El hundimiento de Japón: 2020 no traslada justo después del fin de las Olimpiadas de Tokio. Momento exacto en el que Japón sufre una serie de fenómenos climáticos catastróficos que provocan que las islas del archipiélago se hundan en el mar causando innumerables destrozos.
Tras uno de los terremotos más fuertes que se recuerdan, el caos y la muerte inundan la ciudad, mientras que la familia Mutō intenta sobrevivir a este desastre que ya les ha marcado de por vida, mientras que los efectos de la catástrofe no hacen más que aumentar.