Scooby-Doo y compañía se centra en los miembros de Misterio Inc. El protagonista es Scooby-Doo, un perro que habla y siempre acompaña al detective principante Shaggy Rogers. A la pareja les acompañarán en sus aventuras fieles amigos: Velma Dinkley, una mujer muy inteligente que siempre consigue salvar al grupo, Daphne, cuya mayor pasión es la moda, y el apuesto Fred Jones.
Al grupo de investigadores les ayudan distintas celebridades (reales y ficticias) a resolver los complicados casos. Entre las aventuras a las que se enfrentarán encontramos a la Mujer Maravilla luchando contra un minotauro, Sherlock Holmes ayudando a Shaggy, Chris Paul salivando por un perrito caliente, Daphne utilizando artes marciales para asustar al minotauro o a Scooby cargando perritos calientes en el jet invisible de la Mujer Maravilla.