Natsume, un chico capaz de ver espíritus llamados Youkai, hereda de su abuela un libro que contiene los nombres de muchos de estos seres. Junto a su amigo y protector Madara, decide liberar a los Youkai devolviéndoles sus nombres.
Craft, un joven mercader, conoce a Holo, una deidad lobo que desea volver a su tierra natal. Juntos emprenden un peligroso viaje, perseguidos por la Iglesia al descubrir la verdadera identidad de Holo.