Transformers Prime comienza tres años después del ataque a la Tierra por los Decepticons, aunque no todo acabó allí pusto que los Autobots esperan que estos regresen. Y así pasa. Los Decepticons vuelven y los Autobots tienen que luchar para salvar la Tierra, tras la muerte de Cliffjumper.
Megatron volvió después de tres años y, usando energon oscuro, crea un ejército de Cybertronianos, muertos vivientes, con el fin derrotar a los Autobots, pero estos destruyen su portal espacial, se cree que con la muerte en le proceso su creador. Por otro lado, el nuevo lider de los Decepticons es Starscream.
Sin embargo, Megatron no está muerto, si no que se encuentra entre los escombros del puente espacial y vuelve a retomar, después de un largo tiempo, el poder. Starscream tiene que verselas con él cuando vuelve reclamando el poder. Los Autobots, que se han hecho amigo de los humanos, están en proceso de adaptción a la tierra, aunque deberán aliarse con Megatron puesto que la Tierra se ve en peligro por la antingua y poderosa amenaza llamada Unicron que se encuentra en el centro de la Tierra.
