Brennan y Booth investigan en este episodio el descarrilamiento de un tren en el que viajaban un senador y un alto ejecutivo. Todo apunta a que un suicida que colocó su coche en las vías ferroviarias fue la causa del accidente. Brennan conocerá a la nueva jefa del departamento forense del Instituto Jeffersonian, Camille 'Cam' Saroyan. La relación laboral entre ambas no comenzará demasiado bien.
S02E02 - Una madre y un niño en la bahía
El cuerpo de una mujer embarazada aparece en la Bahía de Delaware. Booth y la policía llegan rápidamente a la conclusión de que se trata de Carlie Richardson, una mujer que desapareció hace un año y que estaba embarazada de nueve meses. El caso tuvo gran relevancia mediática, y aunque todas las pruebas apuntaban al marido como principal sospechoso, sin cuerpo resultaba imposible probar los hechos. Además, Booth comenzará a preocuparse porque su hijo pase más tiempo con el nuevo novio de su madre que con él.
S02E03 - El chico de la mortaja
Brennan se implicará emocionalmente en un caso cuando aparezca el cuerpo de un adolescente que se había escapado con su novia, una chica adoptada algo conflictiva. Todo apunta a que la chica es la responsable del crimen.Brennan también se crió con una familia adoptiva y su sorpresa es mayúscula cuando su equipo comienza a echar el peso de la culpa al sistema de adopción. Por otro lado, la tensión entre la nueva jefa del departamento forense se irá incrementando.
S02E04 - La joven del juego
Booth y la doctora Brennan junto a su equipo estudian los restos de una mujer que se hallaban enterrados y que encierran un gran misterio. Tras realizar varias pruebas al cadáver, todo apunta a un asesino en serie que en ese momento ya se encuentra en el corredor de la muerte y que, por lo tanto, ha de tener un cómplice. Pese a la conversación que mantiene Booth con el criminal, les resulta imposible hallar la identidad de la persona que le ayuda. Al poco tiempo, algo en otro cadáver les pondrá tras la pista del siguiente crimen. Todo el equipo trabajará a contrarreloj para salvar la vida de su próxima víctima.
S02E05 - La lejía nunca miente
Both y Brennan investigan el asesinato de un hombre que aparece muerto en una bañera llena de productos químicos. Pronto descubrirán que la víctima tenía dos esposas y cada una con varios hijos, por lo que su primera hipótesis será que la causa del crimen han sido los celos y el dinero del seguro. Pero cuando aparece un tercer sospechoso, la investigación toma otro ángulo. Mientras, Brennan se enterará de que Booth se ha vuelto a acostar con la madre de su hijo, aunque él lo intenta ocultar.
S02E06 - La chica de la suite 213
Brennan y Booth se dirigen a un salón de conferencias en el que se ha producido una explosión con cuatro víctimas mortales. Brennan estudia la escena y descubre unos los restos de un quinto cuerpo en la pared. En el laboratorio, Booth aclarará al resto del equipo que la explosión se produjo en una habitación colindante al salón donde se celebraba el evento. Tras recibir la información, el equipo se pone a trabajar con las pruebas halladas para encontrar al culpable.
S02E07 - La chica de los rizos
Los restos mortales de una niña aparecen en el interior de una depuradora. Brennan y Booth acuden al lugar y deciden trasladar el cuerpo al laboratorio para identificarlo. Mediante las pruebas forenses que ejecutan Hodgins y Angela, consiguen saber que se trata de Brianna, una niña de diez años ganadora de varios concursos de belleza. Según los forenses, el asesino tiene la espalda torcida y usa zapatos con punta de acero. Desde ese momento, Booth y Brennan investigan a los padres de la pequeña, a la familia de sus competidoras, e incluso al resto de las niñas que participan en este tipo de concursos.
S02E08 - La chica de la arena
Booth y Brennan acuden al desierto ya que han encontrado el cuerpo de un agente federal que desapareció hace cinco años. Mientras analizan los restos del hombre, al que identifican como Mason Roberts, Brennan observa que hay buitres en la zona y que estos carroñeros están volando alrededor de algo. Cuando acude al lugar, encuentra el cuerpo de una joven que presenta claras evidencias de haber sido asesinada. En la investigación habrá dos caminos a seguir: el que apunta como asesino al marido de la joven o el que señala a un prestamista de Las Vegas.
S02E09 - Alienígenas de la nave espacial
Brennan y Hoggins se convertirán en las próximas víctimas de un criminal conocido como El Enterrador por intentar resolver un caso. Todo comienza cuando aparecen los cadáveres de dos hermanos gemelos que fueron secuestrados por un famoso asesino en serie. Este psicópata secuestraba a sus víctimas y pedía después un rescate, momento en el que soltaba a sus rehenes. Si las familias no le entregaban la cantidad, tenía la costumbre de enterrarlos vivos. Brennan y Hoggins deberán escapar antes de que sea demasiado tarde.
S02E10 - La bruja sin cabeza en el bosque
Brennan y Booth llegan a un bosque acompañados de un guarda forestal para observar el lugar en el que ha aparecido asesinado y decapitado un joven. El guarda les explica que en aquel bosque existe una leyenda sobre una bruja que fue asesinada en 1780. La historia cuenta que el espíritu de la bruja ronda aquellos parajes, y que además mata a todo aquél que va en su busca. Brennan identifica el cuerpo del muchacho y descubre que el joven estaba realizando un documental sobre dicha leyenda.
