Michael Scofield ha vuelto a la prisión; pero, en esta ocasión, se trata de la prisión de Sona y el motivo es la muerte de William Kim, el guardaespaldas asignado al Presidente. Michael descubre pronto que La Compañía tiene retenidos a Sara Tancredi y a su sobrino, L.J.Burrows.
Sin embargo, hay una posibilidad de liberar a los secuestrados. Si Michael consigue liberar a James Whistler, también preso en Sona; se producirá un intercambio entre el propio James y los retenidos por La Compañía.
Michael ha vuelto a estar bajo rejas. Sin embargo, la nueva prisión es conocida como Sona, una pequeña cárcel donde no hay ningún tipo de autoridad en su interior, y cada recluso debe luchar por su vida. Michael no será el único recluso allí encerrado y comprenderá que la compañía tiene un plan oculto para él. Fuera de los muros, Lincoln descubre que Sara ha desaparecido y, además, unas noticias inquietantes sobre su hijo.
S03E02 - Fuego / Agua
Michael y Mahone encuentran a Whistler. Este no parece querer de la prisión, plenamente consciente de que, fuera de los muros de Sora, las represalias serían terribles. T-Bag consigue ascender en la jerarquía penitenciaria gracias a la revelación de un detalle de Whistler. Mientras Lincoln intenta liberar a su hermano, este se encuentra con Sucre, quién aún busca a su esposa.
S03E03 - Llamada en espera
Michael no parece estar dispuesto a favorecer los deseos de la compañía, salvo que se consiga comunicar con Sara. La organización no parece estar dispuesta a satisfacer sus necesidades. Ahora, Michael, Lincoln y la compañia deberán buscar un acuerdo para que el plan de fuga comience. Mahone recibe noticias desalentadoras sobre la fecha de su juicio.
S03E04 - Buenas vallas
La compañía está impaciente por que Michael comience a elaborar el plan pensado. Para ello, deciden chantajear al recluso con la presencia de Sara. Este, entonces, comienza su plan de fuga y analiza la prisión, llegando a la conclusión de que la electricidad es el sustento principal de la prisión y que la única forma de escapar es reclutando a un viejo conocido. T-Bag y Bellick reciben la atención de Lechero.
S03E05 - Interferencia
Andrew Tyge es el recluso más reciente de la nueva prisión. Este, además, dice conocer a Whistler, lo que hace sospechar a Michael sobre la personalidad del prisionero. Aún así, este decide seguir dedicándose al plan de fuga. Por su parte, T-Bag y Sucre comienzan a trabajar en un área profesional que, hasta ahora, ambos desconocían.
S03E06 - Foto final
Michael amenaza con cancelar el plan de escape, a menos de que este vea una foto reciente de Sara, prueba suficiente para demostrar que está viva. En la prisión, Whistler es el sospechosos principal del asesinato de Tyge. Sin embargo, Michael encuentra una pista que podría apuntar en otra dirección. Lincoln y Sofía tratan de ultimar los detalles finales de la fuga encabezada por el pequeño de los Burrows.
S03E07 - Vamonos
La muerte de Sara llega a los oídos de Michael. Este resulta ser el impulso definitivo para este, que decide desafiar a Whistler a un combate, cuerpo a cuerpo, para distraer a los presos. Aprovechando esta confusión, el plan de escape da comienzo. Sofía y Lincoln esperan a los reclusos, mientras los agentes de la compañía tratan de retener a LJ como moneda de cambiio. Sucre vigila los movimientos de Susan.
S03E08 - Sangre y fuego
Susan está lista de esperar y pone en marcha su propio plan de escape, aún sabiendo que esto podría poner en peligro la vida de Michael. Por su parte, Lechero, que quiere huir con estos, ofrece un dato revelador para poder certificar la huida. Sofía consigue averiguar quiénes Whistler en realidad. Lincoln y Sucre se convierten en objetivos de la Compañía.
S03E09 - Enjaulado
El general Zavala reemplaza al coronel Escamilla como autoridad en Sona. Este decide interrogar a Michael para descubrir al responsable de los helicópteros encima de la prisión. Sin embargo, este decide no contestar, algo que le meterá en serios problemas. Lincoln sale del hospital pero la tranquilidad no acompaña al antiguo recluso. Mahone regresa a Sona, y, como su camello, T-Bag aprovecha esto para intentar chantajear al ex agente.
S03E10 - Bajo tierra
Un golpe de estado, encabezado por Sammy, supone el último de los problemas a los que se enfrenta Michael. El recluo ha ocupado la habitación de Lechero, hogar del túnel que facilitaría su huida. Ante esto, T-Bag obliga a Bellick a combatir frente a Sammy y si consigue ganar, podrá fugarse con estos. Sucre se encuentra con una Susan dispuesta a acabar con la vida de Maricruz, si fuera necesario.
S03E11 - Abajo y fuera
Las lluvias pillan por sorpresa a Michael y a su plan. Una tormenta ocasionada por el fenómeno meteorológico amenaza con inundar el túnel de huida, lo que obliga al recluso a adelantar su plan. Ante esto, T-Bag y Bellick comienzan a buscar contactos que sirvan como aliados en el exterior. Susan descubre la última de las trampas de Sucre y le da un ultimátum.
S03E12 - Contra viento y marea
Luis es el fichaje final para el plan de huida de Michael. La misión del recluso consiste en conseguir que Lincoln se ponga en contacto con su padre. Los reclusos comienzan su huida teniendo, tan solo, 30 segundos para llegar al exterior y que la luz de los focos no detecten sus intenciones. Sin embargo, estos desconocen que una de sus piezas fundamentales está a punto de sufrir un revés.
S03E13 - El arte de la negociación
Michael y Lincoln deben entregar a Whistler si quieren que LJ y Sofía sigan con via. McGrady es el único que parece haber burlado cualquier control autoritario y se reúne con su familia, que espera con los brazos abiertos al recluso. Mahone, sin embargo, no tiene el mismo recibimiento. Lechero lucha por su vida. T-Bag recibe una propuesta interesante mientras Sona se prepara par aconocer a su nuevo líder.
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