Shironeko Project: Zero Chronicle sigue las aventuras de un jóven héroe de la Isla de Astora. Este se enceuntra con Kyle, un intrépido aventurero que se está preparando para hacer una expedición por una de las islas que forman su mundo.
En su viaje se encuentran con Iris, una misteriosa jóven cuyo origen es desconocido y también con un gato blanco que habla. Los cuatro se dirigen a las ruinas de la isla donde encuentran lo que estaban buscando: una isla voladora.
Pero Kyle tiene problemas. El jóven se consume por la oscuridad que hay en la isla que han encontrado, mientras que el resto del gupo decide que lo más correcto es viajar a los confines de la isla para encontrar las siete Grandes Runas, eso sí, siguiendo los consejos que Kyle les ha dado antes de desaparecer.