Cuando se encuentra un cadáver en estado avanzado de descomposición durante una limpieza rutinaria en el estanque del Cementerio Nacional de Arlington, el agente especial del FBI Seeley Booth embauca a la conocida antropóloga forense (y novelista de gran éxito) Temperance Brennan para que ayude a identificar el cuerpo. Brennan (o Bones como a Booth le gusta llamarla) acaba de llegar a casa de un trabajo de dos meses en Guatemala, donde estuvo identificando las víctimas de un genocidio, y no está de humor para echar una mano a Booth. Brennan rechaza colaborar con Booth a no ser que él le prometa total participación en el caso. Booth acepta a regañadientes y así nace su sociedad. En la escena del crimen Brennan realiza la identificación preliminar de la víctima con la ayuda de su asistente Zack Ady. Brennan determina que el cuerpo (casi esqueletizado) pertenece a una mujer entre 18 y 23 años, de raza desconocida. La forma del hueso pélvico establece el sexo. La fusión epifisial establece la edad. Brennan puede ver por un abursitis en el hombro que la víctima era jugadora de tenis. De vuelta al Jeffersonian, Brennan discute con su jefe, el Dr. Daniel Goodman, sobre por qué le han asignado a ella este caso con el FBI sin su permiso. Goodman le recuerda que el Jeffersonian es una agencia fundada con dinero del Estado y que puede prestar sus servicios a otras agencias federales cuando él lo crea conveniente.
S01E02 - El hombre en la unidad especial de víctimas
Durante una conferencia árabe-americana un hombre sale a toda prisa. El sujeto, con claros rasgos árabes, tiene varias lesiones en su cara. Tras subirse en un coche, comienza a recibir llamadas telefónicas que le ponen cada vez más nervioso. Al parar en un semáforo, el coche explota por los aires y causa la muerte inminente de su conductor. Cuando Booth llega a la escena del crimen, la doctora Brennan y Angela ya se encuentran allí. Juntos comienzan a extraer los primeros datos sobre el crimen cometido. El máximo sospechoso es Farid, otro miembro de la liga árabe al que inicialmente se le acusa de acción terrorista. La misión de Bones, Booth y el resto del equipo es demostrar si esto es cierto o no. Para ello, el papel de los restos de la víctima y la memoria de su teléfono móvil serán claves en la investigación.
S01E03 - El niño en el árbol
Un cuerpo sin identificar aperece colgado de lo alto de un árbol en un colegio privado. Su estado de corrupción impide identificarlo, pero la doctora Brennan puede deducir que lleva allí colgado varias semanas. La cuestión toma un cariz aún más serio cuando se descubre que el cuerpo pertenece al hijo de los embajadores de Venezuela en Estados Unidos. Un colgante encontrado en los restos del cadáver y unos comprometedores vídeos caseros protagonizados por los alumnos de la escuela privada, servirán de ayuda a las investigaciones forenses. El papel de Bones será fundamental en este incidente, que mezcla conflictos diplomáticos con escándalos sexuales.
S01E04 - El hombre en el oso
Una veterinaria halla una mano en el interior de un oso, en un pequeño pueblo del estado de Washington. El agente Booth debe hacerse cargo del caso, ya que es necesaria la ayuda de la doctora Brennan para determinar la identidad de la víctima y los factores que intervinieron en su muerte. Juntos viajan hasta allí, donde descubren pistas que les indican que la mano encontrada, perteneciente a Adam Langer, es tan sólo una prueba de que existe un caníbal suelto por el pueblo.
S01E05 - Un chico en un arbusto
El agente Booth interrumpe una charla de la doctora Brennan a unos estudiantes de Antropología porque necesita la colaboración de su equipo para analizar unos restos humanos y determinar si corresponden a Charlie Sanders. Se trata de un niño de 6 años que desapareció en los alrededores de un parque. Todo el equipo trabaja en el laboratorio y estudia los restos humanos hallados en el parque para determinar que pertenecen al chico desaparecido. Las pruebas encontradas revelan también que el niño pudo ser víctima de una agresión sexual, algo que deben investigar para hallar al culpable.
S01E06 - El hombre de la pared
Angela y la doctora Brennan acuden a un club afroamericano donde pincha el DJ más conocido de la ciudad. Brennan habla de música tribal para denominar el hip hop, lo que disgusta a un grupo de gente. La trifulca provoca que se rompa una pared, en cuyo interior se halla un cuerpo momificado con restos de droga. La doctora Brennan investiga hasta determinar la identidad del cuerpo. Se trata de Mount, un conocido DJ por sus peleas con el anfitrión de aquella noche, DJ Rulz. Tras averiguar que estaban enfrentados por una chica, el agente Booth interroga a familiares y amigos en busca de respuestas.
