Merlí: Sapere Aude es un drama que comienza unos meses después de la muerte de Merlí. La ficción se centra en el alumno favorito del profesor, Pol, cuando empieza sus estudios en la facultad de Filosofía.
El alumno ahora es muy diferente: en el instituto era muy orgulloso, chulo y popular y, ahora, Pol es más inseguro e indeciso respecto a sus decisiones e identidad. En su nueva carrera, Pol encuentra una nueva mentora: la profesora María Bolaño. María es una mujer irónica, crítica y mordaz con un carácter muy fuerte que pondrá a Pol a prueba.
Al protagonista también le acompañará en su nuevo camino Bruno Bergeron, extrovertido e irónico pero con una gran debilidad por Pol tras las experiencias vividas juntos. Rai es el nuevo y arrogante amigo de Pol, con el que conecta muy bien a pesar de los diferentes mundos en los que viven. Minerva es una estudiante argentina muy alegre que va a la clase de Pol y pertenece a su grupo de amigos.
¿Cómo sigue la vida de Pol sin Merlí? ¿Cómo se encuentra en la facultad? ¿Tiene nuevas amistades? ¿Encontrará el amor?