En este capítulo, Harm, Mac, Webb y Gunny permanecen en Paraguay. Todos intentarán evitar que el terrorista Sadik ataque de nuevo y trabajarán en equipo para capturarle. Durante su estancia, Harm comienza a replantearse aquellos sentimientos que le llevaron a renunciar a su cargo, y a desplazarse tantos kilómetros de su hogar.
S09E02 - Shifting Sands
Harm regresa a Washington, donde se sorprende al descubrir que el almirante Chegwidden está tramitando su renuncia a través de las vías oficiales. Además, una oficial a la que se daba por desaparecida durante una operación es encontrada en Iraq, casada con un beduino. La Marina la acusa de deserción.
S09E03 - Secret Agent Man
La primera misión de Harm para la CIA le lleva hasta Filipinas. Mientras, en la Marina, Mikey Roberts le pide ayuda a Mac porque tiene que declarar como testigo en un caso de conflicto del Código de Honor.
S09E04 - The One Who Got Away
Durante un test de vuelo, Harm termina formando parte de una misión de la CIA en Corea del Norte. En Iraq, un pelotón de reconocimiento de la Marina se cruza con un pastor Iraquí de 10 años de edad que huye despavorido al ver a los hombres armados. Más tarde, el pelotón se ve envuelto en una emboscada en la que fallecen dos marines y el sargento pierde la radio. Ante la imposibilidad de lograr un transporte, el pelotón se traslada andando a través del desierto para garantizar su seguridad. Una vez a salvo, descubren que el fuego cruzado se debió al aviso del niño iraquí que puso en alerta a insurgentes iraquíes que residían en su aldea.
S09E05 - Touchdown
Harm y Beth O?Neil son enviados por la CIA a Libia, en misión especial, para sacar a un agente del país. Sin embargo, cuando Harm entra en contacto con él, éste le explica que deberá sacar a toda su familia de aquel lugar. Harm negociará con las autoridades de Libia para conseguir finalizar con éxito su misión.
S09E06 - Back In The Saddle
La comandante Carolyn Imes, antigua trabajadora del JAG, vuelve a la unidad para cubrir el puesto de Rabb. Por otro lado, Bud y Mac se quedan sorprendidos cuando descubran que su antiguo colega falsificaba documentos oficiales mientras ejercía como letrado, y que además había conseguido el puesto en el JAG sin pasar por el examen previo y obligatorio. Catherine Gale, por su parte, sorprende a Harm comunicándole que está esperando un hijo.
S09E07 - Close Quarters
Un buque se hunde en las aguas de Corea del Sur y un submarino de los EEUU, dirigido por el comandante Turner, rescata a diez marineros norcoreanos. Mientras, el comandante Imes comienza a revisar todos los casos de los últimos tiempos del JAG para conocer las irregularidades.
S09E08 - Posse Comitatus
Un piloto de helicópteros de la Marina es investigado por su participación en una crisis con rehenes. Harriet es puesto al cargo de la organización de un espectáculo de Navidad en Iraq.
S09E09 - The Boast
Un marino es investigado por su intención de matar a un prisionero iraquí. Por otro lado, durante un partido de béisbol, un bateador se libra de ser asesinado después de recibir un golpe con una pelota. El lanzador es puesto bajo vigilancia por posibles cargos de asalto.
S09E10 - Pulse Rate
La muerte de un marine mientras arreglaba la antena del radar de un buque obliga a Mac y Harm a enfrentarse en un juicio. Mac defiende al compañero de la víctima, acusado de su muerte. Mientras, en la Academia Naval, la hermana de Mickey va a poner a prueba su amistad con su compañero de habitación.
S09E11 - A Merry Little Christmas
S09E12 - A Girl's Best Friend
Como Harm tiene la custodia de Mattie, Jennifer decide mudarse a un apartamento en el mismo pasillo que el de Harm. Por su parte, el admirante Chegwidden reflexiona sobre el regalo que le dio a Meredith para establecer su compromiso.
S09E13 - Good Intentions
Mac es enviado a defender al único sospechoso del asesinato de una oficial de la marina. Se trata de un compañero de la víctima que acompañó a la joven la última noche que fue vista con vida. El hombre declara que, debido al estado de embriaguez en el que se encontraba, no recuerda absolutamente nada. Por otra parte, un miembro de los Seal debe hacer frente a los cargos de fraude y robo a los EEUU.
S09E14 - People v. SecNav
Tras un bombardeo en el que mueren un gran número de civiles, se abre una comisión internacional para juzgar este hecho como crimen de guerra. Harm, Mac y Bud son enviados para defender a los responsables del bombardeo y el derecho del país a continuar con la guerra. Sin embargo, antes de que Bud pueda iniciar su misión, deberá regresar a su casa, ya que su hijo ha desaparecido.
S09E15 - Crash
S09E16 - Persian Gulf
Sadik Fahd reaparece en Washington. La última vez que se cruzó en las vidas de Harm y Mac fue en Paraguay, durante el cautiverio de Mac y Web. El asunto se complica cuando la batería del coche de Harm explota mientras estaban revisando el vehículo.
S09E17 - Take It Like A Man
Mac sigue atormentado por la obsesión de Sadik Fahd de matar a la chica. Además, esto está influyendo en otros aspectos de su vida, incluyendo la defensa que está realizando de un ex marine. Por otro lado, Mattie sigue haciendo frente a sus sentimientos hacia su padre.
S09E18 - What If ...
Mientras se celebra una fiesta por el ascenso de Jennifer a oficial de primera, los miembros del personal de JAG descubrirán que albergan sentimientos ocultos tras la dureza de su trabajo.
S09E19 - Hard Time
S09E20 - Fighting Words
S09E21 - Coming Home
S09E22 - Trojan Horse
El equipo SEAL de la Marina será investigado tras la desaparición de un kilo de heroína de un cargamento confiscado. Bud defenderá los derechos de una cantante de la Marina que ha sido utilizada por la compañía que grabó su disco.
S09E23 - Hail and Farewell - Part 1
¡La red de cobertura cinematográfica más grande del mundo ya está en México!