Parasyte gira en torno a un estudiante de 17 años llamado Shinichi Izumi que vive en Yokio (Japón) junto a su padre. Pero su vida cambia cuando una noche, unas extrañas criaturas parecida a gusanos aparecen en la tierra apoderándose del cerebro de las personas a las que infecta al entrar por sus oídos o por la nariz. Shinichi puede salvarse de ser infectado gracias a que antes de que éste se metiese por la nariz, se despierta.
Sin embargo, esta criatura decide introducirse en su cuerpo, concretamente en la mano. Gracias a este golpe de suerte, Shinichi puede mantener su personalidad e inteligencia alejada del parásito. A medida de que éste se encuentra con otras personas afectadas, ambos formarán un vínculo muy fuerte sobre todo para sobrevivir, luchando así contra otros parásitos cuyo primer sustento alimenticio son los humanos.