Mientras se recuperan tras el tiroteo, Mac se obsesiona con recoger evidencias que le permitan descubrir la identidad del hombre que disparó a sus compañeros. Tras quedar paralizado durante el incidente, Danny informa a Taylor que va a encontrarse con una mujer que parece conocer a quienes perpetraron el ataque. El jefe del C.S.I. acompaña al detective y observan que la mujer se muestra reticente a la hora de facilitar datos específicos sobre el tiroteo dado que su hermano puede estar involucrado en el incidente. Sin embargo, ella les confirma poco después que el grupo planea llevar a cabo otro tiroteo pero antes de que pueda facilitarles su identidad, es abatida de un disparo ante la mirada atónita de Mac y Danny.
S06E02 - Lista negra, presentando al sepulturero
Mac descubre que dos crímenes sin aparente conexión entre sí son obra de un brillante hacker informático. Cuando el criminal descubre que el jefe del C.S.I. está trabajando en el esclarecimiento del caso, decide contactarlo telefónicamente. Posteriormente, los forenses constatan que el homicida está asesinando a quienes considera responsables de la cancelación de su tratamiento oncológico, situación que le llevó a perder su trabajo y su seguro médico. Tras este descubrimiento, Taylor se involucra personalmente en el caso ya que su padre murió de cáncer.
S06E03 - El asesino de la soga
Mac y su equipo de forenses acude a la isla de Ellis, donde un hombre ha sido encontrado ahorcado. A pesar del hallazgo de una nota de suicidio en el cuerpo de la víctima, los investigadores sospechan que se trata de un asesinato, dado que el hombre recibió una llamada telefónica de su esposa tras su fallecimiento. Taylor descubre además un antiguo compás apuntando hacia el sur y cuando posteriormente recibe por correo un segundo compás señalando el norte, sospecha que el crimen es obra de un misterioso homicida en serie.
S06E04 - Navegación por estima
Taylor y su equipo de forenses investigan el extraño asesinato de un hombre casado que mantenía diversas aventuras extraconyugales. A pesar de que la esposa del fallecido confiesa la autoría del crimen, los resultados de la prueba de ADN demuestran que la mujer no pudo perpetrarlo. El caso da un giro inesperado cuando el jefe del C.S.I. decide descubrir la identidad de la persona a quien está protegiendo la principal sospechosa del crimen.
S06E05 - Heridas de guerra
Jesse, un experto bailarín urbano, es hallado muerto en la habitación de su hotel tras alzarse con la victoria en una importante competición anual, mientras que su novia Brooke se encuentra gravemente herida. Aunque en principio parece que se trata de un robo violento, los forenses se percatan de que los ladrones no se llevaron el dinero del premio. Posteriormente, el C.S.I. descubre que al joven le dispararon con balas de fogueo, mientras que Brooke recibió un fuerte golpe en la cabeza. Mac decide entonces investigar a los rivales de Jesse en el campeonato de baile. El caso da un giro inesperado cuando los forenses constatan que la pareja fue víctima de otro robo sucedido tres meses antes.
S06E06 - Me ocurrió a mí
S06E07 - Pisando el acelerador
S06E08 - El nido del cuco
Un hombre es asesinado de un disparo durante la celebración de una fiesta en su yate. Cuando el tirador está a punto de abatir a una segunda víctima, el cuerpo de un hombre cae sobre él desde el puente de la calle 59 salvando al segundo inocente de una muerte segura. Los forenses descartan la hipótesis del suicidio cuando Sid constata que el saltador recibió un disparo antes de caer desde el puente. Hawkes se sumerge en el East River en busca del arma del crimen descubriendo poco después una brújula, hallazgo que revela que el homicidio es obra del asesino de la brújula. Los forenses examinan el cuerpo de la tercera víctima del peligroso asesino en serie y descubren unas fibras que les llevan hasta un hospital psiquiátrico.