S01E07 - Un hombre en el corredor de la muerte.
Faltan 32 horas para que el condenado Howard Epps sea ejecutado mediante la inyección letal por la muerte de April Wright, una chica de 17 años. Aunque él sigue manteniendo que es inocente, su abogada, Amy Morton, hace una petición de última hora a Booth para reabrir el caso, puesto que fue éste quien le detuvo. Aunque Booth piensa que Epps es culpable, reconoce que el caso tenía algunos flecos sin cerrar, así que pide a Temperance Brennan y a su equipo que repasen las pruebas. La doctora encuentra irregularidades forenses en el caso, que deberá resolver antes de que se lleve a cabo la ejecución.
S01E08 - La chica de la nevera
La doctora Brennan recibe la visita de Michael, un antiguo profesor de la universidad en la que estudió y con el que tuvo una relación más que cercana. El agente Booth informa a Brennan de la aparición de un cadáver en una nevera y todo el equipo se pone a trabajar en el caso. Tras las investigaciones pertinentes, los expertos llegan a la conclusión de que se trataba de una chica joven, de unos 19 años. Cuando Booth y Brennan acuden a interrogar a unos amigos de la víctima, reúnen pruebas suficientes para incriminarlos en la muerte de la chica. Booth descubre que Michael, el profesor de Brennan, es el experto que testificará en el caso en favor de la defensa, lo que provoca que la doctora se tome la acusación como algo personal.
S01E09 - El hombre del refugio radioactivo
En plenas fiestas navideñas, Brennan y su equipo tienen que investigar la muerte de un hombre cuyos restos aparecen dentro de un refugio radioactivo que fue clausurado muchos años antes. Zach y Hodgins comienzan a cortar los huesos, pero saltan las alarmas debido a un hongo que se desprende de ellos y todos acaban encerrados en el laboratorio como medida preventiva.
S01E10 - La mujer en el aeropuerto
Brennan y Booth viajan a Los Angeles para investigar el asesinato de una prostituta con muchas cirugías plásticas; Goodman y Hodgins entran en conflicto durante la autentificación de los restos de un ejemplar de la Era de Hierro. El grupo tiene la esperanza de descubrir la historia detrás de los restos, que se encuentran en excelentes condiciones considerando su edad.
S01E11 - La mujer del coche
Brennan y Booth buscan a un pequeño de ocho años cuya madre fue asesinada y cuyo padre está a punto de atestiguar en una demanda contra una compañía americana por la fabricación de equipos de blindaje defectuosos que fueron utilizados en la guerra contra Irak. Brennan es entrevistada en la televisión por el éxito de su última novela y descubre que su vida no aumenta el nivel de audiencia.
S01E12 - El superhéroe en el callejón
Brennan y Booth investigan los orígenes de un cuerpo en descomposición hallado en un callejón y con unas ropas extravagantes. Juntos descubren que pertenecen a un adolescente que llevaba una doble vida sin que su familia lo supiera.
S01E13 - La mujer del jardín
Un joven salvadoreño es detenido y en el maletero de su coche se encuentra un cadáver. Mientras le están interrogando en la calle, se produce un tiroteo y el detenido consigue huir. La doctora Brennan y el agente Booth consiguen averiguar la identidad del cuerpo. Se trata de una mujer que fue enterrada en un jardín. Al investigar la zona en la que pudo ser enterrada, descubren que hay una segunda tumba vacía. Las pistas les conducen hasta la casa de un Senador, donde el detenido trabajaba como jardinero. La investigación se hace cada vez más complicada puesto que nadie está dispuesto a dar información sobre las identidades de las víctimas.
S01E14 - El hombre en la calle
Brennan y su ayudante Zack investigan un accidente de avión, en cuyo interior viajaban un grupo de diplomáticos chinos y una mujer. En el lugar del accidente, Brennan encuentra restos de hueso que no pertenecen a ninguno de los pasajeros pero que podrían ser de un hombre desaparecido hace cinco años. Goodman ordena al equipo centrarse en el caso de los diplomáticos, pero Brennan decide investigar por su cuenta los huesos encontrados.
