Basada en la novela Sisterhood of Dune, Dune: La profecía tiene lugar en el mismo universo, un futuro en el cual la humanidad se ha expandido a miles de mundos distintos de la galaxia, todos gobernados por el Emperador Padishah.
La ficción explora este futuro ficticio desde la visión de una misteriosa orden de mujeres: la Bene Gesserit. Las pertenecientes a la Bene Gesserit tienen un gran dominio de su cuerpo y mente y se entrelazarán con las políticas feudales del Imperio mientras llevan a cabo sus propios planes, los cuales las llevarán al enigmático planeta Arrakis.