Sweets certifica que Booth puede volver al trabajo después de permanecer convaleciente seis semanas tras la operación. Mientras, la doctora Temperance ha estado en el extranjero alejada de su compañero. Lo ocurrido tras despertar del coma ha llevado a Booth a plantearse sus sentimientos por Brennan.Cuando ambos vuelven al trabajo, deben enfrentarse a las predicciones de una médium llamada Avalon Harmonia (Cyndi Lauper), que afirma a través de sus cartas de Tarot que hay varios cadáveres enterrados bajo una fuente. Los investigadores se muestran escépticos, pero pronto confirmarán la existencia del siniestro crimen y deberán dar muchos pasos hasta encontrar al culpable de las 11 muertes.
S05E02 - Buscando A James Bond
Brennan y Booth investigan la muerte de un hombre de nacionalidad rusa que portaba un maletín, ahora desaparecido. El hallazgo posterior de otro cadáver, esta vez de un agente de la CIA que conducía el coche de James Bond, hace sospechar al equipo que se trata de un asunto turbio, que bien podría tratarse del argumento de una de las películas del famoso espía. La implicación de uno de los responsables de la Agencia Central de Inteligencia complica el trabajo de Booth, que tendrá que demostrar su autoridad como agente especial del FBI. Mientras, el cheque millonario que acaba de recibir Brennan por su libro podría servir de mucha ayuda a alguien que lo necesita.
S05E03 - El niño prodigio
Los restos de Levi Yoder, un chico perteneciente a la comunidad Amish, aparecen esparcidos por las vías del tren. Booth y Brennan acuden a su casa para investigar lo sucedido, pero descubren que el joven se había marchado a la ciudad para probar suerte como pianista. Con una intensa vida dentro y fuera de la comunidad, Levi tenía algún enemigo que podría convertirse en sospechoso de haber cometido el horrible crimen. En el Jeffersonian, Cam está pasando por una época difícil debido a su nueva faceta de madre adoptiva.
S05E04 - Un Hermoso Día En La Urbanización
Los restos de Kurt, un vecino de un barrio residencial, aparecen en una barbacoa durante una fiesta. El espeluznante hallazgo conmueve a los vecinos, que deben prestar declaración sobre su relación con la víctima. Varios amantes secretos y una empresa encubierta son los primeros descubrimientos de Brennan y Booth, que no descansarán hasta descubrir qué pudo llevar a alguien a matar a su vecino en una tranquila urbanización de las afueras.
S05E05 - Un Anochecer En El Museo De Huesos
Los restos de una momia que el Gobierno de Egipto había prestado al Jeffersonian para una exposición aparecen en las afueras de un edificio, con restos de sangre reciente. Brennan está entusiasmada con el caso, ya que podría tratarse de un gran descubrimiento histórico. Esta felicidad es compartida con Daisy, que recibe otra oportunidad para trabajar como ayudante. En el terreno personal, la doctora tiene una cita con el jefe de Booth, algo que incomoda a su compañero.
S05E06 - Un Tipo Duro Entre Gallinas
Los restos de un hombre cuyo rostro guardaba gran parecido con una gallina son encontrados en un río. El retrato que realiza Angela de la víctima coincide con el de un hombre que regentaba una granja de pollos. Brennan y Booth se acercan al lugar para investigar y coinciden en la entrada con un grupo de activistas y defensores de animales que protestan por el trato que se les da a las aves en la fábrica. Los investigadores tendrán motivos suficientes para sospechar de alguno de ellos. Mientras, el departamento es testigo de un nuevo romance en el Jeffersonian.
S05E07 - El enano bajo tierra
Brennan y Booth investigan la muerte de un enano que se dedicaba a la lucha y cuyo cadáver ha aparecido en una zanja de la carretera. El equipo analiza los objetos encontrados en el mismo lugar, pero serán las relaciones amorosas de la víctima las que les conduzcan hasta el culpable. En el terreno personal, Booth se muestra preocupado por los cambios que ha sufrido tanto en su personalidad como en sus aptitudes desde la operación. El agente acudirá en busca de la ayuda del doctor Gordon Wyatt.
S05E08 - El Pie En La Casa Embargada
Hank el abuelo de Booth, se muda a casa de su nieto una temporada. El hombre entabla muy buena relación con Brennan, a la que decide desvelar un secreto familiar muy importante para él. En el laboratorio, todo el equipo investiga la misteriosa muerte de dos personas halladas incineradas en la cama principal de una casa embargada.
