El padre de Caín es una miniserie que narra la vida de un agente de la Guardia Civil, Eloy, que es destinado a Intxaurrondo (San Sebastián) en los años 80 para combatir contra ETA. Allí comprobará que los bombardeos están a la orden del día y la banda terrorista cometerá un atentado cada 72 horas. El joven sufrirá la tensión, el miedo, el acoso aberzale y la violencia etarra que hace que sus compañeros acaben rendidos al alcohol, tengan fuertes depresiones y, muchos de ellos, se quiten la vida. A todo eso le llaman "Síndrome del Norte".
Eloy es un joven teniente del instituto armado que ha dejado en Madrid a su esposa Mercedes, embarazada de seis meses, que no sabe todo lo que está ocurriendo en el norte. Y además de todo lo que está viviendo Eloy, tiene un secreto más: Begoña, la dueña de la pensión donde se hospeda, una joven que le ayuda a combatir la soledad aunque cree que él es un empleado de Telefónica, no un guardia civil. Eloy tendrá una doble vida mientras debe lidiar con los atentados de ETA. Sin embargo, no sabe que el peligro vendrá de donde menos espera.