Michael Weatherly interpretó a Tony, uno de los personajes más queridos de NCIS, durante 13 años. En total, más de 300 episodios que sirvieron para que el público se encariñase con él. Por eso su despedida en 2016 fue tan dolorosa. El actor decidió poner fin a su etapa en la serie porque creía que había llegado el momento oportuno para hacerlo: "Estaba agotado por NCIS y estaba listo para un nuevo desafío. A veces, el cambio es tan bueno como un descanso. Realmente se sintió como un círculo y me sentí feliz con la resolución del personaje y mi tiempo en la serie".
En la serie, el agente bajo el mando del jefe Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon) había perdido a su interés amoroso, Ziva (Cote de Pablo), así que era el momento idóneo para despedirse también del personaje. Los guionistas hicieron que Tony dejara el cuerpo para dedicarse a criar a la hija que tenía junto a Ziva. Un bonito final que dejó a Weatherly listo para su siguiente etapa.
Su nuevo proyecto fue Bull, un drama legal de CBS -la misma cadena que NCIS- en la que dio vida al protagonista, Jason Bull, hasta el 2022. La ficción se basa en el fundador de una de las firmas de consultoría más políficas de todos los tiempos, el Dr. Phil McGraw. Bull es un psicólogo muy reputado que ha creado un sistema para predecir la decisión final de un jurado en base a una serie de parámetros.
Profesionalmente, la serie le ha aportado muchas alegrías. Se ha mantenido en antena durante seis temporadas, se estrenó siendo una de las más vistas de la cadena y le ha dado uno de sus pocos papeles protagónicos. Sin embargo, en el terreno personal ha sido un desastre.
En 2017, Eliza Dushku se unió al reparto para el tramo final de la primera temporada. Tras rodar tres únicos episodios -se esperaba que fuese un personaje regular-, Dushku presentó una queja a los productores sobre unos comentarios de Weatherly que la incomodaron. Estos incluían comentar su físico, haberle hecho una broma sobre violaciones y haberle hablado de un trío.
La actriz consideraba que ese comportamiento no era idóneo para un lugar de trabajo y cuando vio que CBS iba a prescindir de ella para la segunda temporada de la ficción, les advirtió que se planteaba presentar una denuncia. La cadena llegó a un acuerdo con ella y aceptaron indemnizarla con 9,5 millones de dólares. La cifra se calculó en base a lo que hubiese cobrado si hubiese hecho las cuatro temporadas.
Por otro lado, Weatherly recibió el apoyo de sus compañeros de NCIS después de las acusaciones de Dushku. Sasha Alexander y Pauley Perrette son algunas de las que se pusieron de su lado. "Este hombre... te quiero, respecto, confío y LO SÉ. Dos décadas de amistad y respecto. El mejor. Te quiero Michael Weatherly. Por siempre y para siempre", escribió Perrette en las redes sociales.