Lana Lang, la prima de Chloe, visiona un vídeo en el que la joven dice que, ahora que está muerta, pide a Clark Kent que investigue quién ha acabado con su vida. La joven se marcha a Smallville decidida a encontrar al chico del que habla su prima, pero a medio camino se encuentra con un joven desnudo y amnésico y lo lleva al hospital. Martha, que está al lado de su marido en coma, reconoce en el joven amnésico a Clark, pero él no es Clark: es Jor-El.Por otra parte, Lex Luthor recibe una pequeña estatua con unos símbolos similares a los de la cueva de Clark. Cuando se le cae y se rompe, aparece un extraño prisma.
S04E02 - Desaparecida
En su investigación, Lois y Clark se acercan hasta la casa en la que supuestamente falleció Chloe, pero mientras están allí aparece un helicóptero cargado de soldados, al frente de los cuales hay un general de tres estrellas. Logran escapar y regresar a casa, pero tendrán que rendir cuentas ante los Kent. El problema es que el general se presenta en la granja y, sorprendido, Clark descubre que es el padre de Lana. Lex está recibiendo una explicación sobre lo que pasó en su avión cuando aparece Clark pidiéndole ayuda para encontra a Chole: está viva, ya que su cuerpo no estaba en el ataud. Pero Lex le dice que no había cuerpo porque no quedó nada tras la explosión.
S04E03 - Fachada
Clark conoce en el instituto de Smallville a una chica muy timida a causa de su falta de atractivo y que decide hacerse cirugía plástica para cambiar su aspecto. El resultado es sorprendente: se convierte en una joven de extraordinaria belleza. Pero pronto descubre que su cirugía, basada en los efectos de la kryptonita, daña a cualquiera que ella bese. Entonces decide aprovechar esta circunstancia para vengarse de todos aquellos que se burlaron de ella en otro tiempo. Mientras tanto, Lana y Jason siguen ocultando su relación a Clark, que por su parte ha decido entrar en el equipo de fútbol americano que entrena Jason.
S04E04 - Unidos
Clark se une al equipo de futbol del colegió y le dan la posición de quarterback despues de que chico que ocupaba el puesto se pelea con el entrenador Jason, supuestamente intoxicado por una bebida elaborada a base de kriptonita. Mientras Clark trata de ganarse el respeto de sus compañeros y de demostrar que está a la altura, Chloe y Lois investigan sobre el extraño comportamiento de todo el equipo de jugadores tiene con las animadoras. Chloe se contamina con la bebida y trata de seducir a Clark e incluso se enfrenta a su prima creyendo que se lo quiere robar.
S04E05 - Corre
Cuando va a comprar medicamentos a Metropolis junto a su hijo, Jonathan es salvado por un rapidísimo joven de ser atropellado. Poco después, descubre que el chico le ha robado la cartera. Clark investiga el rastro de la tarjeta de crédito de su padre y encuentra al muchacho, Bart Allen, que vive de pequeños robos desde que un accidente con un rayo le dotó de una velocidad increíble que incluso le permite correr sobre el agua. Más tarde, Bart le quita a Lex un manuscrito del siglo XIV que tiene extraños símbolos kryptonianos y que visto a rayos X muestra un mapa hacia algún lugar. Lex cree en principio que ha sido Clark, pero recibe una oferta para recomprarlo. Clark interviene y pero Bart utiliza la kryptonita para huir con el pergamino. Mientras, Lana confiesa a Jason que tras su visita a la tumba en París perdió 12 horas de su vida y despertó con el misterioso tatuaje de su espalda.
S04E06 - Transferencia
Lionel Luthor está a un punto de morir a causa de su enfermedad hepática. Convoca a Lex a una reunión en la cárcel que resulta ser una encerrona para intercambiar sus cuerpos mediante una piedra con un símbolo kryptoniano grabado. Pero Clark, guiado por un extraño sonido, interviene y resulta ser él que intercambia por accidente el cuerpo con Lionel. Mientras Lionel siembra el desastre en la vida de Clark dejando el equipo de fútbol y estropeando su relación con Chloe y Lana, Clark averigua lo que ha pasado: uno de los presos, Edgar, es un matematico capaz de interpretar el lenguaje de Krypton.
S04E07 - Maleficio
Un estudiante de intercambio, Mijail Mxyzptlk, controla el tráfico de apuestas clandestinas de fútbol gracias a su habilidad para manipular las mentes de cualquier persona, incluido Clark. Chloe y Clark investigarán para tratar de detener antes de la final del campeonato. Chloe encuentra el modo de frenar su poder con ultrasonidos, y Clark gana el partido final para los Cuervos. Clark se convierte en el héroe de Smallville y recibe una beca para asistir a la Universidad de Metropolis. Mijail, bajo la protección de Lex, es llevado a un extraño refugio. Y poco después, Lex despide a Jason por mantener una relación con Lana. Lana culpa a Clark de la ruptura.
