Noragami nos presenta a Hiyori, un jóven que murió para evitar que a una persona que era desconocida para él fuese atropellada por un autobús. Ahora, Hiyori se encuentra en una especie de limbo donde descubre a Yato, que aunque es un dios, tiene bastantes pocos seguidores.
Para conseguir la popularidad que Yato tanto busca, necesita encontrar el tesoro sagrado, y para eso busca ayuda en Hiyori y Yukine. Los tres encuentran el tesoro que ahora pertenece a Yato, pero este lejos de disfrutar de él, tiene que presentarse ante Lord Tenjin para hacerse cargo de unos fantasmas que están haciendo de las suyas y salvar a un joven de una muerte segura.
Una ve acabado este encargo, los siguientes se suceden. Entre ellos se encuentra un oficinista que decide acabar con su vida por la vía rápida: el suicidio. La trágica vida que el oficinista ha llevado se ve eclipasada por un extraño accidente que ocurre en el momento en el que Yato aparece.