Han pasado tres meses desde el exilio voluntario de Clark en Metropolis, y se ha convertido en un ladrón enmascarado y en el rey de los clubes nocturnos, por una extraña reacción de su cuerpo al anillo rojo. En ese ambiente acaba recibiendo una oferta de Morgan Edge, el rey del crimen, para robar una cajita del edificio Luthor. Mientras, Chloe es la unica que sabe donde vive. Lex Luthor ha sido dado por muerto, pero realidad está en una isla desierta. Jonathan decide ir a buscar a Clark y Jor-El le otorga poderes como los de Clark para traerlo de vuelta.
S03E02 - El ave Fénix
Jonathan está a punto de ser asesinado por Clark, pero éste, en un último esfuerzo por volver a ser él mismo, destroza de un puñetazo el anillo de kryptonita roja. Jonathan, agotado y sin poderes, vuelve a casa con Clark. Luthor es rescatado de la isla por un barco de pesca. Mientras, Lex y su padre se reconcilian, compra la granja de los Kent y se la devuelve. Clark, por su parte, no cree conveniente seguir con Lana para no herirla, y la deja.
S03E03 - El exterminador
Un estudiante de Smallville está actuando como justiciero cazador de personas afectadas por la radiación de kryptonita. En una de sus ejecuciones salva a Lana de manos de un peligroso mutante que a punto está de matarla. Clark investiga por su cuenta y descubre su identidad y su movil: su padre fue asesinado por Tina, la chica que podia cambiar de forma y que trató en dos ocasiones de matar a Lana. Además su proximo objetivo es Lex Luthor. Pero el justiciero descubre a Clark y trata de matarlo....
S03E04 - Sopor
Los nuevos vecinos que viven en la antigua casa de Lana son una chica en coma cuidada por su tío. Clark comienza a tener extraños sueños en los que la chica se comunica con él y le pide ayuda para escapar de un monstruo. Por otro lado, Lana trata de acercarse más a Clark y le deja claro que lo quiere y que le esperará hasta que se aclare.
S03E05 - Perry White
Un periodista de la prensa amarilla llega a Smallville a investigar la lluvia de meteoritos. Por casualidad ve a Clark utilizar sus poderes y éste se ve obligado a acompañarle en su búsqueda de la noticia fácil. El recién llegado resulta ser Perry White, afamado periodista del Planet en otro tiempo. Perry está convencido del poder de Clark y pone la vida de los dos en peligro.
S03E06 - La reliquia
Tratando de averigüar la verdad sobre un extraño asesinato cometido en 1961, Clark descubre que en su juventud, Jor-El fue enviado a la Tierra por su padre.En Smallville, se enamoró de la tia abuela de Lana, Louise, que fue asesinada después por el abuelo de Lex. Y lo más increíble: Hiram Kent, el padre de Jonathan, ayudó a Jor-El a marcharse, y Clark alberga ahora la sospecha de que su aterrizaje en Smallville no es una coincidencia. Por su parte, Lex ha descubierto que sus abuelos murieron en una explosión provocada. Algo le dice que su padre tuvo algo que ver.
S03E07 - Magnetismo
Tras un accidente en el cual se ha visto expuesto a kryptonita, Lana se siente atraída por un compañero de clase. Clark descubre que el joven ha adquirido poderes sobre los campos magnéticos y que está manipulando los impulsos del cerebro de Lana para que esté con él. Chloe, por su parte, acabará pidiendo protección a Lex después de descubrir peligrosas implicaciones de Lionell con el capo del crimen Morgan Edge.
S03E08 - Destrozado
Lex aparece en casa de Clark asegurando que ha intentado ser asesinado. Clark le cree e investiga, pero Lionell aparece para buscar a su hijo y asegurar que necesita tratamiento psiquiátrico puesto que sufre un brote psicótico. Clark ahonda en el asunto y todo indica hacia una conspiración entre Lionell y Morgan Edge para hacerle creer a Lex que está loco para evitar que indague más en la muerte de sus abuelos.