S04E08 - Hechizo
Lex confiesa a Lana que fue él quien despidió a Jason como entrenador del equipo de fútbol. Lana, arrependida por haber dudado de Clark, le confiesa a éste lo que le ocurrió en París. Y Clark debe afrontar que, además de la kryptonita, es vulnerable a la magia.
S04E09 - Límite
Lex Luthor conoce a una chica en una fiesta benéfica. Se la lleva a un hotel y pasan la noche juntos. A la mañana siguiente, se la encuentra a su lado muerta y ensangrentada. La prensa se hace eco de la noticia de que Lex Luthor ha sido acusado de asesinato. En la prisión, Lionel reciba la visita de Clark y le explica que, desde que intercambiaron los cuerpos, se ha curado, tiene el hígado sano y se siente buena persona pero nota que el mal está transferido en su hijo. Mientras, Lana conoce a una señora que resulta ser la madre de Jason pero ella la identifica como la Isabelle Thoreaux de sus sueños.
S04E10 - Temores
Por una explosión en un contenedor de la Luthorcorp, es liberada en la atmósfera de Smallville una toxina experimental para fines militares que infecta a la gente haciendoles ver y sufrir sus peores pesadillas, dejandoles despues en un estado de coma. Clark se contagia también y su pánico resulta ser que Lana descubre que llegó con los meteoritos y es culpable de la muerte de sus padres, y ella lo asesina con un pedazo de kryptonita mientras el pueblo vuelve a ser arrasado por otra lluvia de meteoros. Mientras, Lionel es liberado. Muy a su pesar, puesto que asegura que su sitio es la carcel, sale libre y alguien misterioso le espera en el coche.
S04E11 - Temeroso
Alicia, la chica capaz de teletransportarse que estuvo obsesionada con Clark, reaparece en su vida para contarle que ha estado internada en un psiquiátrico y ahora está en libertad condicional. Clark se lo comenta a sus padres, que no están demasido contentos con la noticia, y pide a Chloe que investigue a la chica. Todo parece ser normal, pero Alicia no está del todo recuperada: consigue el anillo con la criptonista roja, arranca la piedra y hace con ella un collar que regala al joven, logrando que haga todo lo que ella quiera. Incluso proponerle matrimonio.
S04E12 - Paria
Alicia y Clark entran en el Talon, donde se celebra una fiesta con karaoke; alguien anuncia su reciente boda y Lana parece estar muy enfadada. Poco después, cuando está duchándose, algo entra en la habitación y trata de ahogarla con la cortina de la ducha, pero Jason llega a tiempo y la salva. Lois y Chloe sospechan de Alicia, pero Clark asegura que estaba con él. Más adelante, será Jason el atacado: cuando está en su coche, alguien trata de estrangularlo con una bufanda, pero Clark llega a tiempo de salvarlo y de ver que algo extraño sale volando del coche. Entonces será Clark quien sospeche de Alicia. Ella sólo ve una manera de hacer las cosas más fáciles: que todos conozcan sus poderes.
S04E13 - Fichaje
Tras tumbar a varios compañeros bebiendo en un bar de la facultad, un chico sigue a Lois y ella, para quitárselo de encima, le da una patada. Al día siguiente la policía la detiene por haber causado daños al joven, pero ella no cree que la causa de las heridas del chico haya sido el golpe que ella le propinó. Clark se entera de lo ocurrido porque el compañero de cuarto de David, el joven herido, es un jugador del equipo de la universidad que ha acudido para persuadirlo de que acepte una beca para ir a Metrópolis. Por otra parte, Lex convence a Jason para que trabaje para él y averiguar qué es lo que ocurre con su madre y con Lana.
S04E14 - Krypto
Un perro entrenado para atracar bancos no regresa hasta sus amos tras un golpe, pero después se cruza ante la camioneta de Lois, quien lo recoge y lo lleva a la granja de los Kent. En medio de la noche, unos ruidos despiertan a la familia, que descubren que el perro se ha soltado del poste al que estaba atado y ha entrado en la cocina. Clark se encarga de él y lo ata al tractor con una cadena, pero el animal logra romperla y el chico lo mira con su visión de rayos x y descubre que tiene un chip. Cuando lo usan para buscar al dueño del perro, descubren que pertenecía a los laboratorios de Luthorcorp.
S04E15 - Sagrado
Clark recibe una carta del doctor Swann casi al mismo tiempo que se enteran de que acaba de fallecer. En ella le devuelve la piedra octogonal y le dice que su padre le envió con una misión y sólo él puede ayudarle a completarla. Cuando acude a las cuevas, descubre que tiene que reunir tres piedras antes de que se haga con ellas cualquier otro, ya que eso supondría el caos y la destrucción del planeta. Por otra parte, Lana habla con Jason, que le dice que está en Metrópolis pero está en Shangai. Luego va a ver a Lex pero se encuentra con Lionel, quien le dice que Lex está en Shangai con Jason y le da el mapa. Lana y Clark deciden ir hasta Shangai para descubrir qué está pasando.
