Ay Señor, Señor gira en torno a al Padre Luis, un cura moderno y de mentalidad abierta en la España de la década de los 90. Luis siempre intenta ayudar a las personas que buscan su ayuda de una forma nunca antes vista en la Iglesia. Sus métodos son un tanto rocambolescos que, aunque ayudan, siempre terminan metiéndole en más líos y problemas.
Pero para ello le ayudará el Padre Ángel, un cura que sigue las enseñanzas de la Iglesia a rajatabla y que intenta por todos los medios que el Padre Luis no se meta en más problemas de los que se crea ya por sí mismo.