El Autobús. El equipo tendrá que lidiar con la desaparición de un autobús escolar. Los secuestradores no resultarán ser los criminales que esperaban.
S02E02 - Revelations
Revelaciones. Desaparece un sacerdote y Jack al investigar, comienza a pensar que el hombre está envuelto en un asunto extraño y no en una trama criminal de la que podría ser víctima.
S02E03 - Confidence
Confianza. Un caso de personas desaparecidas se convierte en un caso de investigación criminal cuando una mujer recién casada desaparece.
S02E04 - Prodigy
Jack y su equipo buscan a una brillante, pero complicada joven violinista rusa de 14 años, llamada Natasha Tzetcovich, que ha desaparecido después de un ensayo para un importante concierto. La investigación demuestra que la joven sufre ataques de pánico, debido a la presión a la que sus padres inmigrantes le someten. El hecho de que Natasha mantenga una relación con el hijo de su manager, un joven complicado que le suministra drogas, y que éste también haya desaparecido, sólo agrava los hechos. La Oficina de Desaparecidos del FBI descubre además que un extraño hombre acosa a Natasha con e-mails que envía desde todas las ciudades en las que la joven ha tocado en el último año.
S02E05 - Copycat
Hace doce años, Jack trabajó en el caso de un asesino en serie que mató a 5 mujeres sin que él fuese capaz de prevenirlo. Ahora, Jack y su equipo buscan a una chica cuya descripción es muy similar a la de estas víctimas. El culpable de los asesinatos, Randy Thorton, sigue en la cárcel pero descubren que un pedófilo llamado Graham Sapaulding ha estado visitando a Thorton últimamente. Pronto se dan cuenta de que Spaulding está imitando la actitud de Thorton para vengarse de Jack.
S02E06 - Our Sons and Daughters
Jack y su equipo buscan a Ethan Sawyer, un joven que acaba de desaparecer de su casa. Sus padres creen que Ethan es un chico normal a punto de hacer los exámenes para acceder a al universidad. Pero los agentes descubren que el chico había dejado los estudios después de que se enterara de que su novia y otros amigos participaban en orgías.
S02E07 - A Tree Falls
Nelson Rodríguez, un joven de origen hispano, desaparece en el barrio neoyorkino de Harlem. El equipo de Jack se extraña de que nadie muestre interés en encontrar al chico. Pronto descubren que Nelson puede estar envuelto en una red de pedofilia que acaba de instalarse en la zona y que sus padres son inmigrantes ilegales que ocultan un oscuro secreto que pone en peligro sus vidas.
S02E08 - Trip Box
El sobrecargador. Un bombero rescata heroicamente a dos personas de un incendio y luego desaparece. El equipo sospecha de algunos bomberos.
S02E09 - Moving On
Seguir adelante. El equipo busca una doctora que ha desaparecido tras ir a correr con su ex-marido.
S02E10 - Coming Home
Cerrando el círculo. Luke Horton desaparece trás una reunión de clase y el quipo descubre que estaba llevando una doble vida.
S02E11 - Exposure
La denuncia. El equipo investiga el caso de la desaparición de un paparazzi que se siente culpable del suicidio de un actor.
S02E12 - Hawks and Handsaws
Halcones y palomas. El equipo se enfrenta a la búsqueda de una abogado desaparecido y en el curso de la misma se descubre que el sujeto tiene esquizofrenia paranoide.
S02E13 - Life Rules
El equipo de la Oficina de Desaparecidos busca a un hombre que, milagrosamente, ha despertado del coma después de tres años.
S02E14 - The Line
La línea. El equipo investiga la desaparición de una ex-policía y cazarrecompensas durante un tiroteo.
S02E15 - Wannabe
Jack y su equipo tratan de dar con Eric Miller, un chico de 12 años que fue visto por última vez en el baño del colegio, donde se encontró restos de su sangre en el espejo. Los investigadores empiezan por interrogar a los padres del chico, a sus compañeros y a los psicólogos del colegio. Éstos les cuentan que Eric estaba desesperado por entrar a formar parte del grupo de los más populares de la escuela y que puede que su desaparición tenga que ver con una cruel broma preparada por ellos.
S02E16 - Risen
Hace cuatro años, una joven llamada Jessica Raab se dio por desaparecida. En la búsqueda semanal de huellas que hace Vivian, la investigadora descubre unas que coinciden con las encontradas años atrás en una puerta de la casa de Jessica. Se trata de las de un fugitivo que recientemente atacó a una mujer en la habitación de un motel. Vivian convence a Jack para reabrir el caso y pronto descubren que antes de desaparecer, Jessica estaba intentando superar su adicción al sexo.
S02E17 - Gung Ho
El equipo de Jack Malone busca a Kevin Grant, un joven soldado que acaba de regresar de la guerra de Irak. Al volver descubre que su negocio está en bancarrota y que está a punto de perder la casa que comparte con su prometida, Sara. Ésta les cuenta que Kevin ya trató de arreglar sus asuntos antes de volver de Irak, donde recibió un disparo en circunstancias todavía no aclaradas. Jack y Danny viajarán hasta este país para descubrir pistas que les aclaren la misteriosa desaparición de Grant.
S02E18 - Legacy
El Legado. Un nuevo caso de desaparición. Esta vez la de un hombre tras una disputa con su mujer en una peluquería.
S02E19 - Doppelganger
Coartada perfecta. Desaparece el novio de una chica y durante la investigación descubren que el desaparecido tiene un hermano gemelo.
S02E20 - Shadows
Sombras. Sam ayuda a Martin a encontrar a su tía desaparecida, que sufre una enfermedad terminal. Cuando por fin la encuentran, descubren que ha liado a otros enfermos en su situación para que entre todos se ayuden a suicidarse.
S02E21 - Two Families
El equipo de Jack Malone busca a Mark Wilson, desaparecido mientras trataba de probar la inocencia de su hijo Ricky, condenado a morir dos días más tarde acusado de asesinato. Mark había pasado los últimos once años de su vida intentando demostrar que su hijo no asesinó a una pareja delante de su hija de cinco años. Los investigadores se preguntan si la investigación que estaba llevando a cabo Mark ha podido ser la causa de su desaparición.
S02E22 - The Season
Jack y su equipo buscan a Jim Cooper, el entrenador de un equipo de fútbol universitario desaparecido tras finalizar la temporada con nefastos resultados. Los investigadores descubren que Cooper no permitía jugar a aquellos jugadores con malos resultados académicos o con faltas de disciplina. Esta decisión provocó que la grandes estrellas del equipo no jugaran y los resultados acabaran en desastre. Mientras, Jack debe tomar una importante decisión familiar y laboral: su mujer quiere trasladarse con sus hijos a Chicago porque le han ofrecido un excelente trabajo.
S02E23 - Lost and Found
Perdida y encontrada. El equipo investiga una supuesta adopción ilegal que finalmente parece que fue un secuestro.
S02E24 - Bait
Cebo. El equipo busca a una mujer y sus dos hijos desaparecidos en una travesía marítima. Malone está preparado para marcharse con su familia a vivir a Chicago y dejar al equipo.
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