Luchar para que el pasado no cambie y que la Historia sea la que es. Esta es la tarea de El Ministerio del Tiempo, una agencia secreta que impide que cualquier intruso del pasado llegue a nuestro presente (o viceversa) con el fin de utilizar la Historia para su beneficio. Mediante puertas que permiten viajar en el tiempo, un soldado del siglo XVI, la primera mujer universitaria del siglo XIX y un enfermero del SAMUR de hoy en día se unen para evitar que se cambie la historia de nuestro país.
En 1992 tres chicas desaparecen en una discoteca y la policía parece ir en la dirección incorrecta. Javi y su grupo inician una búsqueda propia que los lleva a descubrir que la amenaza tiene un origen lejano a este mundo.
Claudia, devastada por la desaparición de su hija Ángela años atrás, comienza a recuperar su vida cuando una inquietante llamada le da esperanzas de que su hija aún esté viva. Decidida a encontrar respuestas, se une al inspector Salazar para seguir nuevas pistas sobre el paradero de Ángela.
Una expedición de científicos y miembros de la Armada Española es arrastrada por una tormenta hasta Punto Nemo, el lugar más remoto del océano. Atrapados en un antiguo enclave militar ruso, deberán luchar por sobrevivir y encontrar el camino de regreso.
En un futuro devastado por el cambio climático, las mujeres embarazadas son enviadas al Santuario, una cúpula que promete protección y paz. Pero la llegada de Pilar revela inquietantes secretos que cuestionan su propósito real.