Durante una revolución industrial, un misterioso virus aparece y se extiende a gran velocidad, convirtiendo en “Kabanes”, criaturas zombis a los infectados. Los Kabanes no pueden ser derrotados fácilmente, lo que pone en riesgo a los ciudadanos no infectados, obligados a vivir en refugios para protegerse.
Ikoma es un joven ingeniero que crea un arma con el fin de derrotar a los zombis, pero en el proceso de probarla acaba infectado. Sin embargo, Ikoma consigue resistirse a los efectos del virus, convirtiéndose en un híbrido entre humano y Kabane, un Kabaneri. Con la ayuda de otro Kabaneri, intentarán proteger a los no infectados mientras derrotan a los Kabanes.