S04E16 - Lucy
Lucy, la hermana de Lois, aparece en casa de los Kent; parece decidida a complacer y, el primer día, madruga y ordeña las vacas, pero Lois le dice que vaya al Talon porque va a trabajar con Martha. Más tarde Lucy y Lex se conocen en el bar, pero aparece un misterioso hombre de negro que desaparece rápidamente. Esa noche, Clark sorprende a Lucy robando y ella le confiesa que debe 50.000 dólares. Cuando Chloe y Clark investigan al hombre que sigue a Lucy, Lois los sorprende y decide encararse con el matón, pero Clark le dice que es peligroso y que él sabe quién podrá ayudarlos. Acuden a Lex, pero antes de poder hacer la entrega del dinero son atacados y Lois y Lucy son secuestradas.
S04E17 - Onyx
Tras una explosión en un laboratorio de la Luthor, Lex parece haberse dividido en dos personas distintas. Una de ellas es la buena y, la otra, la mala. Clark y Chloe no tardan en descubrir que algo pasa, ya que parece que Lex ha adquirido la capacidad de estar en dos sitios a la vez. Antes de que puedan hacer nada, uno de los Lex encierra al otro en un sótano con una máscara de hierro que le oculta el rostro. Después va a ver a Lana y le dice que o sale con él o cierra el Talón. Además, hace que vuelva a aflorar la peor cara de Lionel.
S04E18 - Espíritu
En el baile del instituto, Chloe incendia el lugar en el que todos están reunidos. Las causas tratan de explicarse volviendo atrás en el tiempo: Chloe es una de las tres candidatas a ser reina del baile, pero ella lo descubre cuando ve su foto en uno de los carteles. Mientras, Lex y Jason encuentran el cadáver de Bridgette Crosby, la mujer que trababa para el doctor Swann. A Dawn, otra de las aspirantes a reina, la deja su novio y, mientras hojea el anuario para elegir una nueva pareja y se fija precisamente en Clark, pierde la concentración al volante y se estrella en medio de un montón de meteoritos. Cuando reaparece horas después, trata de que Martha Kent detenga su vehículo, pero de alguna forma acaba por apoderarse de su cuerpo.
S04E19 - Olvido
Clark pierde su memoria al intentar detener a un ladrón. Se trata de un joven desmemoriado que provoca amnesia a la gente que intenta detenerle. Cloe intenta ayudar a Clark, descubriéndole todas sus habilidades e intentando que nadie descubra su verdadera identidad. Lex trata de sacar provecho de esta situación e intenta que le descubra los secretos de la cueva.
S04E20 - Eterno
Clark y Lana encuentran a un bebé en medio de un gran cráter y lo llevan al hospital, pero parece que el único momento en el que el niño no llora es cuando está en brazos de Clark, así que lo acaban llevando a la casa de los Kent. Por otra parte, Genevieve Teague y Lionel Luthor tienen una pelea acerca de la localización del elemento que buscaron en China: Lionel dice que lo tiene Jason y Genevieve opina que Lex se hizo con él. Mientras, Clark cuida del bebé y Lana llega de visita, justo a tiempo para ver cómo, en medio de una gran luz, el recién nacido crece de golpe varios años.
S04E21 - Para siempre
Chloe firma el anuario de uno de sus compañeros, un chico llamado Brandon que parece estar bastante triste con la posibilidad de abandonar el instituto, poco antes de descubrir que está encerrada, junto con algunos alumnos más, en un instituto ficticio donde nunca terminará el curso académico. Por otra parte, Clark está decidido a estudiar en la universidad de Kansas y Lana parece haber tomado también una decisión; pronto descubrirán algo pasa con Chloe. Mientras tanto, Jason y Genevieve secuestran a Lex para tratar de obligar a Lionel a entregarles la piedra.
S04E22 - Graduación
Genevieve aparece en casa de Lana y le apunta con una pistola para que le entregue la piedra, pero ella se resiste y, en medio de la pelea, se transforma en Isabelle de Thoreaux y clava la piedra a su enemiga. En ese momento aparece Lex y lo ve todo. En ese mismo momento, Clark está teniendo una pesadilla en la que un asteroide amenaza con estrellarse contra la Tierra. Poco después, se descubrirá que la amenaza es real. En medio de la ceremonia de entrega de diplomas, en la que Lana no aparece, llega un grupo de soldados que avisa a los ciudadanos de Smallville de que va a tener lugar una nueva lluvia de meteoritos. Clark acude a Jor-El y descubre que la causa del problema son las tres piedras.
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