Ghost in the Shell Arise: Arise nos traslada hasta el año 2007, cuando Mokoto Kusanagi, un cíborg, se marcha de malas maneras de una organización federal clandestina. Este lo deja para pasar a formar parte de otra organización y ayudar a crear una nueva unidad conocida como 'Sección 9'.
Tras marcharse de la organización 501, Kusanagi recluta un equipo que trabaje para la Seguridad Pública con el fin de que le ayuden a investigar un hackeo que tiene relación con una serie de recuerdos que no son reales. Este se dispone a frustar los planes de una organización terrorista, pero ni reclutar gente ni parar un ataque, el mayor de sus retos es la relación que lleva con su novio ahora mismo.
Kusanagi y el equipo que ha conseguido reclutar trabaja a destajo y contrarreloj para encontrar a un ciberterrorista que ha liberado un virus que tiene como blanco los cibercerebros y los recuerdos que estos contienen.