Special Ops: Lioness es un 'thriller' inspirado en el programa real implantado en el cuerpo militar de Estados Unidos. La trama sigue a Joe, una agente de la CIA, que encabeza el programa Lioness contra el terrorismo, que trata de alcanzar el equilibrio entre su vida personal y profesional. Para conseguir resultados lo antes posible, los supervisores de Lioness, Kaitlyn Meade y Donald Westfield, contratan al agresivo Marine Cruz.
Pese a sus diferencias, Joe y Cruz deben unir fuerzas para trabajar en una operación encubierta para colaborar con la CIA en una misión que tiene como objetivo evitar un nuevo 11S.