Dragones: Los nueve reinos transcurre 1300 años después de los sucesos acontecidos en Cómo entrenar a tu dragón: Mundo oculto. La historia tiene lugar en un mundo moderno donde recientemente casi un cometa choca con la Tierra, por lo que provoca un levantamiento tectónico y crea una enorme fisura. Por ello, se crea un centro de investigación al que acuden los mejores científicos de todo el mundo. Para la sociedad del momento los dragones no existen y son leyendas. Sin embargo, siempre hay alguien que cree en estos mitos y que buscará la forma de encontrarlos.
Tom Kullersen es un niño e hijo de una de las principales científicas del laboratorio. El joven descubre que en la nueva fisura hay una entrada al Mundo Oculto y crea un gran vínculo con un dragón minifuria que no encuentra su hogar. El mismo misterioso secreto le sucede a otros tres adolescentes y, así, se forma el nuevo grupo de jinetes de dragón. Los cuatro amigos comienzan una gran aventura donde descubren sorprendentes detalles sobre los dragones y juran guardar su secreto de aquellos que les puedan dañar.
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