Todo se inicia a las 5 de la madrugada. Un reportero de noticias oculto declara que una conferencia de prensa está siendo interrumpida por algo extraño. Las borrosas secuencias de las noticias confirman y sirven para documentar el caos que reina en ese lugar; donde las personas corren por su seguridad, y un ruidoso zumbido llena el aire, mientras que fuertes ráfagas dan vuelta a los muebles. Mientras el reportero grita a todos que corran, la secuencia se detiene abruptamente.Justo 23 minutos antes del suceso, un vuelo de enlace con Los Ángeles se prepara para despegar desde el Aeropuerto de Miami. Una azafata le pide a un sudoroso y ansioso en apariencia Sean Walker que salga del baño y ocupe su asiento. Lo extraño es que un uniforme de personal de mantenimiento desechado asoma desde el cesto de la basura.
S01E02 - Por nuestra seguridad
Tras iniciarse un incendio a bordo del avión, Sean trata de evacuar a los pasajeros. Michael es el último en salir, caminando como si estuviera en trance.Cuatro días antes, en una bodega, un hombre de aspecto amenazante tiene a Michael retenido y le exige que estrelle un avión contra el complejo presidencial. Cuando el piloto se resiste, su secuestrador amenaza con matar a su hija Leila; tal y como él sus colegas asesinaron a Val, la esposa de Michael. Éste se da cuenta del alcance de su problema y de que tiene que hacer lo necesario para salvar la vida de su hija.De regreso en el desierto, Sean le pregunta a Michael qué sucedió; y Michael le explica que, tras ser testigo del asesinato de su esposa, fue obligado a participar en un complot para asesinar al Presidente Martínez o se arriesgaba a perder a Leila.
S01E03 - Protegerles de la verdad
Cuando Sophia rechaza revelar los proyectos de los detenidos, el Presidente Martínez le habla de la libertad de poder vivir entre los humanos sin ataduras a cambio de información sobre el accidente aéreo. Sophia está segura de que este método no dará resultados pero el Presidente cree que, tras 66 años viviendo entre rejas y sin la libertad cerca, por alguno de ellos podría hablar.Mientras tanto, la agente del FBI Collier consigue escapar de Sean pero este la utiliza, escondiéndose en su coche, para lograr su objetivo, ir a la central desde donde con el portátil y la contraseña de la agente podrá pasar la imagen de la raptora de su novia por el programa de reconocimiento facial del FBI. Collier comienza a sospechar que lo que dice Sean puede ser real, pero el precio de su convencimiento será alto.
S01E04 - Una cuestión de vida o muerte
Sean y Collier forman equipo para encontrar a Vicky y resolver la situación en que se han visto inmersos y se acercan cada vez más a ella gracias a una tarjeta de crédito de la que han conseguido información a través del número de la seguridad social del ex marido de Collier. Esta última, con Carter, se prepara para la eliminación de Leila, que intenta escapar una vez más de sus de sus raptores.Mientras el presidente Martinez le pide información a Sophia sin conseguir muchos progresos y trata de comprender el misterio de la vuelta a la vida de los pasajeros del avión. Pero estos comienzan a morir después de que Dempsey, que parece dirigir a otros infiltrados en la sociedad, se pone en contacto con el presidente amenazándolo para que libere a Sophia y sus compañeros.La amenaza biológica se intensifica. El centro de control y de prevención de las enfermedades se precipita para identificar la causa del contagio y tratar a las personas más afectadas. Mientras tanto en la Casablanca se mantiene una ardua negociación con Thomas que no deja de exigir la liberación Sophia y de los suyos. Simon Lee no desea que Thomas los convierta en asesinos pero tras 66 años de reclusión, Thomas cree que ha llegado el momento de tomar medidas más serias.
S01E05 - Bajas de guerra
El Presidente y Blake intentan negociar con Thomas. Mientras, Simon habla con Sophia sobre Thomas y el agente Collier se acerca a Vicky y Carter.
S01E06 - Lealtad
El Presidente y Blake sospechan que hay un traidor cuando alguien intenta boicotear su trato con Thomas. Sean conoce a una teórica de la conspiración.
S01E07 - Sé quién eres
Mientras Sophia y Thomas se preparan para el próximo paso de su misión, Sterling ve conspiradores por todas partes, incluyendo a su propio equipo.
S01E08 - Por el bien de nuestro país
Mientras el presidente Martinez decide interrogar a Michael en persona, los superiores de Vicky mandan a ésta en una nueva misión.
S01E09 - Your World To Take
S01E10 - Everything Will Change
S01E11 - And Then There Were More
S01E12 - Inostranka
S01E13 - Turnabout
Sterling y Richard intentan ayudar al Presidente cuando la fuga de Inostranka causa un escándalo político. Entretanto Michael deja a Leila con una vieja amiga.
S01E14 - A Message Back
S01E15 - Face Off
S01E16 - You Bury Other Things Too
S01E17 - Cut Off the Head
S01E18 - Strain
S01E19 - Us or Them
S01E20 - One Will Live, One Will Die
S01E21 - The Beginning of the End
S01E22 - Arrival
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