S03E09 - Manicomio
Lex trata de escapar del manicomio, pero no lo logra. Lionel acaba de autorizar el tratamiento de electroshocks para que Lex pierda la memoria más reciente. Por otro lado, tres antiguos enemigos de Clark, se alían para destruir a Clark. Clark se entera de los planes de Lionel y acude al hospital a rescatar a Lex aun a riesgo de mostrar sus poderes, y los tres le reducen con kryptonita. Tratan de robarle los poderes y la kryptonita con descargas eléctricas. Finalmente Clark sale ileso, pero no salva a Lex.
S03E10 - Susurros
Clark trata de detener un robo y al utilizar su visión calorífica, ésta se refleja en un pedazo de meteorito y queda temporalmente ciego. Su cuerpo desarrolla los demás sentidos para compensar la pérdida y descubre con asombro la potencia de su superoído. Pete será secuestrado y aunque Clark lo ha oído todo, su testimonio no es tenido en cuenta al estar ciego, y deberá solucionar la papeleta él solo.
S03E11 - Persecución
Chloe le revela a Clark que ha descubierto pruebas de que en el el instituto Somerholt se están realizando pruebas de control mental y que la quieren matar para que no escriba sobre ello. Por otro lado, Lana está empezando a intimar con Adam, al que conoce en rehabilitación tras su accidente con el caballo. Pese a todo, la joven cree que el chico tiene algún oscuro secreto. Chloe renuncia definitivamente a su trato con Lionell, lo que provoca que despidan a su padre y que descubra que es prima de Lois Lane.
S03E12 - De aquí en adelante
Clark descubre que Jordan, un compañero del instituto puede ver el futuro. El terror hace presa en Clark cuando Jordan le dice que ve a Lana muriendo en un incendio. Clark será para Jordan una especie de elegido que está en el mundo para intervenir en los destinos de los demás para salvarlos.
S03E13 - Velocidad
Después de hacer carreras callejeras de coches trucados, Pete se ve amenazado de muerte por un peligroso matón, Dante. El joven le pide a Clark que le ayude, utilizando sus poderes para conseguir los 20.000 dolares que necesita para saldar la deuda. Clark ayuda a su amigo pero sin revelar sus poderes. Mientras, Jonathan se encuentra recuperándose de un ataque al corazón tras el impacto que produce en su organismo los poderes que le otorgó temporalmente Jor-El.
S03E14 - Obsesión
Durante una visita a la Luthorcorp, un ascensor pierde el control y cae con Clark y Alicia. El muchacho utiliza sus poderes para frenar el ascensor y salvarla, pero ella para encubrirle le teletransporta con un poder que adquirió en la lluvia de meteoros. Entre los dos se inicia una fuerte atracción basada en la confesión de sus secretos y en el hecho de que los dos jóvenes se sienten iguales por tener poderes. Pero el amor de Alicia se convierte en obsesión y Clark deberá poner freno a la situación.
S03E15 - Resurrección
Clark está muy asustado porque Jonathan debe ser sometido a una operación a corazón abierto para reparar los daños sufridos tras el ataque. El hermano de un amigo de Clark, Gerry, se está muriendo de una dolencia hepática, pero gracias a un medicamento revive aunque necesita un trasplante. Gerry, desesperado, secuestra el hospital con una bomba forrada de kryptonita, amenazando si no le dan un donante a su hermano. Jonathan, resulta ser el adecuado. Clark deberá ingeniarselas para salvar la situación...
S03E16 - Crisis
Clark recibe una llamada de Lana que parece provenir de un futuro cercano en el cual es asesinada por Adam de un disparo por la espalda. Él y Chloe descubren que el joven ha logrado escapar del centro de investigación de la doctora Tang y que por lo visto va a por Lana creyendo que ella tiene su suero, ya que si no se lo inyecta morirá en pocas horas. Clark deberá luchar contrarreloj para ser él quien reciba ese balazo. Mientras, Lex, tras ser involucrado en otra trampa por parte de su padre, decide hundirlo y verlo entre rejas.