S01E15 - Dos cadáveres en el laboratorio
Cuando Brennan está a punto de entrar en un restaurante en el que había quedado con un hombre que conoció por Internet, consigue escapar de ser el objetivo de unos disparos, y ella y Booth intentan descubrir al asesino. ¿Era él el hombre con el que se iba a citar, o tenía algo que ver con los dos cuerpos que está investigando? La doctora insiste en continuar con sus investigaciones y Booth se mantiene a su lado hasta que es víctima de una explosión de bomba. A pesar de ser protegida por una persona del FBI, no es suficiente, y es Booth quien debe salvarle la vida.
S01E16 - La mujer en el túnel
Brennan y Booth se cuelan en un mundo subterráneo plagado de gente sin hogar cuando encuentran los restos de un cuerpo en el conducto de ventilación de un tunel del metro.
S01E17 - La calavera en el desierto
Mientras se encuentra de vacaciones, Angela encuentra un esqueleto en el desierto. Por eso le pide ayuda a Brennan, ya que tiene miedo de que se trate de su novio, desaparecido junto a una guía experta. La investigación descubre a novios violentos, sheriffs locales y una trama de falsificaciones.
S01E18 - El hombre con el hueso
Booth y Brennan investigan un nuevo caso, que esta vez tiene que ver con el hueso de un dedo de hace 300 años y un tesoro de piratas. Hodgins está emocionado por poder salir del laboratorio para auidar, pero su vida correrá peligro y sólo Booth y Brennan podrán salvarle.
S01E19 - El hombre de la morgue
Brennan se ha desplazado hasta Nueva Orleáns para ayudar a identificar a las víctimas del huracán Katrina. Al despertarse en su hotel, se encuentra un charco de sangre y tiene un gran dolor de cabeza provocado por un golpe. Lo más interesantes es que no recuerda nada de lo que ha pasado. Booth recorre kilómetros y kilómetros para ayudarla e intenta investigar lo sucedido para encontrar una explicación. Al poco tiempo, ambos se enteran de que el médico local ha sido asesinado. Sus indagaciones les llevarán hasta el misterioso mundo del vudú.
S01E20 - La chica del injerto
En este episodio, el equipo de investigación tiene que ayudar a la hija del director adjunto del FBI, Amy, que ha contraído un cáncer de pulmón después de someterse a un injerto de hueso. Tras preocuparse y recopilar diferentes informaciones, Brennan y Booth descubren que Amy no es la única persona que ha contraído esta virulenta enfermedad.
S01E21 - El soldado en la tumba
Brennan y Booth tienen que investigar lo que aparentemente ha sido un suicidio en el cementerio de Arlington. Pero no pasará mucho tiempo hasta que ambos descubran que en realidad ha sido un asesinato. Lo más interesante de todo es que la victima es un soldado de la guerra de Irak. Para llegar a esclarecer este caso, ambos tendrán que enfrentarse a multitud de interrogantes sobre la unidad en la que sirvió la víctima. Una unidad con unas actividades bastante turbias. Este caso servirá para que Booth recuerde su pasado en el ejército como francotirador y los horrores que sufrió en la guerra.
S01E22 - La mujer en el limbo
En el laboratorio forense, Booth apura a Brennan ya que debe presentarse como perito en un juicio que comenzará en pocos minutos. Mientras da vueltas, recogiendo sus pertenencias y archivos, sus colegas la bombardean a preguntas. Ella responde hasta donde puede ya que Booth la sigue presionando. Al salir, se cruzan con David Simmons, protagonista del último romance de Brennan. David elogia el manuscrito presentado por Brennan. Booth queda sorprendido ya que él no pudo leerlo. David le dice a Brennan que olvidó de algo y al regresar a su oficina encuentra la reconstrucción digital que Angela acaba de componer. Brennan le ordena que la apague e insiste en que es incorrecta. Inmediatamente se dirige hacia la plataforma en la que Zack trabaja con el cráneo que utilizó Angela como modelo. Toma la caja con las evidencias de este caso rotulado Jane Doe y se la lleva a su oficina. Allí, la revisa y encuentra nuevos elementos, entre ellos una canica y un cinturón con una hebilla muy particular en forma de delfín. Brennan reconoce ese cinturón. Se siente desvastada. En la sala apodada Angelator, Angela, Zack, Hodgins, el Dr. Goodman y Booth observan la composición digital de Angela. Todos quieren saber por qué tanto alboroto. Booth les informa de que acaban de encontrar el cuerpo de Christine Brennan, la madre de Temperance.
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