El rey Uther gobierna Inglaterra en tiempos de guerra. Su hija Morgana, desterrada hace 15 años, llega inesperadamente al castillo a un banquete real. La joven utiliza sus poderes para cambiar de forma y convertirse en una niña indefensa y así poder envenenar a su padre. Merlín llega demasiado tarde para evitar el asesinato, pero a tiempo de escuchar el último deseo y orden real de Uther: otorgar el trono a su hijo secreto, Arturo. Morgan se niega a reconocer a Arturo como heredero legítimo del trono e, incluso, cuestiona que sea hijo de Uther.
S01E02 - Camelot
Arturo debe asumir el reinado de Camelot para evitar el caos y hacer frente a las amenazas de las fuerzas enemigas. En el camino, ve a una mujer salir del agua del mar que le recuerda a la joven de su sueño. ¿Sería una premonición? Su nombre es Ginebra.Mientras Morgana se dirige al bosque para, con sus poderes, evocar fuerzas oscuras e impedir la toma del trono de Arturo, Merlín se pone en marcha rápidamente para guiar a Arturo y a su hermano Kay en su destino. El nuevo rey tendrá que realizar un hecho heroico para demostrar al pueblo que es digno del trono: conseguir liberar la espada de Marte.
S01E03 - Ginebra
Mientras Ginebra prepara su boda con Leontes, unos ladrones saquean su casa. Esta huye a Camelot para reunirse con su prometido y en busca de protección del nuevo rey. Cuando llega al reino, Merlín la reconoce como la mujer del sueño de Arturo y trata de deshacerse de ella, pero el reciente rey insiste en que se quede.Moegana envía a su sirviente, Vivian, con un mensaje para Arturo, a quien invita a cenar al Castillo de Pendragón. Agobiado por los preparativos de la boda de Ginebra y Leontes, Arturo está ansioso por salir y acepta la invitación de Morgana. Merlin, que no se fía de la joven, decide acompañarle. En la cena, Morgana droga a Merlín y le hace su prisionero. Arturo, que había regresado a Camelot, se encuentra en secreto con Ginebra horas antes de su boda. La pasión les ciega y hacen el amor.
S01E04 - La dama del lago
Merlín se embarca en un viaje para encontrar a un fabricante que realice una espada adecuada para un rey como Arturo. Mientras, una conversación de Arturo con Ginebra hace pensar al joven rey sobre una posible victoria en la batalla contra Leontes.