S06E09 - Manhattanhenge
S06E10 - Casa muerta
S06E11 - Segundas oportunidades
S06E12 - Justicia criminal
S06E13 - Sanción en la jugada
Una jeringuilla con restos de anestésico y de la hormona del crecimiento humano se convierte en la prueba clave del misterioso asesinato de la quarterback estrella de un equipo de rugby femenino. Los forenses neoyorquinos inician una nueva investigación criminal tras el descubrimiento del cuerpo sin vida de la bella quarterback de un equipo de rugby femenino en el jacuzzi de la zona de vestuarios. Mientras procesan la escena del crimen, Mac y su equipo localizan una jeringuilla con restos de lidocaína, un anestésico local, y HCH, la hormona del crecimiento humano. Las primeras sospechas recaen en el entrenador del equipo, que ostenta un largo historial de suministro de esteroides. El caso da un giro inesperado cuando varios testimonios llevan al C.S.I. a investigar peligrosas fiestas de cirugía estética.
S06E14 - Amor de sangre
S06E15 - La fórmula
S06E16 - Reglas de incertidumbre
Tras el brutal asesinato de cuatro personas en un hotel neoyorquino, los forenses centran sus sospechas en un hombre, amigo de las víctimas, que se encontraba vaganado por la ciudad de Nueva York.
S06E17 - El caldero de oro
Dos hombres son brutalmente asesinados la víspera del Día de San Patricio. Las primeras investigaciones llevan a Taylor hasta una empresa que fabrica lingotes de oro para el Departamento del Tesoro de Estados Unidos.
S06E18 - Descansa en paz, Marina
S06E19 - Redemptio
S06E20 - Historia de un combate
S06E21 - Sospechosos poco habituales
Ver morir a su hermano mayor asesinado de un disparo es la traumática situación que vive un niño de 12 años, investigación criminal en la que se implicará personalmente Taylor.Mac Taylor acude junto a su equipo de forenses al lugar en el que ha tenido lugar uno de los crímenes más terribles de su carrera profesional: el asesinato de un adolescente de 14 años de un disparo mientras se encontraba junto a su hermano menor, un niño de 12 años. La búsqueda de justicia llevará al jefe del C.S.I. a dar máxima prioridad al caso con un claro fin en mente: identificar y capturar al responsable del homicidio cuanto antes.
S06E22 - Punto de vista
El edificio de apartamentos en el que reside Mac Taylor se convierte en el escenario de su reencuentro con su amada Peyton y de la extraña muerte de un mensajero. Tras romperse varias costillas en el trabajo, Mac se recupera en casa cuando descubre que en su bloque de apartamentos ha tenido lugar un misterioso fallecimiento. La víctima es un mensajero que llevaba consigo una cartera con un misterioso bote de líquido a una vivienda del inmueble. Las primeras sospechas del jefe del C.S.I. recaen en uno de los vecinos, un reputado profesor de Matemáticas y amigo de su antigua novia Peyton Driscoll. Cuando la pareja se reencuentra en el edificio, Peyton asegura a Taylor que el docente no está involucrado en el crimen. La investigación da un giro inesperado cuando Mac descubre restos de gas sarín en un pájaro muerto.
S06E23 - Vacaciones
Danny, Lindsay y su hija disfrutan de unas cortas vacaciones en un idílico lugar ajenos a la amenaza que se cierne sobre ellos: un peligroso criminal pretende acabar con la vida del forense. Taylor y su equipo trabajarán contrarreloj para evitar que el asesino lleve a cabo su plan. Tras lograr huir del centro penitenciario de Pensilvania donde cumplía condena provocando un motín entre los reos en el Hawkes quedó atrapado, Shane Casey (Edward Furlong), un peligroso homicida, planea cometer nuevos asesinatos. Mientras los forenses intentan localizarlo, una pista les ofrece nuevas claves sobre su próximo objetivo: Casey planea acabar con la vida de Danny Messer mientras el forense disfruta de unas breves vacaciones junto a su familia en una tranquila localidad.
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