Una llamada anónima alerta a la policía neoyorquina de una misteriosa muerte en el puente de Brooklyn. El equipo acude al escenario, donde Flack descubre el arma del crimen: una pequeña Estatua de la Libertad de cerámica, Lindsay halla un cigarrillo con marcas de carmín y Stella localiza una huella parcial en la figura. Mac, por su parte, interroga a Erica Lancaster, la novia de la víctima. La joven declara que su novio tenía que ir recogerla al aeropuerto por la noche, pero no se presentó en la terminal. La víctima llevaba encima un anillo de compromiso, pero es demasiado pequeño para ella. Más tarde, Peyton descubre que Danica Wade murió esa misma noche tras caer del puente horas antes del fallecimiento del novio de Erica y que las muestras de pintalabios encontradas pertenecen a un mujer embarazada. Mientras tanto, Hawkes y Messer acuden a un lujoso apartamento en el que se encuentra el cuerpo sin vida de una joven heredera. Los forenses toman fotografías del lugar, en el que hallan una botella de tequila, un vaso de margarita con sal en el borde, sangre de la víctima en un abrigo y una gran cantidad de dinero.
S03E02 - No es lo que parece
Stella y Lindsay acuden a una joyería donde un vendedor yace en medio de un charco de sangre. Los forenses interrogan a los asustados clientes que presenciaron el crimen. Por su parte, Flack descubre en la escena del crímen una rejilla de ventilación rota, sistema utilizado por los delincuentes como vía de escape.
S03E03 - Love Run Cold
Mac y Lindsay acuden al lugar donde se estaba celebrando la fiesta de presentación de una marca de vodka. Los forenses se adentran en una gélida cueva de hielo, donde se encuentra el cadáver de la víctima, una promotora vestida de reina de hielo.
S03E04 - La venganza se tiende fría
Mac y Stella acuden al lugar en el que se encuentra el cuerpo decapitado de una mujer atado al ventilador del techo. Mientras los forenses recogen muestras, Flack percibe un olor a carne quemada y halla una camiseta que cubría el cráneo de la víctima, una joven llamada Amy.
S03E05 - El embrujo de Edipo
Los forenses abren una nueva investigación cuando Omen, miembro de una banda punk, fallece en extrañas circunstancias en un local del barrio de Queen's. En el escenario del crimen, Lindsay determina que la cantante murió debido a unas heridas de pinchazos en el cráneo.
S03E06 - Un caso evidente
Aparece el cadáver de una mujer junto a una escultura moderna durante una sesión fotográfica en un hotel. Los investigadores encuentran huellas ensangrentadas en el índice derecho y una pulsera de Cartier en la muñeca de la víctima, que resulta ser una empleada del lugar.
S03E07 - Asesinato en el tren azul
El equipo acude al metro donde se encuentra el cuerpo sin vida de una mujer sangrando por todas las membranas mucosas. Al ver que la joven no presenta heridas externas, Hawkes y Mac sospechan que podría haber sufrido un envenenamiento químico.
S03E08 - Consecuencias
S03E09 - Va por usted señora Azrael
Mac y Stella acuden a la UCI de una clínica, donde se encuentra el cadáver de Nicole, una adolescente hospitalizada tras sufrir un accidente de tráfico. En la habitación, el jefe del CSI observa una almohada en el suelo, una mascarilla de oxígeno colgando y signos de lucha alrededor de la cama.
S03E10 - Felices 16
S03E11 - El peso de la verdad
S03E12 - Noche silenciosa
S03E13 - Obsesión
S03E14 - El juego de las mentiras
Mientras juegan al fútbol en la calle, varios jóvenes descubren el cadáver ensangrentado de un hombre en el interior de un edificio. Mac y Stella acuden rápidamente al escenario, donde determinan que la víctima se desangró tras recibir una puñalada en el pecho.
S03E15 - No desenterremos el pasado
El CSI inicia una nueva investigación cuando un jugador de paintball muere de un disparo mientras participaba en este juego. En la escena del crimen, un gran almacén, los forenses hallan una bala en un globo situado en el interior del edificio.
S03E16 - Corazón de cristal
Danny, Mac y Peyton acuden a un apartamento donde se ha descubierto el cuerpo de una joven en una bañera decorada con pétalos de flores. El cadáver presenta una herida en la cabeza y los forenses observan sobre el espejo del baño una frase escrita con carmín: te quiero, DL. La investigación preliminar parece indicar que la víctima, Diane Langston, estaba esperando a su amante, ya que en la casa había dos copas llenas de champán. El detective Angell descubre que el apartamento está alquilado a DJ Melvoy, un hombre que tenía una orden de alejamiento de Diane.
S03E17 - El viaje
S03E18 - Un truco descabellado
S03E19 - Días de vino y cucarachas
S03E20 - Lo que nos depare el futuro
S03E21 - Pasado imperfecto
S03E22 - Caso abierto
Tras llegar de Filadelfia, el detective Valens visita la sede del C.S.I. con una prueba clave en un caso de asesinato que tuvo lugar hace diez años: el ADN de Stella. El policía explica a la forense que se han descubierto restos de ropa femenina ensangrentada junto a una autopista, tejidos en los que hallaron el ADN de Bonasera y los de un hombre y una mujer sin identificar. Las sustancias químicas encontradas en una de las prendas llevan a los investigadores hasta la artista y fotógrafa Erin Yates.
S03E23 - Todo lo que sube...
Una fiesta de despedida de soltera concluye dramáticamente cuando aparece el cadáver de un hombre en el baño de un bar. Danny, Stella y Flack acuden al local para procesar el escenario. En el lugar, los forenses descubren una tiara en el suelo y varias gotas de sangre en una de las paredes del aseo.
S03E24 - Día de nevada
El detective Don Flack y un equipo incautan un alijo de 900 kilos de cocaína a una banda de narcotraficantes. Durante la acción policial, se produce un tiroteo en el que Flack abate a uno de los delincuentes. El cadáver de Gavin Whaley, líder del grupo, aparece en el salpicadero de uno de los camiones que transportaban la droga.
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