S02E11 - Un judas crucificado
Brennan y Booth acuden a la escena de un crimen en la azotea de un hotel. Allí se encuentra el cuerpo de un hombre mutilado, quemado y colgado de un poste. Brennan encuentra entre los restos y unido a la garganta de la víctima una ficha con su identidad. Se trata de un antiguo agente del FBI, que además posee una extraña moneda en la que está acuñado el rostro de Cristóbal Colón. Este asesinato puede estar relacionado con el padre de Brennan, por lo que su familia corre un gran peligro.
S02E12 - El hombre de la celda
Brennan y Booth acuden a una prisión en la que se ha desatado un terrible incendio en una de las celdas. Un funcionario les informa que pertenecía a Howard Epps, un asesino en serie y viejo conocido de ambos. La doctora se sorprende al observar que el cuerpo abrasado no pertenece al criminal, sino a un bombero. Desde ese momento, cualquier persona que esté cerca de Brennan se convertirá en objetivo del asesino, incluso el hijo de Booth. Por otra parte, Cam inhala una toxina mientras realiza una autopsia y corre peligro de muerte.
S02E13 - La chica del cocodrilo
Booth es obligado a tomarse un descanso y visitar a un psicólogo después de disparar a un camión de helados con la excusa de que hacía mucho ruido. Mientras, Brennan debe trabajar junto con un nuevo compañero, el agente Sullivan. Los dos, que congenian desde el primer momento, trabajan en un nuevo caso de asesinato. Esta vez, una joven universitaria ha sido devorada por un cocodrilo tras asistir a una fiesta con otros compañeros.
S02E14 - El hombre de la mansión
El millonario Terence Bancroft, quien hacía grandes donaciones al Jeffersonian, aparece apuñalado y asesinado en su habitación. La familia de la víctima solicita que sea la doctora Brennan, junto con su equipo, la que lleve el caso en persona. Durante la investigación, Hodgins esconde una de las pruebas que le conectan con Terence para poder seguir en el equipo. Sin embargo, con esta acción pone en evidencia la reputación del laboratorio y de todos sus compañeros.
S02E15 - Los cadáveres del libro
La doctora Brennan, Booth y Sully deben enfrentarse a un asesinato relacionado con la última novela escrita por la doctora Brennan. Su libro se convierte en un éxito de ventas, y un nuevo asesino decide copiar el primer asesinato que aparece en las páginas. Pero cuando otros dos cuerpos aparecen asesinados como otros personajes de su obra, Brennan empieza a creer que hay tres asesinos diferentes.
S02E16 - La chica sin huesos del río
Booth interrumpe el viaje que Brennan hace con Sully para informarle del hallazgo del cadáver de una joven en el río. Sin embargo, cuando llega al laboratorio y después de que el cuerpo haya sido sometido a un estudio forense previo, se da cuenta de que la joven carece de huesos. La doctora vuelve junto a Sully porque cree que su presencia en el laboratorio no es necesaria. En el transcurso de la investigación, los expertos forenses encuentran el hueso de una rodilla y otros datos que ayudan a identificar a la víctima. Sully le propone a Brennan que ambos se tomen un año sabático, a lo que la doctora no tiene muy claro qué responder.
S02E17 - El cura del cementerio
Una inundación en uno de los cementerios más antiguos de la región provocada por una fisura en una de las tuberías hace que decenas de ataúdes salgan al descubierto, al igual que los cadáveres de su interior. Brennan acude al lugar para identificar los restos y así permitir a los trabajadores volver a enterrarlos. Sin embargo, la doctora descubre un cráneo que sólo lleva tres años enterrado, aunque el cementerio no acoge ningun cuerpo desde hace 50 años. Este caso se transformará en la investigación de un asesinato y en la búsqueda del criminal. La fe de Booth será objeto de burla por parte de Brennan.
S02E18 - El asesino del hormigón
Tras encontrar un cadáver inmerso en cemento, Booth y Brennan deciden investigar el caso. Booth está convencido de que Hugh Kennedy, un criminal perteneciente a una familia involucrada en la mafia y el crimen, es el asesino. Pero el agente especial del FBI se ve obligado a cambiar de opinión cuando él y su compañera reciben la noticia de que Hugh ha muerto. Más adelante, Booth es secuestrado y la doctora Brennnan tendrá que encontarle antes de que sea demasiado tarde.
S02E19 - Un hombre del espacio en un cráter
El misterioso cuerpo de un hombre es hallado en un crater, aplastado como si hubiera caído del cielo a mucha velocidad. Brennan y Booth intentan averiguar quién era y Hodgins relaciona el suceso con diferentes teorías conspirativas que tienen que ver con alienígenas. Al final, el asesinado resulta ser un astronauta.
S02E20 - Brillando en la vieja casa de piedra
Brennan y Booth reciben un nuevo aviso para investigar un crimen. Ambos deben dirigirse a una antigua casa donde ha aparecido un esqueleto. Sin embargo, los huesos a los que se enfrentan son diferentes a los que están acostumbrados a ver: brillan. Tras diversos análisis, descubren que no contienen ningún elemento radiactivo ni existe otra explicación posible a este fenómeno.
S02E21 - Mirando las estrellas desde el charco
Angela reconstruye el físico de una mujer cuyo cadáver, en avanzado estado de descomposición, han encontrado en un carro de la compra. La víctima era joven pero sufría una enfermedad degenerativa, lo que provoca que los resultados afirmen que tiene más de 80 años. Por otra parte, Max Keenan, el padre de la doctora Brennan, reaparece para ofrecer nueva información sobre su pasado.
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