17 episodios
Cadena original ABC
Emitida desde: 29 de septiembre de 2005
Tras descubrir que el hombre que ella conocía como Michael Vaughn puede ser un agente doble de un grupo terrorista conocido como Profeta cinco, Sydney empieza a cuestionarse cuáles de sus relaciones personales y profesionales han sido una mentira.
Jack reculta a Thomas Grace, un nuevo agente que reemplazará a Vaughn en APO.
Siguiendo el rastro de un virus letal conocido como Substancia 33, Sydney se ve forzada a participar en una misión por Turquía con el nuevo agente, Thomas Grace.
Mientras Sloane espera la la resolución de su sentencia por traición, un misterioso asociado de Gordon Dean le requiere para un favor a cambio de influir en la conducta del jurado.
Sydney y Tom viajan a Marseilles (Francia) cuando descubren que Renée ha robado el crio-contenedor que aloja el cuerpo congelado de su supuesto padre muerto.
Sydney y el equipo de APO consiguen infiltrarse en una fiesta formal de la embajada china en La India para localizar a un traficante de armas.
Sloane decide traicionar a Dean cuando descubre que la condicional de Nadia no prosperará.
Un incidente relacionado con una bomba de microonda lleva a APO a enviar a Rachel a Sao Paolo para investigar este arma. Pero otra persona llamada 'Bob' ya ha ido tras esa información.
Cuando Kelly Peyton roba a la CIA software relacionado con Michael Vaughn, Sydney es secuestrada por los agentes de Profeta Cinco para hipnotizarla y hacer a su mente regresar a sus tiempos felices con Vaughn.
Tras escapar de Peyton y sus secuaces y descubrir que está en un buque de carga, Sydney se mete a la sala de comunicaciones para enviar un mensaje a APO y permitir que la CIA siga sus pasos.
Tras nueve meses de embarazo y dejar la maternidad, Sydney se sorprende de que su madre, Irina Derevko, manifieste ser una víctima perseguida por Profeta Cinco para recibir información relacionada con 'El horizonte'.
Un mes después, con Sydney de baja por maternidad, se ve forzada a volver al campo de trabajo con la vuelta de su vieja enemiga Anna Espinosa.
Mientras Sydney y el resto de APO intentan descubrir más sobre Profeta Cinco y sus planes, Sloane recibe de parte de Profeta Cinco un bote de suero con la cura para Nadia.
Un chip informático es encontrado en el cuerpo muerto de Renée, llevando a Sydney a contactar con Vaughn.
Sydney debe mantener el secreto y trabajar con Sark para localizar la pista de Ramaldi, perdida en una cárcel italiana, antes de que Sloan, Peyton y el resto de Profeta Cinco lo hagan primero.
Sloane hostiga a Rachel y Marshall para forzarlos a ayudarle a encontrar la pista de Rambaldi donde él la ha perdido.
En medio de las consecuencias de la destrucción de APO, Sydney, Jack y Vaugh deben encontrar una forma de detener a Irina Derevko y Arvin Sloane, empeñados en llevar a cabo el Armagedon final de Rambaldi.
