Después de que Jordan contara que durmió con J.D., éste se espera lo peor por parte del Dr. Cox. Sin embargo, el Dr. Cox se muestra indiferente. Esto para J.D. es peor que la rabia.
S02E02 - My Nightingale
Con la adaptación a sus nuevas posiciones en el hospital, los residentes emprenden una búsqueda para encontrar diferentes identidades. De hecho, J.D. se siente más doctor y, orgullosamente, se pone su bata blanca delante del portero y del Dr. Cox.
S02E03 - My Case Study
Una persecución de la policía, que está siendo televisada, termina con uno de los coches estrellándose en el aparcamiento del hospital. Elliot se encarga del oficial Berson y Turk del conductor del coche.
S02E04 - My Big Mouth
El hermano mayor de J.D., Dan Dorian, ha llegado a la ciudad para una visita corta. Dan se siente atraído por Elliot, pero J.D. le dice que él ya ha dormido con ella. En el almuerzo, Dan trata de bromear con Elliot para sacarle información sobre cómo era en la cama. Ella insinúa que estaba bien, pero que no era tampoco un genio.
S02E05 - My New Coat
Elliot y Carla se dan cuenta de que no tienen nada en común excepto J.D. y Turk. Como consecuencia, Elliot trata de encontrar cosas ordinarias en las que puedan coincidir, mientras que Carla le resta importancia al asunto.
S02E06 - My Big Brother
J.D. se da cuenta de que no sabe mucho sobre Carla. Cuando intenta acercarse a ella, ésta le cuenta que no es muy buena abriéndose a la gente. Tras contarle un secreto, J.D. se lo dice a Turk, y Carla terminará enfadada con J.D.
S02E07 - My First Step
S02E08 - My Fruit Cups
S02E09 - My Lucky Day
S02E10 - My Monster
S02E11 - My Sex Buddy
Tanto J.D. como Elliot tratan de recuperar el tiempo perdido. Ambos se sienten decepcionados por haber terminado su relación como pareja, pero los dos médicos intentarán ser al menos buenos amigos. Por otro lado, el doctor Cox ignora los síntomas de un paciente hipocondríaco que realmente está poniéndose enfermo.
S02E12 - My New Old Friend
Elliot y J.D. comienzan a dormir de nuevo juntos cuando ella se muda a vivir con él temporalmente.
S02E13 - My Philosophy
Turk le pide a Carla matrimonio y recibe una respuesta inesperada. Elliot hace campaña a favor de un vestuario femenino.
S02E14 - My Brother, My Keeper
Mientras Turk espera la respuesta de Carla, su hermano le revela noticias sobre su propio matrimonio.
S02E15 - His Story
La paciencia de Turk se está acabando esperando la respuesta de Carla a su proposición de matrimonio.
S02E16 - My Karma
J.D. y Turk experimentan con el buen y el mal karma. Mientras, Turk y Carla finalmente se comprometen y todo el mundo les felicita.
S02E17 - My Own Private Practice Guy
J.D. se siente culpable por sentirse atraído por la esposa de un paciente en coma. Por otro lado, Elliot trata de darle morbo a su vida sexual y termina sintiéndose aún más insegura en su relación con Paul.
S02E18 - My T.C.W.
J.D. descubre otro de los secretos entre Jordan y el Dr. Cox. Carla cree que su anillo de compromiso le ha quitado todo el apetito sexual y Turk y el Dr. Kelso encuentran significados alternativos a liberar la tensión del trabajo.
S02E19 - My Kingdom
La corta experiencia de J.D. con las muchedumbres le distancia de su mejor amigo. Entre tanto, la relación de Elliot y Paul está progresando hacia el siguiente nivel. El Dr. Cox y el Dr. Celso, por su parte, se hacen jugarretas el uno al otro.
S02E20 - My Interpretation
J.D. tiene otros pensamientos sobre su relación con Jamie. Además, un sueño de Elliot perturba a Turk. El Dr. Cox intenta acercarse al bebé de Jordan.
S02E21 - My Drama Queen
Un incidente inesperado amenaza con romper las preparaciones de la boda entre Carla y Turk. Mientras, J.D. se da cuenta de que Jamie es una reina del drama y el Dr. Cox es obligado a dar un curso sobre la comunicación del doctor con el paciente.
S02E22 - My Dream Job
¡La red de cobertura cinematográfica más grande del mundo ya está en México!