S05E09 - El Campeón En El Aceite
Brennan y Booth investigarán la muerte de un hombre cuyo cadáver es encontrado en un contenedor de grasa.
S05E10 - Un Santa Claus explosivo
Un hombre vestido de Santa Claus asalta un banco con una bomba desconectada en la tripa, el agente Booth se presenta a la salida diciéndole que devuelva el dinero, y la bomba de Santa empieza a echar chispas, y acto seguido éste estalla en mil pedazos. La bomba explota debido a que un tipo tenía una radio pirata, donde habla mal del gobierno, y todos lo creen culpable. El Padre de la Dra. Brennan invita para Navidad a una prima lejana de la familia. (Curiosamente, el papel de la prima de Brennan, Margaret, es interpretado por la hermana de Emily Deschanel (Dra. Brennan), Zooey Deschanel).
S05E11 - El extraterrestre en el desierto
Booth y Brennan viajan a Nuevo México para investigar la aparición de un cadáver en el desierto. El cuerpo presenta diversos aspectos propios de un ser extraterrestre y los investigadores descubren que hay muchos aficionados a los ovnis en la zona. El asunto no puede trascender a los medios hasta que no se aclare la procedencia del cadáver y las causas de su muerte. Mientras, en el laboratorio, el equipo descubre la relación entre Wendell y Angela.
S05E12 - The Proof in the Pudding
Brennan junto al equipo del jeffersonian investigan la causa de muerte de un cadáver que podría ser el presidente J.F. Kennedy. El equipo es retenido en el laboratorio por el servicio secreto hasta averiguar la causa.
S05E13 - The Dentist in the Ditch
Brennan y Booth junto al equipo del jeffersonian investigaran un asesinato, mientras el hermano pequeño del agente Booth llega de su travesía por la India con la noticia de que se ha enamorado y piensa casarse cosa que el agente no lo tomara con mucho agrado.
S05E14 - The Devil in the Details
Brennan y Booth junto al equipo del Jeffersonian investigan la causa de muerte de un hombre con cuernos que apareció envuelto en llamas en el altar de una iglesia.
S05E15 - The Bones on a Blue Line
Un leve terremoto provoca la rotura de una tubería en una estación de metro de Washington. El accidente se cobra la vida de un joven pasajero y saca a la superficie un cadáver que había permanecido oculto en el túnel. Mientras el doctor Sweets, que viajaba en el vagón, trata de recuperarse del estrés postraumático que sufre, el equipo identifica a la víctima. Se trata de un escriba ciego que se había visto atrapado en un triángulo amoroso. Entretanto, la doctora Brennan recibe a una periodista japonesa algo entrometida llamada Riku Iwanaga (Seiko Matsuda, cantante japonesa) que quiere entrevistarla.
S05E16 - The Parts in the Sum of the Whole
Arranca con la esperada publicación del libro de Sweets sobre Brennan y Booth, que solo precisa de la aprobación de los protagonistas para llegar a las librerías. El texto concluye con una afirmación que el psicólogo tiene clara: están enamorados. Sin embargo, hay algo con lo que Sweets no cuenta, y es que sus conclusiones están formuladas en base al primer caso en el que Brennan y Booth trabajaron juntos. Cuando ambos aclaran que su primera toma de contacto fue otra muy distinta, el psicólogo les pide que se expliquen y le confiesen la verdad sobre su pasado, ya que se juega su prestigio como profesional con el libro.A lo largo de la entrega, Brennan y Booth recuerdan paso a paso cómo se conocieron y cómo se desarrolló el primer caso al que se enfrentaron como compañeros. La doctora también rememora en qué consistía su labor en el Jeffersonian antes de trabajar para el FBI y cómo formó su actual equipo. Hodgins (T.J. Thyne), un trabajador con fama de gruñón y tres doctorados, mantenía muy mala relación con Zack (Eric Millegan), el ayudante de la doctora Brennan, un joven desvergonzado y obsesionado con ser un gran científico. Angela (Michaela Conlin), por su parte, era una artista que se ganaba la vida pintando retratos al aire libre y pretendía reunir dinero para volver a Paris. Las circunstancias les llevaron a colaborar con Brennan en su primer caso con el FBI y a partir de ese momento no dejaron de hacerlo. Booth trabajaba como agente especial en el FBI y tenía muy buena relación con Cam (Tamara Taylor), que estaba destinada en las mismas dependencias y conocía su problema con el juego. Fue ella la que le aconsejó que acudiera a la doctora Brennan en busca de ayuda para esclarecer las causas de la muerte de una joven cuyo caso estaba a punto de cerrarse. Ambos profesionales, agente y científica, tuvieron que hacer frente a la atracción que surgió desde el primer momento en que se vieron. Los dos formaban un gran equipo y saltaban chispas entre ellos. Sin embargo, algo impidió que la relación llegase a formalizarse, y Sweets necesita saber qué fue para comprobar si la conclusión a la que llega en su libro es válida.