S03E17 - El legado
Jonathan está sufriendo un comportamiento extraño aparentemente provocado por la llave de la nave de Clark. Clark vuelve a entrevistarse con el profesor Swann, pero ignora que éste le ha traicionado y se ha aliado con Lionel. Lionel está a punto de descubrir los secretos para curar su enfermedad mortal. Mientras, Clark sigue a Lex y descubre que está aliado con el FBI para desenmascarar a su padre y poder acusarlo de algún delito.
S03E18 - La verdad
Chloe, en un intento de averiguar si Luthor está detrás de que su padre no consiga encontrar trabajo, se cuela en Luthorcorp y es infectada con un gas que le otorga la habilidad de que nadie pueda mentirle. Bajo los efectos del gas desenmascara a una profesora del instituto, que es una asesina fugada, los sentimientos de Pete hacia ella y casi averigua la verdad sobre Clark. Pero Clark descubre que el gas la va a matar y le inyecta un antídoto directo al corazón. Chloe se disculpa con Clark, por haber hecho daño a la gente en su afán de saber más.
S03E19 - Memoria
Lex sufre visiones de recuerdos de su niñez relacionadas con Julian, su hermano muerto de bebé. Los flashes son efectos secundarios de la terapia de recuperación de memoria que está realizando en Sommerholt. Tras una sesión, Lex recuerda la noche de la muerte de su hermano y detalles de su niñez. Lex asumió ser responsable de la muerte de su hermano, cuando realmente la asesina fue su madre, desequilibrada por culpa de su relación con Lionel. Clark es engañado por Lionel y le captura y experimenta con él para averiguar de dónde viene Clark Kent.
S03E20 - El talismán
Jeremiah, un joven estudiante lider de la tribu india dueña de unas cuevas, roba de la cueva un cuchillo, el Palca, relacionado con la leyenda de Naman que le confiere los poderes de Clark. La leyenda dice que el guardian del cuchillo recibirá esos poderes para custodiarlo y que solo Naman podrá poseerlo. Si la némesis de Naman, llamado Ziget, lo toca, el cuchilo se destruirá. Jeremiah se obsesiona con su poder y se llega a creer Naman y trata de matar a Lionel. Clark deberá intervenir y luchar contra Jeremiah...
S03E21 - Abandonado
Emily, el clon de la amiga de Lana fallecida mientras jugaba con ella, ha crecido aceleradamente y ha adquirido el poder de atravesar las paredes. Se escapa del centro donde la estaban estudiando y va a por Lana, a la que retiene para evitar que se vaya a Paris. Clark, por su parte, decide contarle la verdad a Lana para tratar de evitar perderla para siempre. Mientras, Pete es secuestrado por un agente del FBI al servicio de Luthor que lo tortura para sacarle información de Clark, aunque sin éxito. Lex lo rescata y le da al FBI las pruebas para detener a su padre.
S03E22 - El pacto
Una joven se presenta en la granja de los Kent afirmando llamarse Kara y ser de Krypton. Parece saber todo acerca de Clark, pero hay algo extraño en ella. Kara incita a Clark a ir con ella a un lugar en el cual todas las respuestas a sus preguntas le serán reveladas. Mientras, Lionel está en prisión preventiva a espera de que Chloe testifique y le confiesa a su hijo su mortal enfermedad de hígado. Lana se va a marchar a París definitivamente. Clark rompe bruscamente su amistad con Lex después de que Lionel le entregue una llave que abre la habitación de la mansión de Lex en la cual estudia a Clark. Clark se ve solo y desolado y decide aceptar la oferta de Kara. Juntos van a las cuevas y abren un portal que les comunica con Jor-El, pero Jonathan interviene, pues ha investigado sobre Kara y descubierto que solo es una pobre muchacha que ha sido manipulada mentalmente de algún modo por Jor-El...
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