Enemigo íntimo sigue la historia de dos hermanos separados después de presenciar el asesinato de sus padres. Este crimen es cometido por uno de los cárteles más grande de México que, además, secuestran a la pequeña Roxana. Tras 25 años, su hermano Alejandro es capitán de la Policía Federal de su país y busca venganza para aquellos que arruinaron su familia.
Ahora, Roxana es una mujer que se dedica a la compra y venta de diamantes. Sin embargo, un día la detienen y la envían a la prisión de Las Dunas, donde conviven tanto hombres como mujeres. Alejandro, quien ignora que es su hermana, envía como infiltrado a Daniel para obtener información, gracias a la confianza de Roxana. Pero el plan no sale como el esperado, Daniel se enamora de Roxana y decide cambiar de bando. De esta forma, pone en peligro la misión y la vida de ambos.