The Investigation se centra en el caso del submarino que causó un revuelo en Copenhague. En agosto de 2017, se denuncia la desaparición de una periodista sueca llamada Kim Wall, la misma que fue vista por última vez entrar en un submarino casero con la intención de entrevistar a su constructor y propietario.
Pocas horas después, el submarino se hunde, pero consiguen rescatar a su capitán y no a la periodista a la que no encuentran. Tras unas declaraciones un tanto contradictorias, el jefe de la unidad de homicidios de la policía, Jens Moller, se hacer cargo de este caso que consigue ser titular todos los días en los medios de comunicación.