivo de rescatar a Michael y llevarle a casa.