S05E17 - The Death of the Queen Bee
Booth y Brennan se trasladan al antiguo instituto de la doctora para investigar el hallazgo de unos huesos humanos. Su visita coincide con la reunión de antiguos alumnos, a la que Brennan se niega a acudir porque guarda malos recuerdos de sus años allí, donde nadie quería acercarse a ella. Solo tiene buenas palabras para Ray Buxley (Robert Englund) el conserje del centro, un hombre algo siniestro. Tras algunas averiguaciones, Brennan descubre la identidad de la víctima, una antigua compañera. Solo la muerte de otra joven hace años les llevará hasta el culpable de ambos asesinatos.
S05E18 - The Predator in the Pool
Catherine Bryan, bióloga del Oceanográfico, llama al FBI para informar de la aparición de huesos humanos en el tanque de los tiburones. Booth y Brennan se trasladan hasta el lugar, donde la doctora y Hodgins se sumergen en la inmensa piscina y descubren el resto del cadáver. La víctima es Jazz Gunn, un hombre que ofrecía seminarios sobre las propiedades curativas del océano. El equipo estudia todas las pruebas obtenidas de las especies que habitan el tanque para determinar quién fue el asesino. Mientras, Booth espera con impaciencia la resolución del caso para poder salir con Catherine, por la que siente una gran atracción desde que se conocieron. Entre tanto, Brennan tiene una cita con Hacker, el jefe de Booth.
S05E19 - The Rocker in the Rinse Cycle
El cadáver de un rockero es hallado en el interior de una lavadora en un hotel. Brennan y Booth descubren que la víctima era uno de los alumnos de un campamento para jóvenes promesas de este estilo musical, en el que el guitarrista Erik Dalton (Josh Todd, líder de la banda americana Buckcherry) era la estrella invitada. La pareja de expertos interrogará a los sospechosos y no dudará en participar también en el campamento interpretando juntos una canción si la investigación lo requiere.
S05E20 - The Witch in the Wardrobe
Los cadáveres de dos mujeres aparecen entre los restos de una cabaña incendiada en mitad de un bosque. Brennan y Booth se trasladan hasta allí con Angela y Hodgins para investigar en los alrededores, donde descubren que uno de los cadáveres pertenece a una joven muerta recientemente mientras el otro podría ser el de una de las brujas de Salem. Este caso entusiasma a Sweets, un experto en religión Wicca que ayudará a los investigadores a resolver los misterios que se esconden tras las pistas. Mientras, Hodgins y Angela terminarán arrestados por el sheriff Gus Abrams (Wade Williams) debido a las imprudencias del primero al volante. El tiempo que pasen juntos entre rejas les ayudará a darse cuenta de lo que sienten.
S05E21 - The Boy with the Answer
El juicio contra Heather Taffet (Deirdre Lovejoy), la mujer que enterró vivos a Brennan y Hodgins e intentó matar a Booth, se va a celebrar, y el equipo está dispuesto a trabajar sin descanso para reunir suficientes pruebas contra ella. En la primera vista, en la que la inteligente criminal confirma que se defenderá a ella misma en el juicio, Taffet da pistas a Brennan sobre el asesinato de un niño al que nunca se encontró. El repentino hallazgo del cadáver del pequeño pondrá al equipo entre la espada y la pared. Si quieren llevar este caso, deberán renunciar a sus acusaciones particulares contra ella. Esta difícil situación hará que la doctora Brennan se plantee su futuro profesional.
S05E22 - The Beginning in the End
Hodgins recibe la inesperada visita de su suegro (Billy Gibbsons), que le pide ayuda con un asunto algo turbio. Todo se tratará de una prueba para comprobar si verdaderamente se merece a Angela como esposa. Mientras, Sweets se ve obligado a tomar una decisión sobre su relación con Daisy, ya que ésta también ha sido requerida en el proyecto de Maluku y tiene muy claro que no quiere perdérselo.
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