El Espía se ambienta en la década de 1960 y se centra en la vida del espía israelí Eli Cohen. El espía tiene que vigilar a Siria y para ello, se convierte en agente del Mossad. Su misión en Siria duró cuatro años, de 1961 a 1965.
Consigue infiltrarse en los más altos cargos del país, estableciendo relaciones clave con figuras políticas y militares. Por si el riesgo que conlleva su función no fuera suficiente, su identidad secreta acaba siendo revelada, teniendo peligrosas consecuencias.